#pragma css /css/2018.css
<<BI>>

= Проекты на большое количество дополнительных баллов =

== DSSP in Python ==
Сколько лет прошло, но все так же... алгоритм DSSP всеми используется в виде бинарника. Biopython и prody при разметке вторичной структуры вызывают отдельно установленный DSSP и потом считывают его аутпуты. Это не дело! Даешь DSSP на чистом Python!
<<BR>>
<<BR>>
Есть [[ https://github.com/mdtraj/mdtraj/blob/master/mdtraj/geometry/src/dssp.cpp | референс на C++. ]]. Для получения 10 баллов прошу вас написать питоническую версию и снабдить этот вариант хорошими комментариями и подготовить презентацию с разбором.
<<BR>>

'''За выполнение:''' 10 баллов
<<BR>>
'''Bonus:''' если выполнен, снимается требование выполнять практикум по разметке вторичных структур и за него автоматически начисляется максимум баллов.
<<BR>>
'''Взято:''' Иосифом Финкельбергом

== Фурье в Google Colab ==
Переведите задание прака 4, иллюстрирующее нюансы синтеза Фурье для реконструкции ЭП, в ноутбук на Google Colab. Сделайте удобные ползунки и формы инпута для генерации молекулы, выбора шума, набора гармоник.
<<BR>>

'''За выполнение:''' 5-10 баллов

== Экспонированности остатков ==
Соберите статистику по экспонированности остатков со всего PDB (не забыв сделать отсев для достижения неизбыточности). 
<<BR>>

'''За выполнение:''' 5-15 баллов

== Интерактивный Рамачандран ==
Сделайте веб-страничку, на которой можно визуализировать карту Рамачандрана для любого остатка/группы остатков по полному PDB (с и без фильтрации для неизбыточности выборки). Данные также должно быть можно скачать в виде матрицы чисел.
<<BR>>

'''За выполнение:''' 5-15 баллов

== Алгоритм на Python ==
Реализуйте один из классических алгоритмов, разбираемых на лекциях, на Python в Google Colab. Главная ценность - образовательная, т.е. это должен быть не просто код, а, условно, глава учебника. Варианты: DOMAK, Detective, Swindells, динамическое программирование для совмещения структур, Combinatorial Extension, ...
<<BR>>

'''За выполнение:''' 5-15 баллов

== Внутренняя простота структур ==
Предположим следующее безумство: мы пропускаем структуру биомолекулы через аутоэнкодер с латентным слоем размера X, наш лосс – RMSD. Как будет зависеть средний RMSD от размера латентного слоя? Для упрощения будем рассматривать только остов и сгенерируем неизбыточную выборку структур с одинаковой длиной последовательности (лишнее с краев будем просто выбрасывать).
<<BR>>
<<BR>>
'''За выполнение:''' 30 баллов

== Туториал по PyMol API ==
Можно реализовать автоматизацию многих задач по анализу структурных данных, пользуясь встроенными в PyMol функциями и при этом не вызывая его графическую оболочку. Для этого существует Pymol API. Напишите понятное и полное описание действий по использованию API для нужд структурного биоинформатика.
<<BR>>
<<BR>>
'''За выполнение:''' 10 баллов

== Исследовательский кейс от Евгения Шеваля ==
Нуклеокапсидные белки низко патогенных и высоко патогенных коронавирусов человека различаются по аминокислотным последовательностям. Но определяют ли эти различия свойства нуклеокапсидных белков и влияют ли эти различия на патогенность остается непонятным. Можно ли предположить, какие последствия имеют эти различия?
<<BR>>
<<BR>>
'''За выполнение:''' 1-20 баллов

== Исследовательский кейс от Сергея Дмитриева ==
Известна кристаллическая структура фрагмента гетеродимера человеческих белков MCTS1 и DENR (https://www.rcsb.org/structure/6MS4, MCTS1 там полный, а от DENR – относительно небольшой фрагмент). Выясните, какие взаимодействия обуславливают связывание этих белков.

Попробуйте разобраться, есть ли у этих белков структурные и функциональные ортологи, способные образовывать димер, в следующих видах архей: 

Halobacterium salinarum 

Methanococcus jannaschii 

Saccharolobus solfataricus 

Pyrococcus horikoshii 
<<BR>>
<<BR>>
'''За выполнение:''' 1-20 баллов

'''Взято:''' Верой Сидоровой

== Pattern recognition? ==
Может ли задача расположения водородов и разметки взаимодействий быть формализована как задача unsupervised/self-supervised learning?
Напишите “грантовую заявку” на исследование такой возможности. Воспользуйтесь шаблонами любых грантовых заявок на ваш вкус (РНФ, РФФИ, ERC, NIH), чтобы сделать текст структурированным и знать, какие вопросы нужно осветить. 
<<BR>>
<<BR>>
'''За выполнение:''' 1-20 баллов