#pragma css /css/2011.css
<<BI>>

= Практические занятия к курсу "Молекулярное Моделирование Биополимеров" =

Новые варианты лекций вместе с исходной разметкой в LaTex можно посмотреть тут: http://vsb.fbb.msu.ru/rhodecode/mm_course_lectures


=== Правила сдачи зачёта ===
Связи с тем, что практикум предполагает использование суперкомпьютера и время доступа ограничено, то ожидается, что  к этому моменту студенты будут знакомы с материалом. Для достижения этого результата необходим контроль за исполнением заданий.
Итак:
 * Начиная с 3его занятия штраф за не сделанную вовремя работу 0.667.
 * 3 и 4ый практикум можно сдать без штрафа до 12 марта.
 * Если сумма баллов за практикумы менее 0.5 от максимальной, то студент получает дополнительный вопрос на зачёте.
 * На зачёт предполагается две пары (т.е. два раза по 1.5 часа), очередность сдачи зачёта соответствует сумме балов за практикум (хуже баллы дальше очередь). 



=== Можно запускать ipython notebook на kodomo и иметь доступ через браузер: ===

Для оптимального предоставления отчетности предлагаю использовать ipython notebook, для удаленной работы в котором на kodomo надо: 

в Putty:
{{{
/home/preps/golovin/progs/bin/ipython.bash
}}}
затем в браузере: kodomo.cmm.msu.ru:432XX где 432XX цифры из консоли
<<BR>>

Жду рациональных предложений по улучшению курса.

<<BR>>

== Результаты практической работы ==

Результаты доступны в виде google таблицы. Из таблицы видно как оцениваются задания. 

[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1lHdgFCteRLH6kiXGMjAPBb143twEUUZhvwwhsgIzUnw/edit?usp=sharing | google sheet]]

<<BR>>

<<BR>>
=== 1. Знакомство с Pymol ===
13 февраля 2015, А.В.Головин. [[2011/8/task1|[задания]]] [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_09/ppt/pymol.pdf|[презентация]]]
<<BR>>
=== 2. Работа Pymol ===
20 февраля 2015, А.В.Головин. [[2011/8/task2|[задания]]] [[2011/8/help2|[подсказки]]]
<<BR>>
=== 3. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac ===
27 февраля 2015, А.В.Головин. [[2011/8/task3|[задания]]] 
<<BR>>

=== 4. Abinitio вычисления для нафталина и азулена ===
5 марта 2015, А.В.Головин. [[2011/8/task4|[задания]]] 


=== 5. Вычисление ковалентных и нековалентных параметров для молекулярной механики ===
12 марта 2015, А.В.Головин. [[2011/8/task5|[задания]]]


=== 7. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS ===
19 марта 2015, А.В.Головин. [[2011/8/task7|[задания]]]


=== 8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS ===
26 марта 2015, А.В. Головин [[2011/8/task8|[задания]]]

=== 9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS ===
2 апреля 2015, А.В. Головин [[2010/6/task9|[задания]]]

=== 10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом ===
9 апреля 2015, А.В. Головин [[2011/8/task10|[задания]]]

=== 11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка ===
16 апреля 2015, А.В. Головин [[2011/8/task11|[задания]]]

=== 12. Макромолекулярный докинг ===
23 апреля 2015, А.В. Головин [[2011/8/task12|[задания]]]

=== 13. Расчёт энергии сольватаци димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP. ===
30 апреля 2015,  А.В. Головин [[2010/6/task12a|[задания]]]


=== 14. Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка. ===
7 мая 2015, А.В. Головин [[2010/6/task12|[задания]]]

=== 15. Журнальный клуб, обсуждение заданий ===
14 мая 2015, А.В. Головин 

=== 16. Зачёт ===
21 мая 2015, А.В. Головин