#pragma css /css/2013.css
<<BI>>

Коллеги!

Мы проверили все работы pr3, появившиеся в папке credis в срок (или на пару дней позже). Пишите, если вы выполнили работу позже или мы вашу работу забыли проверить.

Баллы "2" в клетке не есть оценка "двойка" :)  Мы ставим 2 балла в том случае, когда ОБЯЗАТЕЛЬНЫ исправления, пусть даже мелкие. ЗАЧЁТ практикума проставляется в том случае, когда за каждое обязательное задание проставлено более половины max балла, в этом практикуме - >2.5 по заданиям 1, 2, 3 и за файл с последовательностью белка в формате fasta.

Балл  "2" будет исправлен на больший, вплоть до 5, на усмотрение проверяющего, после исправления и сообщения с просьбой о перепроверке.

При проверке возможны расхождения в оценках. Так бывает и всегда (увы! бывают строгие и не очень строгие проверяющие), но в данном  практикуме мы еще меняли подходы к оценкам в результате обсуждений.

Более того, комментарии к ячейке в ведомости за пр.3 не всегда отражены в баллах. '''Прочитать комментарии и исправить ошибки''' нужно даже при балле "5"! См. ниже почему надо исправлять.

{{{#!wiki warning
Дорогие студенты, обратите внимание, что если Вы исправили свой протокол (и любые дополнительные файлы) ПОСЛЕ официального срока сдачи, то обязательно пошлите письмо всем преподавателям с сообщением об этом; скорее всего, Ваш файл уже был скачан для поверки автоматически в предыдущей версии, поэтому ее и будут проверять.

То же самое - послать письмо всем преподавателям с просьбой проверить, - следует сделать если Вы сдаете работу не в срок.

Если Вы исправили работу, присылайте письмо тому преподавателю, который у Вас ее проверял, с просьбой о перепроверке.
ДД.
}}}

=== Как будут использоваться результаты практикума 3 ===
  * Кажется, мы - преподаватели - договорились, что по результатам блоков 1 и 2 студентам будет предложено написать краткий связный ОТЧЁТ о (i) геноме вируса; (2) геноме бактерии (частично, результаты будут получены с помощью написанного студентом скрипта на python); (3) гене и его продукте - белке. 
  * Отчёт будет перенесен вами на ваш сайт. Это задание входит в блок 3. 


Мы (преподаватели) договорились, что к оформлению ПРОТОКОЛА главное требование - понятность. Конечно, оформление оценивается, но в отдельной колонке и на усмотрение проверяющего. Требование к оформлению ОТЧЁТА строже: нужен связный текст, даже если отчет занимает 1 страницу; есть правила оформления таблиц, рисунков; необходимы ссылки на источники информации. При этом отчет может быть один или два за семестр, а протоколов - много.

ААл

=== Типичные ошибки по существу  ===
  * В таблице 2 перечислены все файлы из соответствующей папки в NCBI. Требовалось не это! Нужно было перечислить все ДНК, составляющие геном бактерии. Для этого нужно было отобрать все файлы с расширением .gbk. Каждый такой файл в папке с полным геномом содержит полную последовательность одной молекулы ДНК - хромосомы или плазмиды, - в  формате `GenBank`. Другие файлы либо содержать те же данные, но в другом формате, либо содержат иную информацию.
  * Длина белка - продукта гена - указана с ошибкой. Ошибка связана с тем, что в ген люди включают стоп-кодон (по понятной причине; рибосоме тоже нужен стоп-кодон, чтобы знать где остановить трансляцию). 
  * Написано " Таблица 3. Информация о гене 3567566". Так писать нельзя! У гена есть название. Краткое название содержится в поле "/gene". Если его нет, а есть название белка, то можно написать "ген белка такого-то..." Если и название продукта нет или оно ничего не говорящее ("гипотетический белок"), то следует написать "ген с идентификатором geneID=3567566 в БД Gene, название гена не приведено". Вместо geneID можно указать локус: "ген, расположенный в локусе GSU1437". И ОБЯЗАТЕЛЬНО во всех случаях добавить  "генома такого-то (идентификатор `RefSeq` NC_00....)". 

Последняя ошибка спровоцирована тем, как мы сформулировали задания :) Приношу извинения за нее. Тем не менее, ошибка должна быть исправлена. Иначе рискуете ее повторить в отчете и на сайте.

=== Типичные ошибки по оформлению ===
  * coming soon