#pragma css /css/2014.css
<<BI>>

== Сравните три водородные связи в структурах белка, расшифрованных с помощью ЯМР и РСА ==

 * Выберите один из белков, для которого есть и ЯМР, и РСА структура. См. [[http://www.rcsb.org/pdb/statistics/clusterExpMethods.do|страницу]] сайта PDB со списком структур, расшифрованных разными методами. Можно взять пример и из [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_12/term7/NMRvsXray.xlsx|таблицы]] из статьи 2010 года. 
  * ЯМР структура должна иметь не менее 10 моделей.
  * Проверьте, что укладки структур ЯМР и РСА сходны; редкие случаи совсем разных структур из-за глобально неправильной расшифровки одним из методов или разной структуры белка в растворе и кристалле не берите.
 * Выберите водородные связи для анализа в РСА:
  * остовную в ядре белка, в альфа-спирали или бета-листе;
  * водородную связь боковых цепей в ядре белка;
  * водородную связь в петлях, выходящих на поверхность глобулы.
 * Будем считать, что между донором протона и акцептором есть водородная связь, если расстояние между ними меньше 3,5 ангстрем . Условие на углы проверьте визуально: воображаемый водород должен быть на линии донор-акцептор или не сильно отклоняться от этой линии (угол между направлениями донор-акцептор и донор-водород не более 70&deg;, то же для угла между направлениями акцептор-донор и акцептор-водород).
 * В отчете приведите:
  * PDB коды, название белка, разрешение РСА, число моделей ЯМР;
  * номера и типы остатков, между какими атомами водородная связь, каким элементам вторичной структуры принадлежат остатки, находятся ли они внутри глобулы или на ее поверхности;
  * табличку расстояний между донорами и акцепторами с колонками:
    * расстояние в РСА,
    * в каком числе (и проценте) моделей ЯМР есть водородная связь,
    * минимальное, максимальное и медианное значение расстояния в ЯМР;
  * Ваши выводы и рисунок(-ки) подтверждающие выводы.

(*) ДОПОЛНИТЕЛЬНО можно
  1. Сравнить ваши выводы с выводами в статье  Sikic et al., 2010 (лежит на диске P: `/P/y12/term7/Sikic_2010(NMRvsXray).pdf`)
  1. Совместить РСА структуру с моделями ЯМР с помощью сервиса PDBeFold (используйте Google). Краткая инструкция будет приведена в следующих заданиях. С помощью совмещения можно получить впечатление о том, какие части РСА расшифровки действительно стабильны в белке в растворе, а какие стабильны в кристалле --- раз их удалось расшифровать методом РСА --- но вероятно подвижны в растворе.