#pragma css /css/2015.css
<<BI>>

== Занятие 1 ==

''10 февраля 2017''

'''Цель занятия:''' поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. На следующих занятиях это дерево будет сравниваться с реконструкциями филогении по последовательностям белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру 17 февраля. 

Из нижеследующего списка бактерий отдела фирмикут выберите 7–8 названий. 

||Название||Мнемоника||
||''Bacillus anthracis''||BACAN||
||''Bacillus subtilis''||BACSU||
||''Clostridium botulinum''||CLOBA||
||''Clostridium tetani''||CLOTE||
||''Enterococcus faecalis''||ENTFA||
||''Finegoldia magna''||FINM2||
||''Geobacillus kaustophilus''||GEOKA||
||''Lactobacillus acidophilus''||LACAC||
||''Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus''||LACDA||
||''Lactococcus lactis subsp. cremoris''||LACLM||
||''Listeria monocytogenes serovar 1/2a''||LISMO||
||''Staphylococcus aureus''||STAAR||
||''Staphylococcus epidermidis''||STAES||
||''Streptococcus pyogenes serotype M1''||STRP1||
||''Streptococcus pneumoniae serotype 4''||STRPN||


Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:

{{http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term4/all_tree.png}}

 Приведите в отчёте:
 а) скобочную формулу дерева;
 б) изображение дерева;
 в) список '''нетривиальных''' ветвей как разбиений множества листьев.

Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

'''Совет по созданию изображения.''' Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA.

----
== Пример отчёта ==
(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).

{{http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term4/example.png}}