#pragma css /css/2019.css <<BI>> == На этой странице вы найдете задания второго занятия первого блока. == <<TableOfContents(5)>> * Задания 1-3 нужно подготовить к занятию 4. * Суть работы сводится к сравнительному анализу канонической ДНК и стеблей тРНК. Cтебли тРНК сначала надо найти. ---- === Задание 1 (обязательное) === Построить модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA. Пакет 3DNA - один из популярных пакетов программ для анализа и простейшего моделирования структур нуклеиновых кислот. Работает под операционной системой LINUX. Желающие могут почитать [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_09/term3/x3dna.pdf|подробное описание пакета ]] (в формате pdf). С помощью терминала Рutty, используя протокол ssh, подсоединитесь к серверу kodomo.cmm.msu.ru. Перейдите в рабочую директорию . С помощью программы fiber пакета 3DNA постройте A-, B- и Z-форму дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc" (можно другую последовательность из 4-х разных нуклеотидов!). Структуру дуплекса в А-форме сохраните в файле gatc-a.pdb, структуру дуплекса в В-форме в файле gatc-b.pdb, структуру дуплекса в Z-форме в файле gatc-z.pdb. [[../help2| См. подсказки.]] Форма контроля: ссылки на файлы из html и итоговая контрольная. ---- === Задание 2 (обязательное) === Сравнение сгенерированной структуры одной из 3-х форм ДНК с со структурой той же формы полученной экспериментальными данными. '''Упр.1.''' Научиться находить большие и малые бороздки. Откройте в JMol файл с выбранной вами сгенерированнй структурой, полученной вами при выполнении задания 1, и одной из pdb структур той же формы на ваш выбор: 1tne (Z-form); 1bna (B-form); 3v9d (A-form). Рассмотрите экспериментальную структуру и визуально определите большую и малую бороздку. Выберите заданное вам азотистое основание в любом удобном для вас месте структуры. Определите, какие атомы основания явно обращены в сторону большой бороздки, а какие в сторону малой. С помощью MarvinSketch получите изображение основания, выделите красным цветом атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой. Посмотрите, как в файле PDB называются эти атомы, и приведите на html странице резюме следующего вида: * В сторону большой бороздки обращены атомы с13.n4,....... (13 - номер выбранной позиции) * В сторону малой бороздки обращены атомы ......." Скопируйте в отчет следующую таблицу. Изучите структуры, полученные данные внесите в таблицу. ||<tablestyle="background-color:#F0F0F0"> || A-форма || B-форма || Z-форма || || Тип спирали (правая или левая) || || || || || Шаг спирали (Å) || || || || || Число оснований на виток || || || || || Ширина большой бороздки || || || || || Ширина малой бороздки || || || || При заполнении двух нижних строк указывайте, от фосфата какого нуклеотида измерялась ширина бороздок. [[../help2| См. подсказки.]] ---- === Задание 3 (обязательное, * отмечены упражнения, результаты которых необходимо привести в отчёте) === Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA. Внимание! Пакет 3DNA пока работает только со старым форматом PDB. Для перевода файлов в старый формат используйте программу remediator, установленную на kodomo. Синтаксис: {{{#!highlight bash remediator --old ''XXXX.pdb'' > ''XXXX_old.pdb }}} Для анализа структур нуклеиновых кислот будем использовать программы find_pair и analyze. См. подсказки. . '''Упр.1. *''' * Научиться определять торсионные углы нуклеотидов. * Определить значения торсионных углов в заданной структуре тРНК; определить, на какую из форм ДНК больше всего похожи тяжи этой структуры. '''Упр.2. *''' * Научиться определять структуру водородных связей между основаниями, в отчете надо привести координаты стеблей. * Определить номера нуклеотидов, образующих стебли(stems) во вторичной структуре заданной тРНК. * Определить неканонические пары оснований в структуре тРНК. * Определить, есть дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру (для этого следует рассмотреть комплементарные пары, не имеющие отношения к стеблям). ''' Упр.3. ''' Научиться находить возможные стекинг-взаимодействия: * Откройте файл ХХХХ.out с характеристикой структуры тРНК. * Найдите данные о величине площади "перекрывании" 2-х последовательных пар азотистых оснований. Для пар с наибольшими значениями получите стандартное изображение стекинг-взаимодействия. Полезно также: * сравнить изображения с максимальной и минимальной площадью перекрывания; * проверить взаимную ориентацию оснований с помощью JMol.