#pragma css /css/2014.css
<<BI>>
= Семестр 7. Биоинформатика 3D структур =
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Or3lUSY8X9GIup7U9NufPHX6VOlRx634tNmB172NiCU/edit#gid=545898172|Расписание]]
{{{#!wiki comment
[[https://docs.google.com/forms/d/1nVSSgPiXvSmmqzlGjAl2gYyuh_1y_eoQUZ8kpfxC9mU/edit|Очередь на проверку]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Kv7JVJ2TBnK9rHqV0B4JJAkVnClBRl7u__wJzGljujE/edit#gid=1193513636|Состояние очереди]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Kv7JVJ2TBnK9rHqV0B4JJAkVnClBRl7u__wJzGljujE/edit#gid=270485482|Результаты]] (''Только для студентов и преподавателей!'')
=== Новости ===
29 ноя.
Оценка за журнальный клуб входит в оценку за экзамен. Для получения оценки необходимо сделать один доклад и быть оппонентом к одному докладу. Присутствие и активное участие в обсуждении докладов также учитываются при выставлении оценки.
Оценку можно получить только в 2017 г., т.к. в 2018-м технически невозможно организовать клуб `:)`
}}}
{{{#!wiki comment
29 ноя.
Я не справился с составлением расписания докладов: мы отстаем от плана на пять докладов `(:`
Sorry. AAl
}}}
{{{#!wiki comment
29 ноя.
Выход такой: впредь студенты сами выбирают темы и записываются на доклады.
Старосты - Аня Желтова и Роман Кудрин, - если необходимо, согласуют с ААл и САС дату и время дополнительных докладов сверх существующих часов.
}}}
{{{#!wiki comment
29 ноя.
Link'и из журнального клуба теперь идут на google doc, ОТКРЫТЫЙ НА ЗАПИСЬ ВСЕМ СТУДЕНТАМ.
Записывайте в расписание ID темы (число из колонки A списка тем) и свою фамилию. Остальное заполняется по формулам.
Одна и та же тема может быть доложена в каждой из групп.
Если у кого-то нет доступа, то попросите однокурсника с доступом открыть документ для вас со всеми правами.
ААл
}}}
{{{#!wiki comment
29 ноя.
И еще сообщения.
1)Ведомость за журнальный клуб см. в Результатах.
2)Двойка за журнальный клуб, или РСА, или еще что-нибудь перевешивает все остальные оценки, а не усредняется `:(`.
3) Презентации для доклада или оппонирования присылайте САС или ААл. Мы положим их на диск P:, они пригодятся для подготовки к экзамену.
ААл
}}}
== Экзамен ==
[[/exam| См. здесь ]]
== Блок 1. РСА ==
=== 1. Лекция 1 ===
4 октября 2017, В.Ю. Лунин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/Lunin_MSU_Oct17_Lect1_conv.ppt|[презентация]]]
=== 2. Семинар 1 ===
6 октября 2017, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[[/ED| [задание 1 (электронная плотность в PyMol)] ]]
=== 3. Лекция 2 ===
11 октября 2017, В.Ю. Лунин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/Lunin_MSU_Oct17_Lect2_conv.ppt|[презентация]]]
=== 4. Семинар 2 ===
13 октября 2017, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[[/Crystall| [задание 2 (восстановление кристалла в PyMol)] ]]
=== 5. Лекция 3 ===
18 октября 2017, В.Ю. Лунин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/Lunin_MSU_Oct17_Lect3_conv.ppt|[презентация]]]
=== 6. Семинар 3 ===
20 октября 2017, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[[/Fourier| [задание 3 (разложение функции в ряд Фурье)] ]]
=== 7. Лекция 4. Немного о ЯМР ===
25 октября 2017, С.А. Спирин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/NMR_2017.pptx|[презентация] ]]
[[/NMR| [задание 4 (анализ ЯМР-файла)] ]]
=== 8. Лекция 5. Показатели качества РСА-модели ===
27 октября 2017, А.В. Алексеевский
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/Validation-2017.pptx|[презентация] ]]
[[ /report | [Отчёт по validation] ]]
{{{#!wiki blue
По просьбе трудящизся дедлайн для отчёта отодвинут на 6 декабря, утро.
