#pragma css /css/2018.css
<<BI>>

= Как будет проходить экзамен =

В билете три вопроса:
 * На допуск. Базовые знания прошлых курсов. Баллов не дают, но без правильного ответа экзамен на них и закончится.
 * Теория. Два вопроса по программе курса.

= Вопросы к экзамену =

{{{#!wiki comment
'''Список вопросов ориентировочный, будет зафиксирован к 1 декабря'''
}}}

== Вопросы на допуск ==
 
&nbsp;<<BR>>Ответ на каждый вопрос --- это примерно три предложения.

 1. Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, потенциал Леннарда -- Джонса
 1. Гидрофобный эффект/гидрофобные взаимодействия
 1. Водородная связь – определение
 1. Строение остова аминокислот. Возможные формы, различающиеся количеством и положением атомов водорода. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать атомы остова.
 1. Строение боковых радикалов аланина, валина, лейцина, изолейцина, метионина. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
 1. Строение пролина. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать его атомы. Конформации пролина, влияние на ход остова
 1. Строение боковых радикалов серина, треонина и цистеина. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
 1. Строение боковых радикалов аспарагина и глутамина. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
 1. Строение боковых радикалов аспартата и глутамата. Возможные формы, различающиеся количеством и положением атомов водорода. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
 1. Строение боковых радикалов лизина и аргинина. Возможные формы, различающиеся количеством и положением атомов водорода. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
 1. Строение боковых радикалов фенилаланина, тирозина и триптофана. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
 1. Строение бокового радикала гистидина. Возможные формы, различающиеся количеством и положением атомов водорода. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать его атомы.

== Теория ==

&nbsp;<<BR>>Умение рассуждать с привлечением конкретных примеров (белков, комплексов) --- большой плюс.<<BR>><<BR>>

 1. Водородная связь --- зависимость силы от направления. Типы водородной связи, функциональные особенности. Степень насыщения вакансий для образования водородных связей в биомолекулах. Эвристики для автоматической разметки водородных связей: Baker-Hubbard, HBplus, DSSP, Stride, !FleXx. Идеи за ними. Как происходит восстановление протонирования в моделях структур? <<BR>><<BR>>
 1. Вторичная структура, типы, физико-химические свойства. Паттерны водородных связей. Спектроскопия кругового дихроизма. Положение типов на карте Рамачандрана. Закрученность. Принципы работы алгоритмов DSSP и STRIDE. Метаморфы. <<BR>><<BR>>
 1. Надвторичная структура. Связь надвторичной структуры и эволюции. Структурные мотивы. Домены, способы определения. Структурные домены и их свойства. Алгоритм DOMAK, алгоритм DETECTIVE. <<BR>><<BR>>
 1. Гидрофобный эффект, гидрофобные ядра, их свойства и функции. Какие остатки/группы могут образовывать гидрофобные ядра. Потенциал гидрофобности --- что такое, как вычисляется. Принципы работы алгоритмов выделения гидрофобных ядер <<BR>><<BR>>
 1. Домены, способы определения. Структурные домены и их свойства. Принципы работы алгоритмов выделения структурных доменов: DOMAK, DETECTIVE. Логика выделения уровней в классификациях CATH и SCOP. Сколько замен могут изменить фолд? Белки с несколькими структурами, свойства, функции. <<BR>><<BR>>
 1. Поверхность макромолекулы. Типы, применение, способы работы с поверхностями. Доступность остатков растворителю. Принципы построения различных типов поверхностей, вычисления площадей поверхностей, экспонированности и погруженности. Методы Shrake-Rupley, Li-Richards. <<BR>><<BR>>
 1. Принципы разметки карманов связывания/полостей: методы сеток, проб, альфа-сфер, вокселей. Как можно валидировать метод нахождения полостей? <<BR>><<BR>>
 1. Соотношение пространства укладок и пространства функций. Взгляды на эволюционное появление специализированных ферментов. Связь эволюционируемости и подвижности. Коэволюция остатков --- причины и применение. Как расположены коэволюционирующие остатки в структуре? Различия между структурными и функциональными доменами. <<BR>><<BR>>
 1. Задачи дизайна --- какие есть, какие удается решить, с какими возникают проблемы (почему?). Rosetta --- что такое, зачем применяется, какие идеи лежат в основе <<BR>><<BR>>
 1. Статические и динамические факторы, обуславливающие аффинность и селективность молекулярного распознавания. Модели связывания. Как работает регуляция функционирования биомакромолекул на структурном уровне? Принципы, примеры. Стабильность структуры белка. <<BR>><<BR>>
 1. Постановка задачи совмещения структур при заданном выравнивании. Меры сходства. Алгоритмы выравнивания, кратко. <<BR>><<BR>>
 1. Алгоритм CE. Алгоритм PDBeFold(SSM) <<BR>><<BR>>
 1. Возможности использования структурных данных в машинном обучении. Репрезентации. Предсказание структуры по последовательности. Задачи соревнования CASP. !AlphaFold2 и !AlphaFold DB. Типичные ошибки AF2. Возможности для применения AF2.