#pragma css /css/2017.css
<<BI>>
== На этой странице вы найдете задания третьего занятия первого блока. ==
* Задания 1,2 нужно подготовить к занятию 4.
----
для всех заданий форма отчётности html страница
----
=== Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК ===
(обязательное, результаты выполнения нужно привести в отчете)
==== Упр.1. Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов ====
Программа '''''einverted''''' из пакета EMBOSS позволяет найти инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях. Найдите возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК. Сравните с их описанием, полученным ранее с помощью '''''find_pair'''''. Результаты сравнения занесите в таблицу, приведенную ниже.
Постарайтесь подобрать параметры для получения предсказания, наиболее близкого к реальной структуре.
==== Упр.2. Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера. ====
Введите следующие команды, что бы указать путь к [[http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.1.html|RnaFold]]:
{{{#!highlight bash
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
}}}
Программа '''''RNAfold''''' из пакета Viena Rna Package реализует алгоритм Зукера. Постарайтесь подобрать параметры для получения предсказания, наиболее близкого к реальной структуре. Результаты внесите в таблицу, приведенную ниже.
{{{#!highlight bash
cat my.fasta | RNAfold --MEA
}}}
{{{#!wiki green/solid
К сожалению Ghost под Windows сломался, используйте консольную утилиту ps2pdf на kodomo
}}}
Сохраните и внесите в отчет картинку с лучшим предсказанием, а также укажите, каким по счету оно было.
Если программа не работает используйте web вариант [[http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi| ссылка ]]
==== Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла XXXX.pdb ====
||<tablestyle="width:70%"> Участок структуры (расшифровку названий см. [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_07/term3/tRNA.pdf|на рис. 2 в статье О.О.Фаворовой]]) || Позиции в структуре (по результатам '''''find_pair''''') || Результаты предсказания <<BR>> с помощью '''''einverted''''' || Результаты предсказания по алгоритму Зукера ||
|| Акцепторный стебель ||<<BR>>5'-901-907-3'<<BR>>5'-966-972-3'<<BR>> Всего 7 пар ||<<BR>>предсказано 2 пары из 7 реальных || ||
|| D-стебель || || || ||
|| T-стебель || || || ||
|| Антикодоновый стебель || || || ||
|| Общее число канонических пар нуклеотидов || || || ||
[[../help3| См. подсказки.]].
----
=== Задание 2 Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре ===
(обязательное, * отмечены упражнения, результаты которых необходимо привести в отчете)
==== Упр.1. ====
Вспомнить, как с помощью команды '''''define''''' JMol задавать множества атомов.
1. Определите множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1).
1. Определите множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2).
1. Определите множество атомов азота в азотистых основаниях (set3).
1. Создайте скрипт-файл с определениями этих множеств.
1. Создайте скрипт-файл, вызов которого в JMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.
==== Упр.2. ====
Описать ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Сравнить количество контактов разной природы.
Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными атомы углерода, фосфора и серы.
Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.
[[../help3| См. также подсказки.]].
Определите число контактов и заполните следующую таблицу.
==== Таблица. Контакты разного типа в комплексе XXXX.pdb ====
||<tablestyle="width:70%"> '''Контакты атомов белка с''' || '''Полярные''' || '''Неполярные''' || '''Всего''' ||
|| остатками 2'-дезоксирибозы || || || ||
||остатками фосфорной кислоты || || || ||
|| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки || || || ||
|| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки || || || ||
Сравните количество контактов разного типа, напишите краткое резюме в отчете.
==== Упр.3. ====
Получить популярную схему ДНК-белковых контактов с помощью программы '''''nucplot''''' [[../help3| См. подсказки.]].
==== Упр.4. ====
На полученной схеме выбрать
a. аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК;
a. аминокислотный остаток, по-вашему мнению, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК.
В отчете привести обоснование выбора, а также 2 картинки, полученные с помощью JMol. Картинки должны иллюстрировать контакты выбранных аминокислотных остатков с ДНК. Под картинками приведите подписи, поясняющие изображение.