#pragma css /css/2015.css
<<BI>>
= Эволюция последовательностей =
----
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1hrbwM1Za4SEZhCEFdU2QnI8LqtAc9_JYHASkZdikoWs/edit#gid=1507588260|Расписание]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/19DmOtrPRYP7mXFVQ2qHB4lonp4MpCuxREbzTojOK-rk/edit#gid=2060336071|Результаты]] Только для студентов и преподавателей
----
[[https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSd1KlQkNQYXKBfoy5igIwkXTCNuMVrgkSNbNK0nsHqaiOUmPQ/viewform|Записаться в очередь на проверку]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/19DmOtrPRYP7mXFVQ2qHB4lonp4MpCuxREbzTojOK-rk/edit#gid=1062890156|Состояние очереди]]
----
{{{#!wiki
Новости
}}}
{{{#!wiki orange
5 мая 2017
Занятие 12 мая начнется с миниКР по сигналам (информационное содержание, PWM). Положительный результат зачтется как ответ на вопрос коллоквиума.
ААл
}}}
{{{#!wiki green
14 апреля 2017
Задание практикума 9 по сигналам выполняется командами из двух студентов.
До 17 апр. договоритесь про команду и запишитесь в таблицу на стр. [[/task9| прак. 9]]
ААл
}}}
{{{#!wiki red
14 марта 2017
По осеннему семестру проставил штрафы за опоздания выполнения практикумов блоков 2 и 3. -0.5 за выполнение после мягкого deadline но до жесткого, -2 за сдачу в зачетную сессию, -3 за сдачу в февр - марте.
Такая система будет и в этом семестре. ААл
}}}
{{{#!wiki comment
14 февр 2017
Коллеги! Совместил файлы "Результаты" и "Состояние очереди". Пишите, если что-то изменилось с вашими правами доступа. ААл
}}}
{{{#!wiki green
Проверил 1-4 праки у людей, чьи фамилии после буквы М. Если кого-то пропустил, кто-то что-то доделает до зачета - пишите мне на один из контактов, что я написал в SideInfo. Прошу делать привязку вашего творчества к странице - так проверять легче. ПДД
}}}
{{{#!wiki blue
Насколько помню, у многих на зачете возникают проблемы с PWM, MEME, GibbsSampler и HMM.(ПДД)
=== Лекции Павла Певзнера ===
==== PWM, MEME и GibbsSampler ====
1. [[https://www.youtube.com/watch?v=tmhmdai14oE|From Implanted Patterns to Regulatory Motifs (Part 1)]]
2. [[https://www.youtube.com/watch?v=R5DVi25kqAY|From Implanted Patterns to Regulatory Motifs (Part 2)]]
3. [[https://www.youtube.com/watch?v=4wo2d2_OMyE|From Implanted Patterns to Regulatory Motifs (Part 3)]]
4. [[https://www.youtube.com/watch?v=sUXe2G2I9IA|How Rolling Dice Helps Us Find Regulatory Motifs (Part 1)]]
5. [[https://www.youtube.com/watch?v=MP6O_Z2AUDU|How Rolling Dice Helps Us Find Regulatory Motifs (Part 2)]]
6. [[https://www.youtube.com/watch?v=P0Befhof0jU|How Rolling Dice Helps Us Find Regulatory Motifs (Part 3)]]
==== HMM - это в том или ином виде вам рассказывали ====
1. [[https://www.youtube.com/watch?v=caiWd-vSEFo|Gambling with Yakuza]]
2. [[https://www.youtube.com/watch?v=cJvKNZCDQAA|From a Crooked Casino to a Hidden Markov Model]]
3. [[https://www.youtube.com/watch?v=Xr0zDtbeLik|The Decoding Problem]]
4. [[https://www.youtube.com/watch?v=0dVUfYF8ko0|The Viterbi Algorithm]]
5. [[https://www.youtube.com/watch?v=vO_6xfLwGao|Profile HMMs for Sequence Alignment]]
6. [[https://www.youtube.com/watch?v=HbA0odlLuZs|Classifying Proteins with Profile HMMs]]
Для самых стойких, это вам расскажут на биоалгоритмах.
