#pragma css /css/2017.css <<BI>> = Проекты на большое количество дополнительных баллов = == DSSP in Python == Сколько лет прошло, но все так же... алгоритм DSSP всеми используется в виде бинарника. Biopython и prody при разметке вторичной структуры вызывают отдельно установленный DSSP и потом считывают его аутпуты. Это не дело! Даешь DSSP на чистом Python! <<BR>> <<BR>> '''Update''': Ева Смородина нашла [[ https://github.com/mdtraj/mdtraj/blob/master/mdtraj/geometry/src/dssp.cpp | референс на C++. ]]. Так как задача несколько упрощается (переписать с C++ на Python), то для получения 10 баллов прошу от вас еще снабдить питоновский вариант хорошими комментариями и/или подготовить презентацию с разбором. <<BR>> '''За выполнение:''' 10 баллов <<BR>> '''Bonus:''' если выполнен, снимается требование выполнять практикум 8 и за него автоматически начисляется максимум баллов. == Что способствует нуклеации? == Вторичная структура с чего-то начинается. А с чего? Для данной конкретной альфа-спирали, какой ее участок образовался раньше других? Если мы начнем собирать статистику по встречаемости аминокислот на 1, 2, 3... -1, -2, -3... позициях от точки нуклеации альфа-спирали, увидим ли мы что-то интересное? <<BR>> <<BR>> '''За выполнение:''' 30 баллов <<BR>> '''Bonus:''' если выполнен, снимается требование выполнять практикум 8 и за него автоматически начисляется максимум баллов. == Все способы прийти к термофильности == Напишите обзор о стратегиях эволюционного дизайна, благодаря которым белок стал более термостабильным <<BR>> <<BR>> '''За выполнение:''' 10 баллов <<BR>> '''Выполняет''': Анна Розина == Внутренняя простота структур == Предположим следующее безумство: мы пропускаем структуру биомолекулы через аутоэнкодер с латентным слоем размера X, наш лосс – RMSD. Как будет зависеть средний RMSD от размера латентного слоя? Для упрощения будем рассматривать только остов и сгенерируем неизбыточную выборку структур с одинаковой длиной последовательности (лишнее с краев будем просто выбрасывать). <<BR>> <<BR>> '''За выполнение:''' 30 баллов == Туториал по Chimera/BioBlender/UnityMol/... для ваших коллег == Понятное и полное описание действий по использованию программы для нужд молекулярного визуализатора. <<BR>> <<BR>> '''За выполнение:''' 1-10 баллов <<BR>> '''Выполняют''': * NGLView: Ева Смородина * Chimera: Юлия Беляева == Простой туториал по Phenix для ваших коллег == Phenix – большой пакет свободного ПО на питоне для работы с данными кристаллографического эксперимента и построения модели. Выберите какую-то одну задачу, которую Phenix может решать и которая обсуждалась в лекциях, и попробуйте придумать туториал/практикум под нее, соберите для этого входные данные. <<BR>> <<BR>> '''За выполнение:''' 1-15 баллов == Туториал по Isolde == Isolde – интерактивная программа для оценки и исправления адекватности вписывания модели в плотность. Сделана на основе молекулярного визуализатора Chimera и движка молекулярной динамики OpenMM. Попробуйте придумать туториал/практикум, соберите для этого входные данные. <<BR>> <<BR>> '''За выполнение:''' 1-15 баллов <<BR>> '''Выполняет:''' Сергей Пушкарев