#pragma css /css/2014.css
<<BI>>

== Сравнение геномов ==

=== 1. Постройте карту сходства хромосом двух родственных бактерий ===
  * '''Выбор бактерий''' - за вами. Например, возьмите свою бактерию или архею из 1го семестра и другую того же вида с полностью секвенированным геномом
    * из моей практики - можно взять два разных вида рода ''Brucella''; .....
  * '''В отчете''' приведите 
    * карту локального сходства
    * объяснение крупных эволюционных событий, согласно карте:
      * координаты участка в одном геноме - событие по сравнению с  другим геномом (делеция, вставка, инверсия и т.п.)
      * могут быть сложные случаи - постарайтесь разобраться и описать их
      * если крупных событий много - ограничьтесь 3 - 5
      * (*) ДОПОЛНИТЕЛЬНО: объясните крупные вставки - откуда они взялись? есть ли они у других родственников? какие гены потеряны у бактерии без вставки? (используйте blastn)
  * '''Используйте blast2seq''', алгоритм blastn, на сайте NCBI
  * '''Советы'''
     * Cначала переберите геномы нескольких родственных бактерий, постройте карты (это быстро), и выберите интересную и не слишком сложную (сложная карта - напр. у возбудителей цуцугамущи)
     * Если хотите облегчить работу, то выбирайте бактерии с одной хромосомой
     * Если хотите разобрать интересный случай, то возьмите бактерии с двумя хромосомами; или хромосомой и мегаплазмидой (большой плазмидой) и тогда сравните все хромосомы/плазмиды одной бактерии со всеми - из другой (естественно, более сложная работа оценивается выше) 

Выбрав пару геномов, анализируйте карту, координаты крупных эволюционных событий см. по и карты

=== 2. Опишите сходство и различие геномов близкородственных бактерий ===
  * '''Метод:''' построение нуклеотидного пангенома (NPG) с помощью пакета NPG-explorer 
    * Нуклеотидные пангеном - специальный формат для множественного выравнивания геномов, ориентированный на геномы близкородственных бактерий или архей
  * '''Материал:''' геномы 3-4х разных штаммов  одного вида; 
    * Выбор геномов - за вами.Некоторые варианты описаны в подсказках.
  * '''Результат:''' отчёт о результатах сравнения геномов. Включите в отчёт:
    * описание синтеничных участков - g-блоков - и их перестановок в геномах: 
      * число g-блоков, 
      * их порядок в каждой хромосоме для всех геномов (выравнивание)
    * описание ядра геномов - s-блоков:
      * число s-блоков
      * суммарная длина и процент от длины генома в среднем
      * сходство геномов - процент консервативных позиций в объединенном выравнивании s-блоков
    * описание повторов - на 1-2 примерах r-блоков; 
      * (*) попробуйте  аннотировать повторы используя blastn или названия генов внутри повторов; можно взять, например, r-блоки большой длины
    * описание крупных делеций  -  на 2-3 примерах h-блоков
    * описание уникальных последовательностей - на 1-2 примерах; аннотируйте их с помощью blastn и напишите являются ли они результатом горизонтального переноса из бактерий другого вида
    * примеры (1-3) расхождений между аннотациями генов из одного блока; например:
      * в одном геноме ген аннотирован а в другом - не признается за ген
      * стартовые кодоны очевидно ортологичных генов из одного блока в разных позициях выравнивания, хотя никаких оснований для их разнесения нет 
      * названия генов различаются по существу (а не потому, что используются разные синонимы)
      * используйте визуализатор qnpge
    * скриншоты визуализатора qnpge, иллюстрирующие результаты    
    * (*) странности результатов npge, если найдете таковые
    * впечатления от результатов: что нового об эволюции геномов прокариот вы узнали из этой работы?


ВСЕ