==== Немного об обучении ====
1. [[https://www.youtube.com/watch?v=7tN5Ngf4iJE|Viterbi Learning]]
2. [[https://www.youtube.com/watch?v=yUZ8CBdeJRs|Soft Decoding Problem]]
3. [[https://www.youtube.com/watch?v=SyFXnTqQRGs|Baum-Welch Learning]]
}}}
----
== Блок 1: Молекулярная филогения ==
=== 1. Что такое филогенетическое дерево ===
10 февраля 2017, С.Спирин, А.Ершова
[ [[2015/4/task1|задания]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/Trees_1.pptx|презентация]] ]
=== 2. Реконструкция филогении ===
17 февраля 2017
[ [[2015/4/task2|задания]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/Trees_2.pptx|презентация]] ]
=== 3. Укоренение и бутстрэп ===
3 марта 2017
[ [[2015/4/task3|задания]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/Trees_3.pptx|презентация]] ]
=== 4. Коллоквиум по первому блоку ===
10 марта 2017
[[2015/4/colloquium1| [программа коллоквиума] ]]
[ [[2015/4/task4|задания практикума 4]] ]
== Блок 2: Функциональные классы белков ==
=== 5. Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG. ===
17 марта 2017, Д.Диброва
[ [[2015/4/task5|задания]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/Enzymes1_DD.pptx|презентация]] ]
=== 6. Геномное окружение. Онтология GO ===
24 марта 2017, Д.Диброва
[ [[2015/4/task6|задания]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/Enzymes2_DD.pptx|презентация]] ]
=== 7. Мембранные белки ===
31 марта 2017, Д.Диброва
[ [[2015/4/task7|задания]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/Enzymes3_DD.pptx|презентация]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term4/y15_pdb_transmembrane.xlsx|список выданных белков]] ]
=== 8. Коллоквиум по второму блоку ===
7 апреля 2017
{{{#!wiki red
К коллоквиуму 7 апреля вы должны уметь '''узнавать по химической формуле''' следующие вещества и знать их полные названия (желательно знать, для чего они используются ферментами):
АТФ, АДФ, АМФ, цАМФ, НАД/НАДН, НАДФ/НАДФН, ФАД, ФМН, хиноны/хинолы (класс соединений), КоА, биотин, тиаминдифосфат, гем (класс соединений).
Также нужно уметь узнавать:
* обычные нуклеотиды (аденин, гуанин, тимин, урацил, цитозин);
* аминокислоты (20 канонических);
* сахара, жирные кислоты, фосфолипиды (как классы соединений, т.е. без индивидуальных названий).
}}}
== Блок 3: Сигналы ==
||<tablestyle="background-color: #F0FFFF; cellpadding: 0px 0px;">Практикум || Без штрафов || Штраф 0.5 ||
|| 9 || 02 мая 11:30 (утра!) || 10 мая 11:30 ||
|| 10 || 10 мая 11:30 || 10 мая 11:30 ||
|| коллоквиум|| 19 мая сигналы + домены || ||
=== 9. Поиск сигналов. Теория ===
14 апр 2017, А.Ершова, А.Жарикова, А.Алексеевский
[ [[2015/4/task9|задания]] ] [презентация [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/signal_ase.pptx|pptx]] [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/signal_ase.pdf|pdf]] ]
=== 10. Поиск сигналов. chip-seq ===
21 апр 2017, А.Ершова, А.Жарикова, А.Алексеевский
[ [[2015/4/task10|задания]] ]
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/signals-2_ase.pptx|[презентация] ]]
[[https://www.ebi.ac.uk/training/online/course/ebi-next-generation-sequencing-practical-course/gene-regulation/chip-seq-analysis|[лекция и презентация] ]]
== Блок 4: Эволюционные домены ==
||<tablestyle="background-color: #F0FFFF; cellpadding: 0px 0px;">Практикум || Без штрафов || Штраф 0.5 ||
|| 11 || 11 мая 11:30 (утра!) || 19 мая 5:00 (утра!) ||
|| 12 || 15 мая 11:30 || 19 мая 5:00 (утра!) ||
|| 13 || см. прак. 12|| ||
|| коллоквиум|| 19 мая сигналы + домены || ||
=== 11. Реконструкция эволюции доменной архитектуры ===
28 апр 2017
А.Алексеевский
[ [[2015/4/task11|задания]] ]
[ [[2015/4/task11/hints|указания]] ]
[ [[2015/4/task11/scripts|скрипты]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/ArchiEvol_2017.ppt|презентация]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/scenarios.ppt|сценарии]] ]
=== 12. Профили ===
5 мая 2017
А.Алексеевский
[ [[/task12| задания]] ]
[ [[/task12/hints| указания]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/profile_2017_aal.pptx|презентация]] ]
=== 13. ===
12 мая 2017
С.А.Спирин
[ [[/task12| задания]] ]
[ [[/task12/hints| указания]] ]
{{{#!wiki comment
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/|презентация]] ]
}}}
=== 14. Коллоквиум по сигналам и эволюционным доменам ===
19 мая 2017
Все
[ [[/colloquium|программа коллоквиума]] ]
------
{{{#!wiki comment
== Блок 3: Сигналы ==
=== 11. Поиск сигналов. ===
15 апр 2015, Д.Бредихин, А.Алексеевский, А.Жарикова
[ [[2014/4/task10|задания]] ] [ [[https://www.ebi.ac.uk/training/online/course/ebi-next-generation-sequencing-practical-course/gene-regulation/chip-seq-analysis|лекция и презентация]] ]
== Блок 4: Эволюционные домены ==
=== 12. Восстановление предкового состояния доменной архитектуры ===
28 апр 2016, А.Алексеевский, А.Жарикова, Д.Бредихин
[ [[2014/4/task11|задания]] ]
[ [[2014/4/hints11|указания]] ]
[ [[2014/4/scripts11|скрипты]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/ArchiEvol_2016.ppt|презентация]] ]
=== 13. Профиль семейства последовательностей белков ===
6 мая 2016, А.В. Алексеевский, А.Жарикова, Д.Бредихин
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/profile_2016.ppt|презентация]] ]
=== 14. Коллоквиум по сигналам и эволюционным доменам ===
13 мая 2016, все
[ [[2014/4/task13|вопросы к коллоквиуму]] ]
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/term4/Program.docx|вопросы из билетов]] ]
В зачёт входят задания:
................
}}}