#pragma css /css/2016.css
<<BI>>

== Практикум 6. Задание ==
{{{#!wiki warning
Две HTML-странички с результатами выполнения практикума должны быть доступны с вашего сайта, т.е. на них должны вести ссылки с осмысленными названиями со страницы первого семестра.
}}}
== 0. Подготовка. Скачивание файла с геномом Вашего организма ==
 1. В папке `term1` создайте папку `block2`, а в ней папку `pr6` для хранения промежуточных файлов этого практикума.
 1. В [[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2016/1/student_protein_and_organism|таблице]] найдите идентификатор белка, выданного Вам. С этим белком вы будете работать в следующих семестрах, поэтому почти всегда, когда будет говорится ''ваш белок'' -- будет подразумеваться именно этот белок.
 1. '''Найдите свой белок в базе данных NCBI'''. Зайдите на сайт [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/|NCBI]]. В строку поиска введите идентификатор белка, а слева выберите тип данных, по которому проводить поиск - `Protein`.
 1. '''Перейдите на страницу нуклеотидной записи, из которой получен белок'''. В записи о Вашем белке найдите квалификатор (поле) `DBSOURCE` ("database source", т.е. источник, откуда получена последовательность), перейдите по ссылке.
 1. '''Включите отображение последовательностей в записи'''. В правом верхнем углу найдите поле опций (серый прямоугольник). Поставьте галочку на `Show sequence` (показать последовательность) и нажмите `Update view`.
 1. С'''охраните файл с нуклеотидной записью'''. Щелкните мышью на ссылку `Send`, находящуюся в верхней части окна записи. Выберите опцию `Complete record`, пункт назначения - `File`, формат оставьте стоящий по умолчанию: `GenBank`. Нажмите на клавишу `Create File`, чтобы начать скачивание.

== 1. Создайте страничку с описанием выданного прокариотического организма ==
 1. '''Создайте страничку с названием (для поля `<TITLE>`) "Краткое описание генома бактерии ''(или археи, если вам выдана архея'') <...>", где вместо `<...>` подставьте латинское название выданного организма'''.
 1. '''Напишите абзац (или несколько) текста, описывающего выданный вам организм'''. Не забывайте учитывать все правила написания научного текста, которые были даны в [[http://kodomo.cmm.msu.ru/wiki/2015/1/pr5|предыдущем практикуме]]. Можно пользоваться планом ниже или иначе. Краткую справочную информацию (о размере генома и т.п.) можно получить [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/|на сайте NCBI]]: из выпадающего меню (где стоит `All Databases`) выберите `Genome`, а в поле справа вставьте латинское название своего организма и нажмите кнопку "Search".
  * Бактерия это или архея;
  * Местообитание организма, вызываемые им заболевания (если это патоген) или другие интересные особенности;
  * Размер генома (в парах нуклеотидов), количество генов;
  * Дата секвенирования генома.
 1. '''Если найдете картинку с микрофотографией клеток этого организма - вставьте ее на страничку'''.

== 2. Создайте страничку с описанием выданного белка и его геномного окружения ==
 1. С помощью текстового поиска найдите описание и последовательность своего белка в скачанном файле.
 1. '''Вставьте последовательность своего белка в формате FASTA на страничку'''.
 1. '''Заполните на страничке таблицу 1'''.
  * Вместо `<XXX>` в названии белка вставьте в родительном падеже (описание ''чего?'') перевод на русский язык описания белка, которое указано в БД (поле `product`).
  * Координаты в геноме записывайте в формате `begin..end` (например, `100..200`).
  * Идентификатор белка -- это то, что указано в таблице, и то, что называется `protein_id`.
  * Идентификатор генома -- это идентификатор, который указывается в первой строке того файла `.gbk` , в котором вы нашли свой белок. Если геном вашего организма в базе данных представлен несколькими фрагментами (например, несколькими хромосомами, или хромосомой и плазмидами), то назовите этот параметр в таблице ''Идентификатор фрагмента генома''.
 1. '''Создайте и добавьте на страничку рисунок с изображением геномного окружения своего белка'''.
  * Откройте геномный браузер для своего генома. Для этого откройте [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/|сайт NCBI]], из выпадающего меню (где стоит `All Databases`) выберите `Nucleotide`, а в поле справа вставьте идентификатор генома (или его фрагмента), в котором нашелся выданный вам белок. Нажмите кнопку "Search", а потом - ссылку "Graphics".
  * В поле `Find:` вставьте координаты гена своего белка (в таком же виде, как у вас в таблице) и нажмите клавишу "Enter": браузер переместит вас к выбранной области.
  * Немного отдалите "камеру", чтобы в поле зрения попали 1-2 окружающих гена.
  * Включите режим просмотра рамок считывания (кнопка `Tracks` -> вкладка `Sequence` -> галочка на `Six frames translation`).
  * Сохраните рисунок в виде pdf (кнопка `Tools` -> пункт `Downloads` -> `PDF file` -> `Create PDF-file`, а потом щелкните по появившейся короткой ссылке).
  * Сохраните этот же рисунок в формате `PNG` и вставьте на свою страничку. Для этого:
   * Откройте сохраненный рисунок в программе Adobe Acrobat, установите величину Zoom на примерно 150% и скопируйте рисунок в буфер обмена (меню `Редактрирование` -> `Сделать снимок`), потом `<Ctrl + A>` чтобы выделить все, `<Ctrl + С>` чтобы скопировать в буфер обмена. 
   * Откройте `Paint` или другой редактор картинок.
   * Вставьте изображение из буфера (`<Ctrl + V>`).
   * Обрежьте края рисунка так, чтобы они соответствовали изображению (не оставляйте огромных пустых белых полей).
   * Сохраните рисунок в формате `PNG` (в `Paint`: меню `Файл` -> `Сохранить как` и выбираете формат).
<<BR>>
'''Таблица 1'''. Описание `<XXX>` из генома бактерии ''(или археи, если вам выдана архея'') `<YYY>`
||'''Параметр'''||'''Значение'''||
||Идентификатор белка|| ... ||
||Идентификатор генома|| ... ||
||Координаты гена в геноме|| ... ||
||Длина гена (в парах нуклеотидов)|| ... ||
||Цепь (прямая или обратная)|| ... ||
||Длина белка (в аминокислотных остатках)|| ... ||