#pragma css /css/2013.css
<<BI>>

= Язык R и его применение в биоинформатике =
[[https://www.rstudio.com/products/rstudio/|RStudio]]

[[https://bioinf.fbb.msu.ru/moodle/|Система для выполнения домашних заданий]] После регистрации пишите на fbbrcourse [собака] gmail.com, чтобы мы добавили вас в группу, тогда станут доступны домашние задания.

[<<Href(/FBB/year_10/term8/R_course/R_reference.pdf,Шпаргалка по функциям)>>]

== Интенсив по R ==

 1. ''11 февраля'' День 1
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/day1.pdf,лекция1)>>]
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2011/8/R/tutorial1_1|Tutorial]]


[[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2011/8/R/tutorial1_cleaning_data|Tutorial_cleaning_data]]


[[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2011/8/R/tutorial1_markdown|Tutorial_markdown]]

2. ''12 февраля'' День 2
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/day2_1.pdf,лекция2)>>]
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2011/8/R/tutorial2_1|Tutorial]]

== Занятия ==
 1. ''2 сент.'' Введение. Знакомство с R-Studio. Базовый тип - вектор, dataframe. Графики.
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/Lecture1_2015.pdf,лекция1)>>]
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2011/8/R/tutorial1_1|Tutorial]]

 1. ''16 сент.'' Data frame. Построение графиков.
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/Lecture2_2015.pdf,лекция2)>>]

 1. ''23 сент.'' Факторы, файлы, статистика
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/Lection3.pdf,лекция3)>>]

 1. ''30 сент.'' Тесты ассоциации, GWAS. if, for, apply, merge
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/lecture4.pdf,лекция4)>>][[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2011/8/R/tutorial3|Tutorial]]

 1. ''7 окт.'' Визуализация данных, ggplot2
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/Lection5.pdf,лекция5)>>] [[https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/ggplot2-cheatsheet.pdf|cheatsheet]] [[http://stat545-ubc.github.io/img/less-is-more-darkhorse-analytics.gif|гифка]] [[http://www.richardhollins.com/blog/why-pie-charts-suck/|piecharts]] [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/gapminderDataFiveYear.txt,gapmidder.txt)>>]

 1. ''14 окт.'' Контрольная работа [<<Href(/FBB/year_10/term8/R_course/control1.zip,Файлы к контрольной работе)>>] 

 1. ''21 окт.'' Линейные модели, часть 1.
  [<<Href(/FBB/year_10/term8/R_course/lecture7.pdf,лекция 6)>>]
  [[http://makarich.fbb.msu.ru/artemov/R/laptop_price.csv|Датасет - цены на ноутбуки]]
  [[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2010/8/R/tutorial4|Tutorial]]

 1. ''28 окт.''Линейные модели, часть 2.
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/lecture_after_KR1.pdf, разбор контрольной)>>][<<Href(/FBB/year_10/term8/R_course/lecture8.pdf,лекция 7)>>]
  . [[http://makarich.fbb.msu.ru/artemov/R/enhancer_promoter.tab|Датасет - паттерны эпигенетических модификаций в промоторах и энхансерах]]
  . [[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2011/8/R/tutorial_glm|Tutorial]]

 1. ''11 ноября.''Множественное тестирование, кластеризация.
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/Lection8a.pdf,часть 1)>>]
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/Lection8b.pdf,часть 2)>>]

 1. ''18 ноября.'' Многомерная статистика. Классификаторы: SVM.
  . [ [[http://makarich.fbb.msu.ru/artemov/R/lecture_SVM.pdf|Лекция - SVM]] ]
  . [ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2011/8/R/tutorial_classifiers|Tutorial]] ]

 1. ''24 ноября.'' BioconductoR, дифференциальная экспрессия по данным RNA-seq
  . <<Href(/FBB/year_10/term8/R_course/lecture10.pdf,Лекция - дифференциальная экспрессия)>>
  . [[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2011/8/R/tutorial_RNAseq|Tutorial]]
 1.  ''1 декабря.''Gene Ontology.
  . [<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/pdf/Gene_Ontology.pdf,Gene Ontology)>>][<<Href(/FBB/year_13/term7/R_course/cg_no_fb_h3k27me3_h3k4me1.txt,выборка генов)>>]

 1. ''9 декабря.'' Контрольная работа 2 [<<Href(/FBB/year_10/term8/R_course/control2.zip,Файлы к контрольной работе)>>]