#pragma css /css/2015.css
<<BI>>
= Биоинформатика в 3D =
Подсказка преподавателю: кандидат для вызова к доске: '''<<RandomStudent>>'''
(только из: <<Href("?group=1","1")>>, <<Href("?group=2","2")>>)
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1hrbwM1Za4SEZhCEFdU2QnI8LqtAc9_JYHASkZdikoWs/edit#gid=1268461640| Расписание]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1FjeXGsnvliaEpTfGOx27BDGP_f53uDutBuN7aii1Wnk/edit#gid=1313069892|Ведомость]] Только для студентов и преподавателей
----
[[https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScXPV2lDNmibnOu-eU36jWzTcJaztaZmPnO15lhmfzoMjI00w/viewform?fbzx=8206032458367277000|Записаться в очередь на проверку]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1FjeXGsnvliaEpTfGOx27BDGP_f53uDutBuN7aii1Wnk/edit#gid=67381206|Состояние очереди]]
----
{{{#!wiki
Новости
}}}
{{{#!wiki warning
Спасибо Ивану Русинову за замену апплета Jmol на Jsmol в [[http://mouse.belozersky.msu.ru/npidb/cgi-bin/hftri.pl |сервисе CluD]] для поиска гидрофобных кластеров в структурах белков и комплексов макромолекул!
Благодаря этому CluD полностью восстановил свою функциональность!
И задание по поиску гидрофобных кластеров в структурах (см. ссылку на "Здания для зачета по умениям") становится актуальным.
ААл
}}}
{{{#!wiki green
10 окт 2018
Коллеги!
Что требуется сделать до экзамена.
Перечисляю.
1) Сдать коллоквиум по ренгеноструктурному анализу (теория), см. расписание когда. Оценка за коллоквиум идет в оценку за экзамен.
2) Сдать отчет по Validation — качестве РСА расшифровке структуры белка и ошибках в этой расшифровке. И получить зачет за отчет.
3) Сделать доклад на журнальном клубе и оппонировать докладу кого-то из однокурсников. За журнальный клуб (доклад, оппонирование, активность участия в обсуждении – вопросы) ставится оценка, она тоже идет в оценку за экзамен.
4) Получить зачет по примерно 10-и умениям работы с 3D структурами, см. ссылку "Здания для зачета по умениям"( и страницу practices в ведомости).
5) На экзамене будет две темы: наш курс по 3D и алгоритмы Миронова. Итоговая оценка вычисляется как среднее.
ААл
}}}
[[/skills| Задания для зачёта по умениям]]
[[/exsam| Экзамен ]]
== Блок 1. Рентгеноструктурный анализ ==
=== 1. Лекция 1 ===
3 октября 2018, В.Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term7/Lunin_lect1_conv.pptx|презентация]] ]
=== 2. Семинар 1 ===
5 октября 2018, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[ [[/task1|задание 1 (электронная плотность в PyMol)]] ]
=== 3. Лекция 2 ===
10 октября 2018, В.Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term7/Lunin_MSU_Oct18_Lect2_conv.pptx|презентация]] ]
=== 4. Семинар 2 ===
12 октября 2018, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[ [[/skills/crystall|задание 2: восстановление кристалла по содержимому асимметрической ячейки]] ]
[ [[/skills/fourier|задание 3: восстановление структуры по "экспериментальным данным РСА" в одномерной модели]] ]
=== 5. Лекция 3 ===
17 октября 2018, В.Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term7/Lunin_MSU_Oct18_Lect3_conv.pptx|презентация]] ]
=== 6. Лекция 4. Оценка качества РСА расшифровки структуры. Поиск ошибок ===
24 октября 2018, А.В. Алексеевский
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term7/validation_2018.pptx|презентация]] ] [ [[/skills/validation| отчёт по качеству расшифровки структуры]] ]
=== 7. Лекция 5. Оценка качества РСА расшифровки (окончание). Основные сведения о ЯМР расшифровках структур белков ===
26 октября 2018, С.А. Спирин
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/NMR_2018.pptx|презентация по ЯМР]] ]
=== 8. Консультация по коллоквиуму ===
31 октября 2018
=== 9. Коллоквиум по РСА ===
2 ноября 2018
[[ /colloquium|Вопросы к коллоквиуму по РСА]]
== Блок 2. Алгоритмы в 3D ==
=== 10. Лекция 6. Алгоритмы выделения элементов вторичной структуры ===
7 ноября 2018, С.А. Спирин
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/DSSP_2018.pptx|презентация]] ]
=== 11. Лекция 7. Алгоритмы выделения поверхности макромолекул ===
9 ноября 2018, А.О. Залевский
[ [[https://docs.google.com/presentation/d/1-2Am0RYqwKBjAedHgefhclGHdqACfT8CSStVTkqU2tE/edit?usp=sharing | презентация ]] ]
=== 12. Лекция 8. Гидрофобные кластеры. Структурные доманы. ===
14 ноября 2018, А.В. Алексеевский
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term7/HF-clusters-2018.pptx|презентация: гидрофобные кластеры]] ] [ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term7/3D_domains-2018.pptx|презентация: структурные домены]] ]
=== 13. Лекция 9. Алгоритмы совмещения структур ===
16 ноября 2018, А.О. Залевский
[[ https://docs.google.com/presentation/d/1Zf-0g8T3Qc_zrTl_rgsqpMmGsd2fRJedC87neXFowH4/edit?usp=sharing | презентация ]]
=== 14. Лекция 10. Домены (завершение). Структурные классификации белков ===
21 ноября, С.А.Спирин
[ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/ppt/StructuralClassifications_2018.pptx|презентация]] ]
== Блок 3. Журнальный клуб ==
[[/rules | [Правила] ]] В рамках обозначенной темы студент СВОБОДЕН в содержании и построении доклада; не обязательно использовать все предлагаемые статьи - можно сузить тему и выбратьодну или несколько из них на свой вкус; можно вообще использовать только какие-то другие в рамках темы. ГЛАВНОЕ: доклад должент быть понятен и интересен себе любимому; другим студентам и преподавателям :)
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1GQRrhaK-2zNUTg1_ajBJwgFvKPWqS9mOffhl6ic3pRA/edit#gid=604661540|[Темы (in progress)] ]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1GQRrhaK-2zNUTg1_ajBJwgFvKPWqS9mOffhl6ic3pRA/edit#gid=0| [Расписание] ]]
Выбрав тему доклада или оппонирования, а также желаемую дату выступления, записывайтесь самостоятельно: темы и расписание открыты студентам на запись. Выбирайте ближайшую подходящую дату (иначе мы не уложимся в расписание). Преподаватели должны утвердить распиание (и тему) во избежание конфликтов.