#pragma css /css/2017.css
<<BI>>

= Практикум 5. Задание =

== 0. Подготовка. Скачивание файла с геномом Вашего организма ==
 1. В папке `term1` создайте папку `block2`, а в ней папку `pr5` для хранения промежуточных файлов этого практикума. Создайте папку `credits` для файлов на проверку.
 1. В [[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2017/1/student_protein_and_organism|таблице]] найдите идентификатор белка, выданного Вам. С этим белком вы будете работать в следующих семестрах, поэтому почти всегда, когда будет говорится ''ваш белок'' -- будет подразумеваться именно этот белок.
 1. '''Найдите свой белок в базе данных NCBI'''. Для этого зайдите на сайт [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/|NCBI]]. В строку поиска введите идентификатор белка, а слева выберите тип данных, по которому проводить поиск - `Protein`.
 1. '''Перейдите на страницу нуклеотидной записи, из которой получен белок'''. Для этого в записи о Вашем белке найдите квалификатор (поле) `DBSOURCE` ("database source", т.е. источник, откуда получена последовательность), перейдите по ссылке.
 1. '''Включите отображение последовательностей в записи'''. Для этого В правом верхнем углу найдите поле опций (серый прямоугольник). Поставьте галочку на `Show sequence` (показать последовательность) и нажмите `Update view`.
 1. '''Сохраните файл с нуклеотидной записью'''. Для этого щелкните мышью на ссылку `Send`, находящуюся в верхней части окна записи. Выберите опцию `Complete record`, пункт назначения - `File`, формат оставьте стоящий по умолчанию: `GenBank`. Нажмите на клавишу `Create File`, чтобы начать скачивание.

== 1. Получение информации о своем белке из нуклеотидной записи ==
 1. С помощью текстового поиска найдите описание и последовательность своего белка в скачанном файле.
 1. '''Создайте файл с последовательностью Вашего белка в формате FASTA'''. Название файла должно быть следующим: `XXX_pr5.fasta`, где `XXX` - идентификатор выданного белка ''без версии записи'' (например, не `AKF90774.1`, а `AKF90774`). Пример названия: `AKF90774_pr5.fasta`.
 1. Требование к этому файлу: идентификатором должен быть идентификатор белка (полный с версией записи), описанием последовательности - текст из поля `product` (предполагаемое название белка).
 1. '''Заполните [[https://docs.google.com/forms/d/1NZATWYSIAL-86waqrxc8okq4VyVny2cZAQ467YkyhbM|форму]] с информацией по Вашему белку'''
 1. На следующем занятии (после проверки ваших данных) вы будете создавать web-страничку о своем белке, поэтому постарайтесь вовремя предоставить данные через форму для проверки!

<<BR>><<BR>>
{{{#!wiki warning
Срок выполнения заданий -- утро дня следующего занятия. Это означает, что к этому моменту (13 октября): (1) файл с последовательностью выданного белка в формате fasta должен лежать в директории `H:\term1\block2\credits` и (2) форма со сведениями о выданном белке должна быть заполнена.
}}}