}}}
=== 9. Лекция 6. Локальные показатели качества РСА-модели (окончание лекции 5) ===
1 ноября 2017, А.В. Алексеевский
=== 10. Консультация к коллоквиуму ===
3 ноября 2017, А.В. Алексеевский, С.А. Спирин
'''[[/XRayQuestions|Вопросы к коллоквиуму]]'''
=== 11. Коллоквиум ===
8 ноября 2017, А.В. Алексеевский, С.А. Спирин, И.С. Русинов, А.О.Залевский, Д.Д.Пензар
== Блок 2. Основные методы анализа структур ==
=== 12. Лекция 7. Разметка вторичной структуры ===
10 ноября 2017, С.А.Спирин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/DSSP.pptx| [презентация] ]]
[[/ss | [задание] ]]
=== 13. Лекция 8. Гидрофобные ядра, выделение доменов ===
15 ноября 2017, С.А.Спирин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/I-HF_clusters.ppt| [презентация (г/ф ядра)] ]]
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/II-3D_domains.ppt| [презентация (домены)] ]]
[[ /hph | [задание] ]]
=== 14. Лекция 9. Поверхность макромолекулы, классификация доменов ===
17 ноября 2017, С.А.Спирин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/III-surface.pptx| [презентация (поверхность)] ]]
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/StructuralClassifications.pptx| [презентация (классификация)] ]]
[[/surf | [задание] ]]
=== 15. Лекция 10. Пространственное выравнивание и совмещение структур ===
22 ноября 2017, А.О.Залевский
[[ https://docs.google.com/presentation/d/1BS_VuV9_xpz4po768X5U3TWnyZgALc0pWbve4XYF-00/present?slide=id.g297dec0704_2_79 | [презентация] ]] [[/fit| [задание] ]]
Дедлайн для заданий этого блока --- начало зачётной недели (25 декабря).
== Блок 3. Журнальный клуб ==
[[/jclub-rules| [правила] ]] [[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1X3N56t8iaYJ24sKbmshidlF_VNKojKNP82F_tVRZYmQ/edit#gid=604661540 | [темы для выбора] ]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1X3N56t8iaYJ24sKbmshidlF_VNKojKNP82F_tVRZYmQ/edit#gid=0|[расписание]]]
{{{#!wiki comment
----
[[/exam|Экзамен]]
----
=== Новости ===
{{{#!wiki green
13 янв 2017
Ответ на вопрос, заданный на консультации: как определяется разрешение Cryo-EM модели?
По Zhou, 2008 и Saxton, 1982 (лежат на P:).
1. По различимости деталей, см. Fig.1 в Zhou, 2008. Если различимы альфа-спирали, то разрешение примерно, 20 ангстрем; если можно увидеть отдельные бета тяжи - то 8 ангстрем, если можно различить боковые цепи - то 4 ангстрема и т.п.
2. Fourier shell correlation (FSC): метод, предложенный Saxton, 1982, для микрофотографий с повторяющимися изображениями на микрофотографии, напр., фото кристаллов. Идея состоит вот в чем. Реконструируем модель по двум независимым наборам данных. Модели совместим. ЭП каждой из моделей разложим в ряд Фурье и сравним гармоники. Если коэффициенты ряда примерно совпадают у гармоник с разрешением >= d, а для более частых гармоник расходятся, то разрешение равно d. Ясно, что такой метод можно применить к отдельным областям моделей.
3. Многие Cryo-EM модели - расшифровки комплексов белков, для которых известны X-ray модели отдельных мономеров. Разрешение Cryo-EM модели можно вывести из сравнениям с X-ray моделью.
ААл
{{{#!wiki green
5 янв 2017
С Новым Годом!
Положил присланные презентации и статьи на диск P: ... !ForExam.
В каждой директории в файле !WhoElse указаны студенты, не приславшие свои презентации по данной теме.
ААл
{{{#!wiki comment
21 дек 2016
В среду, 28 дек. состоится подведение итогов за семестр, влияющих на оценку на экзамене.
1. Зачет отчетов по Validation
2. Подведение итогов практикумов. Возможно что-то досдать путем демонстрации преподавателю, без создания веб-страницы.
3. Доклад Т.Холиной, оппонент - Д.Мошенский
4. Пересдача РСА. При пересдаче на экзамене учитывается оценка за пересдачу, а не за коллоквиум.
Договоритесь заранее о пересдаче!
{{{#!wiki green
Пришлите презентации всех докладов и оппонирований (если были)! Они нужны вам же для подготовки к экзамену.
Название файла XXXXXXX-doc-YYYY.pdf или .pptx. XXXXXXX - фамилия латинскими буквами, YYYY - сокращение, указывающее на тему.
ААл
{{{#!wiki red
26 дек 2016
В связи со сбоями сервисов `ProtOn` и `SheeP` пункты заданий, для выполнения которых нужны эти программы, снимаются.
Не разобрался в чем дело, а автора программ нет.
Извините.
ААл
{{{
29 окт => 30 нояб
> Почему электронная плотность
> максимальна в центре атома? Не могли
> бы Вы вкратце напомнить?
На графике из Лунина показана зависимость плотности электронов rho(r) в точке (x,y,z) на расстоянии r от центра ядра. Плотность электронов на сфере радиуса r (т.е. предел при delta стремящемуся к нулю числа электоронов в сферическом слое (r, r + delta) деленному на объём шарового слоя)равна f(r) = r^2*rho(x,y,z) с точностью до константы. Очевидно, f(0) = 0, f(r) стремится к 0 при r стремящемся к бесконечности и f достигает максимума при каком-то r0. Это и есть радиус орбитали - расстояние на котором "чаще всего находится электрон"
Соответствующие графики для протона см в курсе http://www.umich.edu/~chem461/ глава 7.
