#pragma css /css/2010.css <<BI>> == На этой странице вы найдете задания третьего занятия первого блока. == * Задания 1,2 нужно подготовить к занятию 4. ---- === Задание 1 (обязательное, * отмечены упражнения, результаты которых необходимо привести в отчете) === '''Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре ''' '''Упр.1.''' Вспомнить, как с помощью команды '''''define''''' RasMol задавать множества атомов. 1. Определите множество атомов кислорода рибозы (set1). 1. Определите множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2). 1. Определите множество атомов азота в азотистых основаниях (set3). 1. Создайте скрипт-файл с определениями этих множеств. 1. Создайте скрипт-файл, вызов которого в RasMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3. '''Упр.2. *''' Описать ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Сравнить количество контактов разной природы. Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными атомы углерода, фосфора и серы. Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å. [[../help3| См. также подсказки.]]. Определите число контактов и заполните следующую таблицу. ==== Таблица. Контакты разного типа в комплексе XXXX.pdb ==== ||<tablestyle="width:70%"> '''Контакты атомов белка с''' || '''Полярные''' || '''Неполярные''' || '''Всего''' || || остатками 2'-дезоксирибозы || || || || ||остатками фосфорной кислоты || || || || || остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки || || || || || остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки || || || || Сравните количество контактов разного типа, напишите краткое резюме в отчете. '''Упр.3. *''' Получить популярную схему ДНК-белковых контактов с помощью программы '''''nucplot''''' [[../help3| См. подсказки.]]. '''Упр.4. *''' На полученной схеме выбрать a. аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК; a. аминокислотный остаток, по-вашему мнению, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК. В отчете привести обоснование выбора, а также 2 картинки, полученные с помощью RasMol. Картинки должны иллюстрировать контакты выбранных аминокислотных остатков с ДНК. Под картинками приведите подписи, поясняющие изображение. ---- === Задание 2 (обязательное, результаты выполнения нужно привести в отчете === '''Предсказание вторичной структуры заданной тРНК''' '''Упр.1. *''' Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов Программа '''''einverted''''' из пакета EMBOSS позволяет найти инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях. Найдите возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК. Сравните с их описанием, полученным ранее с помощью '''''find_pair'''''. Результаты сравнения занесите в таблицу, приведенную ниже. Постарайтесь подобрать параметры для получения предсказания, наиболее близкого к реальной структуре. '''Упр.2. *''' Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера. Программа '''''mfold''''' из пакета EMBOSS реализует алгоритм Зукера. Постарайтесь подобрать параметры для получения предсказания, наиболее близкого к реальной структуре. Результаты внесите в таблицу, приведенную ниже. Сохраните и внесите в отчет картинку с лучшим предсказанием, а также укажите, каким по счету оно было. Если программа не работает используйте web вариант [[http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?form=mfold| ссылка ]] ==== Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла XXXX.pdb ==== ||<tablestyle="width:70%"> Участок структуры (расшифровку названий см. [[tRNA.pdf|на рис. 2 в статье О.О.Фаворовой]]) || Позиции в структуре (по результатам '''''find_pair''''') || Результаты предсказания <<BR>> с помощью '''''einverted''''' || Результаты предсказания по алгоритму Зукера || || Акцепторный стебель ||<<BR>>5'-901-907-3'<<BR>>5'-966-972-3'<<BR>> Всего 7 пар ||<<BR>>предсказано 2 пары из 7 реальных || || || D-стебель || || || || || T-стебель || || || || || Антикодоновый стебель || || || || || Общее число канонических пар нуклеотидов || || || || [[../help3| См. подсказки.]].