#pragma css /css/2014.css
<<BI>>
= Поиск в базах данных =
Для зачёта необходимо и достаточно создать html-страницу с результатами выполнения обязательного задания и записаться в очередь на проверку.
Настоятельно рекомендуется предварительно выполнить упражнения для себя и/или для получения небольших баллов - указаны в скобках.
== Упражнения ==
Результат засчитывается если на htnl-странице есть номер, формулировка упражнения и правильный ответ
'''!UniProt'''
1.#1 (0.5) Определите код РЕФЕРЕНСНОГО протеома бактерии ''Brucella abortus'' (Ответ: код протеома)
1. (0.7) Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме ''B.abortus'' (Ответ: число находок)
1. (1.0) Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме ''B.abortus'', кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные (uncharacterized protein) (Ответ: число находок)
1. (1.0) Найдите белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме ''B.abortus'' (ответ: число находок)
'''!PubMed'''
{{{#!wiki comment
1.#4 (0.5)Найдите статью !МкМануса "!McManus" с названием "Глобальный анализ транс-сплайсинга у дрозофилы" (Ответ: запрос; число находок; PMID статьи)
}}}
1.#5 (0.5) Найдите статью Блюменталя (Blumenthal) с названием "Транс-сплайсинг и опероны ''C.elegans''" (Ответ: запрос; число находок; PMID статьи)
1. (0.7) Получите список публикаций, в которых цитируется данная работа (Ответ: ссылка на Excel файл со списком статей)
''' PDB '''
1.#7 (1.5) Получите список структур БАКТЕРИАЛЬНЫХ белков из систем секреции типа IV (type IV secretion system). (Ответ: запрос; Excel таблица со списком информации о структурах)
----
== Обязательное задание ==
С помощью баз данных !UniProt, !RefSeq, PDB и Pubmed разберитесь в одной из предложенных тем, ответьте на вопросы и представьте указанные ниже данные и ваши выводы на странице своего сайта.
* Выбор темы - на ваше усмотрение.
* Страница должна содержать:
* номер и название темы;
* запросы к БД !UniProt и число находок по каждому;
* окончательный запрос и ссылку на таблицу Excel со списком находок и информацией о них;
* запрос к PDB и ссылку на таблицу Excel со списком структур белков, относящихся к теме;
* запрос к !PubMed и ссылку на таблицу Excel со списком публикаций, относящихся к теме;
* ответы на вопросы и выводы; там, где нужно не забудьте написать о функции и/или биологической роли белка!
См. также [[http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2014/2/hints_06|указания]].
=== Тема 1. Белки, содержащие селеноцистеин ===
Уточнения действий:
* Сохраните таблицу АННОТИРОВАННЫХ (reviewed, т.е. из Swissprot) записей.
* Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Taxonomic lineage (ALL), Length, Protein existence (другие - если захотите)
Вопросы:
* В каких царствах встречаются? Встречаются ли у вирусов? (по Swissprot)
* Как закодирован селеноцистеин в генах таких белков? (по Pubmed)
* Общее название таких белков
* Сколько структур в PDB?
* (*) Приведите пример заболевания, связанного с такими белками.
=== Тема 2. Белки, содержащие пирролизин ===
Уточнения действий:
* Сохраните таблицу ВСЕХ записей Uniprot.
* Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Taxonomic lineage (ALL), Length, Protein existence, cross-reference PDB (другие - если захотите)
Вопросы:
* В каких царствах встречаются?
* Как закодирован пирролизин в генах таких белков? (по Pubmed)
* Примерно сколько белков известно? (по Uniprot; белки с одинаковыми или сходными названиями считать за один)
* Сколько структур в PDB? Каких белков?
=== Тема 3a. ДНК зависимые РНК полимеразы архей ===
Уточнения действий:
* Сохраните таблицу записей Uniprot о субъединицах (т.е. белков) РНК полимераз из двух-трех протеомов архей.
