#pragma css /css/2015.css
<<BI>>
= Экзамен =
Экзамен включает две темы.
* Алгоритмы -- весенний семестр. Вопросы спрашивайте у А.А.Миронова. В прошлом году вопросы были [[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2012/6/Algorithms/bilety|такие]]. Могут быть измененния
{{{#!wiki comment
<<BR>> ~-(Насколько мне известно, А.А. собирался оставить те же основные вопросы, но как дополнительный может быть задан вопрос о картировании ридов и преобразовании Барроуза — Уилера. С.А.С.)-~
}}}
* Биоинформатика 3D, см. ниже на этой странице.
= Критерии оценки =
Оценка равна округлению среднего арифметического за алгоритмы и за 3D.
В диплом пойдет оценка за геномику (след. семестр), в которой будут учтены оценки за алгоритмы и 3D
----
= Биоинформатика 3D =
Оценка за 3D выставляется при зачтенных отчете о валидации структуры (нужен текст) и всех "умениях" 1-7, 9-10
Оценка равна среднему арифметическому трех оценок: за РСА, за журнальный клуб, за ответ на экзамене. Выставляется с точностью до десятых.
=== Часть I. РСА ===
Из 5 баллов. Засчитывается оценка за коллоквиум, см. в ведомости. Не имеющие оценки или желающие её улучшить на экзамене получают дополнительно билет из коллоквиума по РСА. В экзамен идет последняя оценка.
=== Часть II. Журнальный клуб ===
Из 5 баллов. Засчитывается оценка из ведомости за доклад, оппонирование и активность.
Если доклада и/или оппонирования не было, то получить ее на экзамене невозможно.
=== Часть III: Ответ на экзамене ===
Из 5 баллов. Ответ на билет (см. ниже) плюс зачтенные умения и отчёт по оценке качества структуры. Если что-то не сдано, то получаете соответствующее задание на экзамене.
Каждый билет будет включать по вопросу из лекций и из журнального клуба.
==== Вопросы из лекций ====
1. Водородные связи и вторичная структура белков. Алгоритмы DSSP и Stride.
1. Кластеры неполярных атомов. Гидрофобное ядро. Алгоритм Свинделлса. Алгоритм (''k'',''l'')-разрезов.
1. Домены, определения. Структурные домены, основные характеристики.
1. Принципы алгоритмического выделения структурных доменов. Алгоритмы DOMAK и DETECTIVE.
1. Поверхность макромолекулы.
1. Постановка задачи совмещения структур при заданном выравнивании. Меры сходства. Алгоритм Сиппла –- Стегбухнера
1. Постановка задачи пространственного выравнивания (без заданного выравнивания последовательностей). Алгоритм PDBeFold или CE. Меры качества выравнивания в алгоритмах PDBeFold и DALI.
1. Постановка задачи гибкого пространственного выравнивания.
1. Структурные классификации SCOP и CATH. Уровни классификации. Архитектура и топология.
[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term7/|Презентации лекций]]
{{{#!wiki comment
* Вопрос 1.[[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/DSSP_2018.pptx| [презентация (втор. структура)] ]]
* Вопрос 2. Диск P term7 HF_clusters_2018.ppt [презентация (г/ф ядра)]
* Вопросы 3–4. Диск P term7 3D_domains_2018.ppt [презентация (домены)]
* Вопрос 5. По ссылке с соотв. страницы [презентация (поверхность)]
* Вопросы 6–7. (i) Требуйте от Артура! (ii)
[[ https://docs.google.com/presentation/d/1BS_VuV9_xpz4po768X5U3TWnyZgALc0pWbve4XYF-00/present?slide=id.g297dec0704_2_79 | [презентация Артура прошлого года(3D выравнивание)] ]]
* Вопрос 9. [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/StructuralClassifications_2018.pptx| [презентация (классификация)] ]]
}}}
* Вопрос 8: последний слайд [[ https://docs.google.com/presentation/d/1BS_VuV9_xpz4po768X5U3TWnyZgALc0pWbve4XYF-00/present?slide=id.g297dec0704_2_79 | [презентации АЗ] ]], подробнее — [[ http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/ppt/FlexibleAlignment.pptx | [старая презентация ААл] ]]
==== Вопросы из журнального клуба ====
{{{#!wiki red
25 дек. 2018. В процессе .... ААл
}}}
Презентации студентов-докладчиков и статьи см. на диске Р/Jclub-3d/... Тех, кто не прислал свои презентации, прошу это сделать срочно! Назвать презентацию надо так: <тема (коротко!)>`_`<авторы(-ы)> --- все латинскими буквами без пробелов. ААл
1. `FoldIt` (что это такое, целевая функция, пример(-ы) использования в науке)
1. Rosetta (что это такое, основная идея моделирования, успехи и применения)
1. CASP (что это такое, цели, успехи;
1. Как измерять соответствие модели и оригинальной РСА структуры: RMSD и CAD-score;
1. `CryoEM` (основы технологии, разрешение -- отличие от РСА, пример расшифровки, сравнение с РСА: преимущества и недостатки)
1. Белки без постоянной структуры (что это такое, распространение, особенности функционирования, ....)
1. Эволюция укладок. Примеры (циклические перестановки: как происходят, при каком условии на структуру возможны; возможно ли изменение укладки белка при небольшом числе точечных мутаций последовательности, ...).
1. Моделирование белков (моделирование ''de novo'' -- возможно ли?, моделирование ферментов, ...)
1. Предсказание вторичной структуры по последовательности: примеры программ, точность предсказания.
----
Дополнительно.
{{{#!wiki red
В процессе
}}}
К вопросам 3–4 см. также [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/Bourne_Domains.pptx|презентацию P.E.Bourne]].
На всякий случай выкладываю ещё презентации прошлых лет:<<BR>> [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/3DstructuralUnits.ppt|Структурные единицы]]<<BR>> [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/3Dalignment.pptx|Пространственное выравнивание и совмещение]]
{{{#!wiki comment
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/I-HF_clusters.ppt|Гидрофобные ядра]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/II-3D_domains.ppt|Структурные домены]]
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/III-surface.pptx|Поверхность молекулы]] (вопрос 7)
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_13/ppt/Classification.pptx|CATH и SCOP]] (вопрос 8)
}}}