#pragma css /css/2011.css <<BI>> == Задание 1го занятия == '''Форма отчёта:''' html-страница. (Допустима ссылка на файл с отчетом) '''Отчёт должен включать:''' * разрешение структуры * рисунки электронной плотности с подписями * заключение о соответствии координат атомов сгущениям электронной плотности на основе полученных рисунков Подсказки по PyMOL см. на [[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/PyMol|http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/PyMol]]. 1. '''Выберите структуру белка для дальнейшей работы''' Требования: * Сервис [[http://eds.bmc.uu.se/eds/|EDS]] должен знать PDB-код. * Это равносильно тому, что автор модели структуры положил в PDB экспериментальные данные, а не только модель. * Экспериментальные данные называются "Файл структурных факторов" (Strucure factors) * Имеются подходящие структурные гомологи белка (одного из, если в модели несколько белков) * Проверка [[http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/|PDBeFold]] => launch => Query - ваш PDB код, подождите результата, в таблице с находками посмотрите чтобы было 5 или более разных белков с RMSD от 0.8 до 2.5 ангстрем (колонка такая, оценка сходства) и N_align (колонка такая, число сопоставленных C_alpha) от половины числа аминокислотных остатков входного белка до 90%. Все числа не являются мировыми константами. Если проблемы - спрашивайте. Скорее всего, структура вашего белка из первых семестров окажется подходящей. 2.#2 '''Скачайте вашу модель и файл структурных факторов из PDB.Есть ли соответствие между структурными факторами и атомами модели?''' ''Указание. Один структурный фактор - одна строчка с данными - несколько чисел'' 3.#3 '''Постройте изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи и трех-пяти аминокислотных остатков, различных по типу (триптофан, лизин, аланин, например).''' Используйте 2-3 уровня подрезки электронной плотности чтобы оценить качество модели пространственной структуры, представленной в PDB файле. ''Указание. Для визуализации электронной плотности надо скачать файл с картой электронной плотности. См. инструкции по pymol''