* Один протеом - протеом вашей археи из 1го семестра, другие - из референсных протеомов того же вида или того же рода
* Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)
Вопросы:
* Из каких субъединиц состоит архейная ДНК-зависимая РНК-полимераза?
* Сколько структур PDB содержат комплекс РНК-полимеразы и ДНК? Сколько разных белков?
* (*) Какая роль сигма-фактора? (Pubmed)
=== Тема 3b. ДНК зависимые РНК полимеразы бактерий ===
Уточнения действий:
* Сохраните таблицу записей Uniprot о субъединицах (т.е. белков) РНК полимераз из двух-трех протеомов бактерий.
* Один протеом - протеом вашей бактерии из 1го семестра, другие - из референсных протеомов того же вида или того же рода
* Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)
Вопросы:
* Из каких субъединиц состоит бактериальная ДНК-зависимая РНК-полимераза?
* Сколько структур PDB содержат комплекс РНК-полимеразы и ДНК?
* Из каких бактерий PDB структуры этих комплексов?
* (*) Какая роль сигма-фактора? (Pubmed)
=== Тема 4. ДНК метилтрансферазы млекопитающих ===
Описание. ДНК метилтрансфераза - фермент, переносящий метильную группу с кофактора (лиганда) на определенный атом определенного основания ДНК. При этом метилируемое основание должно быть в сайте ДНК с определенной последовательностью. Метилирование ДНК человека и других эукариот игрант важную роль ... Найдите, прочитайте и напишите об этом!
Уточнения действий:
* Сохраните таблицу записей Uniprot о ДНК метилтрансферазах человека.
* Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)
Вопросы:
* Какие азотистые основания метилируют?
* Какие кофакторы нужны для активности?
* Сколько структур ДНК метилтрансфераз млекопитающих? Каких ДНК метилтрансфераз?
* (*) В чем биологическая роль метилирования ДНК?
=== Тема 5a. Рибосомальные белки архей ===
Уточнения действий:
* Сохраните таблицу записей Uniprot о белках, входящих в состав рибосомы, в двух-трех протеомах архей.
* Один протеом - протеом вашей археи из 1го семестра, другие - из референсных протеомов того же вида или того же рода
* Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)
Вопросы:
* Перечислите белки, входящие в состав рибосомы (достаточно коротких названий)
* Сравните со списком белков, входящих в структуру архейной рибосомы из PDB
=== Тема 5b. Рибосомальные белки бактерий ===
Уточнения действий:
* Сохраните таблицу записей Uniprot о рибосомальных белках - белках, входящих в состав рибосомы, из двух-трех протеомов бактерий.
* Один протеом - протеом вашей бактерии из 1го семестра, другие - из референсных протеомов того же вида или того же рода
* Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)
Вопросы:
* Перечислите белки, входящие в состав рибосомы (достаточно коротких названий)
* Сравните со списком белков, входящих в структуру бактериальной рибосомы из PDB
{{{#!wiki comment
=== Тема 3. Теломеразы - белки, восстанавливающие концы линейной ДНК при репликации ===
* В каких царствах встречаются?
* Бывают ли теломеразы, содержащие трансмембранные участки?
* Какие посттрансляционные модификации встречаются у теломераз?
=== Тема 7. Удаление инициаторного метионина ===
* В каких царствах и как часто встречается?
* Как называются ферменты, которые катализируют этот процесс?
* Есть ли предпочтения аминокислоты, которая становится первой после удаления метионина?
=== Тема 8. Роторная АТФ-синтаза и ее компоненты ===
* Каковы примерные размеры ATФ-синтазы?
* Какая субъединица связывает АТФ?
* Есть ли трансмембранные участки у этой субъединицы?
=== Тема 4b. ДНК метилтрансферазы прокариот ===
* Какие азотистые основания метилируют?
* Какие кофакторы нужны для активности?
* В какие внутриклеточные процессы вовлечены?
}}}