#pragma css /css/2012.css
<<BI>>

= Требования к белку для выполнения большинства заданий: =

   * Сервис [[http://eds.bmc.uu.se/eds/|EDS]] должен знать PDB-код. 
     * Это равносильно тому, что автор модели структуры положил в PDB экспериментальные данные, а не только модель. 
     * Экспериментальные данные называются "Файл структурных факторов" (Strucure factors). Он доступен для скачивания в PDB (если есть)   
   * Имеются подходящие структурные гомологи белка (одного из, если в модели несколько белков)
     * Проверка [[http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/|PDBeFold]] => launch => Query - ваш PDB код, подождите результата, в таблице с находками посмотрите чтобы было 5 или более разных белков с RMSD от 0.8 до 3.0 ангстрем (колонка такая, оценка сходства) и N_align (колонка такая, число сопоставленных C_alpha) от половины числа аминокислотных остатков входного белка до 90%. Все числа не являются мировыми константами. Если проблемы - спрашивайте. 
   * Для отчёта по качеству структуры крайне желательна статья, опубликованная по результатам расшифровки. Обычно она указывается в самом PDB файле. Если статья есть, но нет доступа к полному тексту, то напишите преподавателям.

Скорее всего, структура вашего белка из первых семестров окажется подходящей.