#pragma css /css/2015.css
<<BI>>

= Практикум 3. Атлас аминокислот =
В ходе данного задания мы предлагаем вам создать свой собственный графический атлас по аминокислотам.

== Этапы работы: ==
1. '''Сегодня (01.03.16) до 23:59 '''разбиться на группы по 2-3 человека и записаться в [[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1kNjbknwDOa69mgrDPS3j2pKcULLAyqOD-HOlniKYAg0/edit?usp=sharing | табличку]].

2. '''Завтра (02.03.16) до 23:59''' вписать в ту же [[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1kNjbknwDOa69mgrDPS3j2pKcULLAyqOD-HOlniKYAg0/edit?usp=sharing | табличку]] ссылку(и) на страницу, на которой будет размещен отчет по вашей аминокислоте.

3. До следующего занятия (15.03.16) наполнить свою страницу контентом.

== Формат отчета: ==
html страница (наличие двух (Ru/En) и более языковых вариантов будет плюсом) с текстовым содержимым и графическими иллюстрациями, полученными при помощи jmol.

Страница с описанием аминокислоты должна содержать следующую информацию:

=== Введение: ===
 * Тривиальное название на русском и английский языках
 * Трех и однобуквенные коды
 * Химическую формулу
 * Изображение в шариково-стержневой модели с подписанными именами тяжелых атомов + jmol-апплет с соответствующей моделью
 * Описание с перечислением ключевых физико-химических параметров



{{{#!wiki caution
В качестве образца можно рассматривать страницы с Википедии.
Образец, но не копипасту!
}}}
Информация о физико-химических свойствах:

 * Название по IUPAC
 * Химическая формула
 * Брутто-формула
 * Молярная масса
 * Ссылку на идентификатор в базе данных [[http://https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/28782#section=Top|PubChem]]
 * pKa с изображениями всех соответствующих (де)протонированных форм и именами тяжелых атомов + добавить кнопки для их отображения в jmol-апплете. 

{{{#!wiki caution
Чтобы в PDB файле присутствовали протоны, надо искать структуры с разрешением < 1.2A. Если не получается найти структуры протонированных форм, подумайте, как сделать их самостоятельно.
}}}


=== Информация о белок-белковых контактах: ===
В зависимости от конкретной аминокислоты вам необходимо самостоятельно найти и изобразить примеры всех возможных контактов для данной аминокислоты со всеми возможными другими аминокислотами.

{{{#!wiki caution
например Asp vs Arg, Asp vs Lys, Asp vs Ser и т.д. Отдельное внимание обратите на возможность появления/потерю контактов у (де)протонированных форм!
}}}
Интересующие нас типы контактов:

 * Ковалентные связи
 * Водородные связи
 * Солевые мостики
 * Гидрофобные ядра (используйте сервис CRUD)



Там, где это разумно (например для водородных связей), необходимо отобразить геометрические параметры контактов.

Для отображение используйте JMOL-апплет со скриптом:

 *  который последовательно показывает все перечисленные контакты
 *  показывает имена тяжелых атомов аминокислот, вовлеченных во взаимодейтсвие
 *  при помощи команды "echo" выводит строку, содержащую:
  * тип контакта
  * PDB ID структуры
  * номера и трехбуквенные коды аминокислот, вовлеченных во взаимодейсвтие.
 *  Апплет также должен иметь кнопки "Запустить скрипт" и "Сохранить изображение".



=== Информация о днк-белковых контактах: ===
Аналогично предыдущему пункту.

=== Ссылки на источники: ===
Вся использованная литература или ресурсы.

Предварительный набросок того, как может выглядеть страница, можно увидеть [[http://vsb.fbb.msu.ru/share/example.html | здесь]]