#pragma css /css/2015.css
<<BI>>

= Задание =
1.(0.5 балла) Напишите программу, которая читает файл в формате <<Href(/FBB/year_11/term4/python/exam, FASTA)>> (имя файла может быть задано переменной в первых строках программы). Файл должен содержать нуклеотидные последовательности. Программа должна вычислить для них комплементарные и напечатать в другой файл в формате FASTA.

2.(0.5 балла) Прочитать файл с выравниванием в формате ClustalW. Вывести строку, в которой для каждой позиции выравниваниея стоит либо маленькая буква, соответствующая наиболее частой букве в позиции, либо заглавная буква, если данная позиция является полностью консервативной (и в ней встречаются только гэпы или одна и та же буква).

3. (1 балл) Дано множественное выравнивание в формате fasta. Написать скрипт, который принимает 2 аргумента 1) имя файла с выравниванием  2) имя последовательности. Скрипт выводит все позиции, отличающиеся у заданной последовательности от остальных в виде таблички.

позиция ак_в_заданной_последовательности ак_в_остальных_последовательностях

10 A V 

11 G K,R

.... 

4. (0.5 балл) Программа с использованием Biopython, которая делает что-нибудь полезное для вашей курсовой работы и др.

[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_11/term4/python/credit-2/|Примеры множественных выравниваний в формате ClustAl (Берете файлы с расширением .clustalw)]]