#acl PrepsGroup:read,write,delete,revert,admin Known:read,write All:read
#pragma css /css/2017.css
<<BI>>


=== Задание 1. Найдите отличия между тремя выравнивания ОДНИХ И ТЕХ ЖЕ последовательностей, построенные разными программами ===

Для выполнения задания нужно выровнять три выравнивания друг относительно друга, открыть их в одном окне Jalview и раскрасить все последовательности, а отдельно в каждом выравнивании.

''Для раскраски'' 
 a. Сделайте группу из каждого выравнивания (выделите последовательности, правая кнопка мыши => selection => create group)
 a. Раскрасьте внутри группы (выделите группу, правая кнопка мыши selection => Edit group =>   group color и выбирайте тип раскраски - Clustal или percentage identity)

'' Для выравнивания выравниваний''
 
 Способ 1. Выравнивание выравниваний вручную в Jalview. Перемещение делается так.

Выделите прямоугольник, в котором будут происходить  перемещения. Курсор - на букву, начало перемещаемого участка. 

Ctrl + перемещение мышью - перемещение всех последовательностей в прямоугольнике; 

Shift + перемещение мышью - перемещение одной последовательности в прямоугольнике. 

Важно: если в прямоугольнике нет места для перемещения, то ничего и не будет происходить. Однако, если прямоугольник - до конца выравнивания, то движение направо всегда возможно. 

См. также инструкцию по Jalview на kodomo (https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/HowTo)
 
Способ 2. Используйте muscle. muscle --help чтобы узнать какая опция позволяет выровнять два выравнивания а не две последовательности. Выровняв три выравнивая (1) 1 + 2; (2) (1 + 2) + 3), откройте результат в Jalview и далее - как описано выше.