Приношу извинения за то, что ранее все было перепутано :(
ААл
----
[[2013/7/3D/tasks|Список заданий на семестр]]
{{{#!wiki comment
=== Новости ===
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2012/6/Algorithms/bilety|билеты]] к экзамену 8 января по весенней части курса "Алгоритмы биоинформатики".
----
Про экзамен: что надо сдать, вопросы по 3D, как ставятся оценки и проч.
[[/exam| экзамен]]
== Журнальный клуб ==
30 нояб, 2, 6, 8, 13, 15 дек
{{{#!wiki comment
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1P75CVi9Zw8R5PipaxTUkskFxWrDNKMCPXHXS3oeFYGw/edit#gid=1320682417| [темы] ]]
[[/rules | [правила] ]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1P75CVi9Zw8R5PipaxTUkskFxWrDNKMCPXHXS3oeFYGw/edit#gid=1702757471| [расписание] ]]
----
== Блок 1. РСА ==
=== 1. Лекция 1 ===
5 октября 2016, В.Ю. Лунин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/Lunin_MSU_Oct15_Lect1_conv.ppt|[презентация]]] (пока см. на диске P)
=== 2. Семинар 1 ===
7 октября 2015, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[[/sem1|[вопросы]]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2013/7/3D/tasks/ED|[задание 1: изображение ЭП в pymol]]]
=== 3. Лекция 2 ===
12 октября 2016, В.Ю. Лунин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/Lunin_MSU_Oct15_Lect2_conv.ppt|[презентация]]] См. на диске P
=== 4. Семинар 2 ===
14 октября 2016, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[[/sem2|[вопросы]]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2013/7/3D/tasks/fourier|[задание 2: реконструкция ЭП по данным РСА; одномерная модель] ]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2013/7/3D/tasks/crystall|[задание 5: восстановление кристалла в pymol] ]]
=== 5. Лекция 3 ===
19 октября 2016, В.Ю. Лунин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/|[презентация]]] См. на диске P
=== 6. Семинар 3 ===
21 октября 2016, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/seminar3.pptx|[подготовка к коллоквиуму]]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2013/7/3D/tasks/sf| [задание 4: изучить файл структурных факторов] ]]
=== 7. Лекция 4: Validation ===
26 октября 2016, А.Алексеевский
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/validation_aal_2016.pptx| [презентация] ]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2013/7/3D/tasks/validation| [задание: отчёт по качеству расшифровки "своего" PDB файла] ]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/RSA/Validation| [указания] ]]
=== 8. Лекция 5: Validation - окончание. Консультация по вопросам коллоквиума ===
{{{#!wiki comment
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_12/ppt/NMR_2015.ppt| [презентация] ]]
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/validation_aal_2016-2.pptx| [Validation-2] ]]
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/colloquium1.pptx| [Вопросы для консультации] ]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2013/7/3D/tasks/nmr| [задание 6: интерпретация ЯМР структуры] ]]
=== 9. Коллоквиум по РСА ===
2 ноября (401 группа) и 9 ноября (402 группа)
[[/questions| [вопросы] ]]
{{{#!wiki comment
[[ https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_12/term7/phases_ea_03.docx | популярный конспект ]].
== Блок 2. Анализ трехмерных структур ==
Лекции
{{{#!wiki comment
* 11 ноября.
* [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/DSSP.pptx|16 ноября (Вторичная структура)]]
* 18 ноября.
* 23 ноября
* 25 ноября
* [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/DSSP.pptx|Водородная связь и вторичная структура]]
* [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/I-HF_clusters.ppt|Гидрофобные ядра]]
* [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/II-3D_domains.ppt|Структурные домены]]
* [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/III-surface.pptx|Поверхность молекулы]]
* [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/3Dalignment.pptx|Пространственное выравнивание и совмещение]]
* [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/3DstructuralUnits.ppt|Структурные единицы]]
* [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/Classification.pptx|CATH и SCOP]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/Bourne_Domains.pptx|Лекция P.E.Bourne]] про домены.
{{{#!wiki comment
== Блок 2. Анализ трехмерных структур ==
[[../tasks_skills|Список заданий по блоку]]
=== 10-13. Анализ трехмерных структур. ===
* 18 ноября. Вторичные структуры.
* 20 ноября. Пространственное совмещение (начало).
* 25 ноября. Пространственное совмещение (продолжение). Структурные классификации.
Е. Аксянов.
[ [[ https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_12/term7/lect_3d_2015.pptx | презентация ]] ]
* 27 ноября. Гидрофобные ядра. Структурные домены. Поверхность макромолекулы.
С.А. Спирин
[ [[ https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_12/ppt/I-HF_clusters.ppt | презентация (гидрофобные ядра) ]] ]
[ [[ https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_12/ppt/II-3D_domains.ppt | презентация (домены) ]] ]
[ [[ https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_12/ppt/III-surface.pptx | презентация (поверхность) ]] ]
* 2 и 4 декабря занятий по биоинформатике не будет. Журнальный клуб начинается в понедельник 7 декабря в 15:30 (см. расписание выше).
}}}