#pragma css /css/2010.css
<<BI>>

Экзамен будет состоять из двух частей, сдаваемых в произвольном порядке. Первая часть – алгоритмы работы с последовательностями, программу см. [[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2010/6/Bioalgorithms|здесь]]. Про вторую часть – работы с пространственными струкутрами – ниже.

= Критерии оценки =
=== Часть I. РСА ===
Из 5 баллов. Засчитывается оценка [[https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AvgBVhafsmFldHdHbEd3LTJfVW8xRDZJck1Rc1JGVUE#gid=5|по РСА]] из ведомости. Желающие улучшить оценку на экзамене получают вопросы из части I.

=== Часть II:  понятия и алгоритмы ===
Из 5 баллов. Ответ на билет (см. ниже, часть II) плюс зачтенные умения и отчёт по оценке качества структуры. Досдать некоторые умения можно будет на экзамене устно.

=== Часть III. Журнальный клуб ===
Из 5 баллов. Засчитывается оценка [[https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AvgBVhafsmFldHdHbEd3LTJfVW8xRDZJck1Rc1JGVUE#gid=5|за журнальный клуб]] из ведомости. Желающие улучшить оценку на экзамене получают дополнительные вопросы из части III.

= Вопросы =
== Часть I: РСА - вопросы коллоквиума ==
см. [[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2010/7/3D_bioinformatics/colloquium|список вопросов]]

== Часть II:  понятия и алгоритмы ==
Будут уточнения.

 1. Вторичная структура. Как детектируется. Алгоритмы. DSSP. Stride.
 1. Вторичная структура. Паттерны водородных связей в альфа-спиралях и бета листах. Карта бета-листа.
 1. Кластеры неполярных атомов. Гидрофобное ядро белка. Алгоритм Свинделлса (Swindells). Алгоритм (k,l)-разрезов, сервис CluD.
 1. Три определения доменов белка. Примеры белков, для которых разные определения дают разные ответы.
 1. Структурные домены. Основания для их выделения. Основные принципы алгоритмов DOMAK и DETECTIVE.
 1. Поверхность макромолекулы. Для каких задач нужна. Поверхность, доступная для растворителя. Сравнение с ван-дер-ваальсовой поверхностью. Молекулярная поверхность (поверхность Коннолли).
 1. Площадь поверхности контакта: для каких задач нужна, как рассчитывается. Расчет экспонированности аминокислотного остатка в структуре белка. Особенности экспонированности в среднем разных остатков.
 1. Структурные классификации. SCOP. Уровни. Основные классы. Различие классов α/β и α+β. CATH. Уровни. Топология и архитектура. Сравнение SCOP и CATH. Структурные мотивы в белках. Примеры.
 1. Пространственное выравнивание. Формулировки задачи пространственного выравнивания. Меры сходства для разных задач. Алгоритм Сиппла – Стегбухнера (Sippl&Stegbuchner) (наложение структур при наличии выравнивания последовательностей). Соотношение между консервативностью структур и консервативностью последовательностей белков.
 1. Пространственное выравнивание. Алгоритм Dali или PDBeFold (SSM) - основные идеи.

== Часть III: вопросы журнального клуба ==

Рефераты выложены на диске Р (/home/export/samba/public на kodomo)

Будут изменения (без увеличения списка)

 . Литература: статьи, указанные в списке тем; рефераты студентов на диске P.

 * `FoldIt`
 * Как изменяется структура белка в процессе эволюции? Какие перестройки изменяют укладку?
 * Rosetta
 * Как создать белок, не встречающийся в природе?
 * PDB, настоящее: сколько структур? сколько белков? сколько негомологичных белков? (прядок величин)
 * Особенности структуры бета-структурных белков, препятствующие их аггрегации и образованию амилоидов.
 * Какие укладки были у белков LUCA?
 * Циклические перестановки в структурах белков
 * Неструктурированные белки
 * Пример мутации, меняющей укладку белка
 * Пример гомологичных (судя по сходству последовательностей) белков, имеющих существенно разные структуры.
 * Пример сходных участков поверхностей белков с разной укладкой
 * Велико ли разнообразие укладок белков?