#pragma css /css/2018.css
<<BI>>

{{{#!wiki comment
Under construction
}}}

= Практикум 10. Выравнивание. Подсказки =

 1.#0 Для работы дома необходимо установить на своём компьютере программу Jalview. Инструкции см.https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/JalView
 1. Создайте директории term2/block3/credits и term2/block3/pr10 
  * В pr10 поместите файл XXXXXXX.fasta с последовательностью своего белка; XXXXXXX - ID или AC белка.
  * Создайте файл CDS.fasta с кодирующей последовательностью белка. 
  * Используйте задание [[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2018/1/pr5| практикума 5 из семестра 1]] или его результат для получения генома, содержащего ваш белок.
   * Найдите координаты кодирующей последовательности: от, до, ориентация, вашего белка в геноме   
   * Используйте seqret из EMBOSS для получения кодирующей последовательности. 
   * Проверьте, что действительно полученная последовательность кодирует Ваш белок
    * Транслируйте ее в белковую последовательность. Имя файла translated.fasta. Используйте transeq из EMBOSS
    * Постройте глобальное выравнивание вашей последовательности с traslated.fasta. Используйте needle из EMBOSS. и найдите число отличий, используйте infoalign из EMBOSS; сделайте конвейер.
   * Для каждой мутации. Для примера, ее номер 7. 
    * Скопируйте CDS.fasta  в mutatedCDS-7.fasta
    * С помощью текстового редактора выполните требуемую мутацию в mutatedCDS-7.fasta и сохраните в том же файле.
    * Транслируйте mutatedCDS-7.fasta в белковую последовательность в файле translated-7.fasta. 
    * Выровняйте XXXXXXX.fasta и translated-7.fasta. Результат - в файле alignment-7.needle  или alignment-7.fasta 
    * Визуализируйте различия. В формате .needle для отчет достаточно вырезать и сохранить фрагмент, содержащий различия. В формате выравнивания .fasta надо открыть выравнивание с помощью jalview, вырезать фрагмент с различиями и сохранить
    * Опишите результат мутации в таблице.