#pragma css /css/2011.css
<<BI>>

== Задание 1го занятия ==

'''Форма отчёта:'''  html-страница. 
(Допустима ссылка на файл с отчетом)

'''Отчёт должен включать:''' 
 * разрешение структуры
 * рисунки электронной плотности с подписями
 * заключение о соответствии координат атомов сгущениям электронной плотности на основе полученных рисунков 
 
Подсказки по PyMOL см. на [[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/PyMol|http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/PyMol]].

 1. '''Выберите структуру белка для дальнейшей работы'''
Требования:
   * Сервис [[http://eds.bmc.uu.se/eds/|EDS]] должен знать PDB-код. 
     * Это равносильно тому, что автор модели структуры положил в PDB экспериментальные данные, а не только модель. 
     * Экспериментальные данные называются "Файл структурных факторов" (Strucure factors)   
   * Имеются подходящие структурные гомологи белка (одного из, если в модели несколько белков)
     * Проверка [[http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/|PDBeFold]] => launch => Query - ваш PDB код, подождите результата, в таблице с находками посмотрите чтобы было 5 или более разных белков с RMSD от 0.8 до 2.5 ангстрем (колонка такая, оценка сходства) и N_align (колонка такая, число сопоставленных C_alpha) от половины числа аминокислотных остатков входного белка до 90%. Все числа не являются мировыми константами. Если проблемы - спрашивайте. 

Скорее всего, структура вашего белка из первых семестров окажется подходящей.
 2.#2 '''Скачайте вашу модель и файл структурных факторов из PDB.Есть ли соответствие между структурными факторами и атомами модели?'''
''Указание. Один структурный фактор - одна строчка с данными - несколько чисел''   
 3.#3 '''Постройте изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи и трех-пяти аминокислотных остатков, различных по типу (триптофан, лизин, аланин, например).'''
Используйте 2-3 уровня подрезки электронной плотности чтобы оценить качество модели пространственной структуры, представленной в PDB файле.

''Указание. Для визуализации электронной плотности надо скачать файл с картой электронной плотности. См. инструкции по pymol''