#pragma css /css/2019.css <<BI>> == Напишите (мини-) обзор данных, доступных в результате секвенирования генома данной вам бактерии или археи == * '''Секвенирование''' - это определение последовательности оснований ДНК. * '''Геном''' - это совокупность всей ДНК организма. У многоклеточных эукариот, например, людей, геном содержится в каждой клетке организма; во всех клетках он одинаков. * '''Бактерия''' — это бактерия; '''архея''' — вроде бактерии, но эволюционные пути бактерий и архей разошлись в глубокой древности (1,5 – 3,5 млрд лет тому назад) === Доступные данные === * '''Хромосомная таблица'''. Содержит список генов белков и генов РНК, закодированных в геноме и информацию о каждом гене: координаты гена в последовательности ДНК, тип гена, название продукта гена — белка или РНК. * (*) '''Банк Uniprot''', содержащий дополнительную информацию о белках протеома. Использовать эту информацию в отчете не обязательно, но интересно. === В словарик === * '''Ген белка''' — участок ДНК бактерии, кодирующий аминокислотную последовательность белка * '''Протеом''' — совокупность всех белков, закодированных в ДНК * '''Ген РНК''' — участок ДНК бактерии, с которого синтезируется молекула РНК, нужная организму, но не транслирующаяся в белок === Оформление мини-обзора === * Мини-обзор на русском языке в формате .pdf должен быть доступен по ссылке со страницы 'Зачётные задания по блоку 3' (см. Подсказки как поставить ссылку) * Форматирование должно соответствовать требованиям журнала. Выбор журнала за вами. * Результаты должны быть получены и представлены с помощью средств Excel (или аналогов). Использование собственных скриптов на python, других программ и веб-сервисов допускается, при указании ссылок на них. * Должен быть раздел "Сопроводительные материалы", содержащий ссылку на ваш файл в формате Excel === Образцы === [ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/term1/Bioinformatics_template.doc|Bioinformatics]] ] [ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_14/term1/ws-jbcb.dot|JBCB]] ] === Разделы мини-обзора === '''Заголовок (Title)''' Придумайте сами. Например, "Обзор протеома бактерии ..." '''Автор''' — это Вы. '''Резюме (Abstract)''' Краткое описание работы. Должно быть написано так, чтобы было более или менее понятно, что, для чего и как вы делали, и что получилось. Объём резюме — не более 50 слов. '''Ключевые слова''' 3–6 слов, не более. Служат для поиска литературы '''Введение (Introduction)''' Задача данного раздела — ввести читателя в курс дела и объяснить, для чего была сделана работа. Объяснение типа "Нам задали написать обзор" — не то, что требуется. В этом разделе стоит написать коротко, что известно про бактерию и/или про её геном, обязательно со ссылками на источники! В конце введения нужно написать одну-две фразы о том, что сделано в вашей работе. '''Материалы и методы (Materials and methods)''' Укажите веб-адрес, откуда скачивались материалы. В данном отчёте следует указать какие возможности ЭТ использовались в каком разделе обработки данных. Нужно для зачета соответствующих умений, если все в порядке. Если написали скрипты для обработки данных, то укажите какие и что делают. Опишите не очевидные ваши действия. Например, как определяли рибосомальные белки, трансмембранные белки, какие строчки таблицы считали псевдогенами и др. Всё очень коротко. '''Результаты (Results)''' Понятное описание ваших результатов. Понятное — значит, состоит из грамматически корректных ''фраз русского языка''. Нельзя написать "Геном — 4123500п.н., генов — 3021, РНК — 63" так как это не фраза, читатель ничего не поймет `:(`. Результаты нужно разделить на подразделы. Например, '''Гистограмма длин белков''' и др. Результаты лучше всего представлять в виде таблиц и рисунков. Однако в тексте отчета обязаны быть ссылки на каждую таблицу и каждый рисунок. Например, такие "Как видно на Рис.2, в геноме бактерии чаще всего встречаются белки из 700–800 аминокислотных остатков." '''Обсуждение (Discussion)''' Обсуждение полученных результатов, того, как они вписываются в картину мира. Часто раздел содержит гипотезы и теории автора, которые они предлагают для объяснения результатов. Вам, конечно, нужно обсудить, какие выводы вы можете сделать из таблиц и гистограмм. Напишите, белки какой длины встречаются чаще всего. Опишите особенности распределения белков по длинам, которые показались вам интересными/удивительными/странными. Ваши суждения об распределении генов по цепям ДНК. Все, что найдёте интересного! Допустимый вариант — объединить разделы "Результаты" и "Обсуждение" в один: "Результаты и обсуждение". Так иногда поступают в статьях в научных журналах. '''Заключение (Conclusion)''' Краткое заключение. Можете опустить, если что-то похожее есть в конце обсуждения. '''Сопроводительные материалы (Supplementary materials)''' Ссылка на файл .xlsx, в котором приведены все расчеты. Оформление файла должно быть понятно читателям! '''Благодарности (Acknowledgments)''' Обычно благодарят тех, кто помогал в работе, в подготовке публикации, или спонсировал исследования. '''Конфликт интересов''' Можете опустить `:)` '''Список литературы (References)''' Список ссылок на статьи, книги, сайты и др., которые были использованы (упоминались) в тексте. == Содержание мини-обзора == === Какие навыки работы с ЭТ засчитываются на основе файла из Сопроводительных материалов === * Напишите в разделе Материалы и методы какие возможности использовали. как минимум один рисунок (гистограмма — это тоже рисунок) и одну таблицу. === Minimum minimorum результатов для зачёта обзора === 1. Гистограмма длин белков из протеома своей бактерии или археи. 1. Таблица числа генов белков, псевдогенов и генов РНК на прямой и комплементарной цепочках ДНК. 1. Число гипотетических (hypothetical или ... сами попробуйте выбрать) белков в геноме и процент ото всех белков. 1. Число рибосомальных (ribosomal) белков и рибосомальных РНК, закодированных в геноме. Их названия. === Варианты того, что можно исследовать дополнительно === 1.#4 Проверьте гипотезу о том, что гены белков распределены по цепочкам случайно с вероятностями 1/2. 1. Изучите "квазиопероны" в геноме вашей бактерии или археи. Статистика числа генов в квазиоперонах. 1. Почему бы не сравнить числа генов белков в шести рамках считывания? Вдруг что-нибудь неожиданное обнаружится. 1. Гистограмма длин межгенных промежутков. 1. Статистика белков по категориям достоверности их существования. 1. Вот какие категории можно постараться выделить и вычислить число белков в какой-нибудь категории. * ATP synthases —- белки, составляющие большую машину с тем же названием, которая умеет синтезировать молекулы АТФ, служащих для запасании энергии * ATPases — белки, использующие энергию АТФ путем расщепления молекулы АТФ (АТФ = ATP) * trasporters — транспортеры, белки, участвующие в обмене чрез мембрану. * transmebrane proteins — белки, пронизывающие мембрану бактерии, включают транспортеры, каналы и рецепторы, передающие сигналы из внешней среды в цитоплазму * regulator — скорее всего, такой термин встречается у белков – регуляторов транскрипции * А кстати, хорошо бы найти РНК полимеразы, белки, участвующие в репликации генома, молекулярные моторы .... * Придумайте лучше сами. Я устал и мне хочется спать. (Вам знакомо это состояние? ААл) 1. Собственные вопросы автора и ответы на них идут с двойным баллом.