#pragma css /css/2019.css
<<BI>>







{{{#!wiki caution
Отчёт должен иметь ссылки на файлы с результатами счёта.
}}}
== Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS ==

Цель данного занятия ознакомится с возможностями моделирования молекулярной динамики. 

В этом занятии мы будем рользоваться пакетом молекулярной динамики [[ http://www.gromacs.org |Gromacs ]]. Это программное обеспечение распостраняется под лицензией GPL, т.е. пользователь может скачать исходный код и свободен его изменять по своему усмотрению.

=== Общие положения ===

'''Типы файлов:'''
 *gro - файл с координатами системы.
 *top - файл с описанием ковалентных  и нековалентных взаимодействий в молекулах.
 *mdp - файл с описанием параметров для работы молеклярно-механического движка.
 *tpr - файл для молеклярно-механического движка по сути есть объединение gro, top и mdp.
 *trr, xtc - файл с координатами после рассчёта.

'''Основные программы из пакета, которые будут использованны на занятии:'''

Программы запускаются в консоли, флаги запуска программ начинаются с -, например -f.
Как правило после флага следует либо имя файла либо значение параметра. Смотрите примеры ниже.

 * editconf - манипуляция форматом координат и самими координатами. Пример:
{{{#!highlight bash
editconf -f my.gro -o my.pdb
}}}
 * genbox - наполнение ячейки растворителем.Пример:
{{{#!highlight bash
genbox -cp my.gro -cs mysolvent.gro -p my.top -o my_solvated.gro
}}}
 * genion - утилита для замены n молекул растворителя на ионы.
{{{#!highlight bash
genion -s my.tpr -np 10 -p my.top -o my_ions.gro 
-np это добавить 10 положительно заряженых ионов
}}}
 * grompp - объединение и проверка gro, top и mdp в tpr.
{{{#!highlight bash
grompp -f my.mdp -c my.gro -p my.top
}}}
 * mdrun - молеклярно-механический движок. На входе принимает tpr файл.
{{{#!highlight bash
mdrun -deffnm my
здесь параметр -deffnm означает, что выходные файлы будут называться как и входной файл, только с другими расщирениями
}}}




=== Объекты для практикума ===
На этом занятии Вам предлагается 4 различных систем для моделирования. Перейдите по ссылке для подробных инструкций по выполнению каждого задания.

 * [[ Main/Modelling/BioNanoPrac/SelfAssFBB|Моделирование самосборки липидного бислоя из случайной стартовой конформации.]]
 * [[ Main/Modelling/BioNanoPrac/DnaMeltFBB |Моделирование поведения ДНК в формальдегиде.]]
 * [[ Main/Modelling/BioNanoPrac/DnaA2bFBB |Моделирование перехода А-формы ДНК в В-форму в воде.]]
 * [[ Main/Modelling/BioNanoPrac/PepMeltFBB |Моделирование поведения короткого пептида в формальдегиде.]]
 * [[ https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Modelling/BioNanoPrac/QMMM|Brand New !! QM/MM + метадинамика ]]
 * [[ https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Modelling/BioNanoPrac/CG|Brand New !! Coarse Grain Martinni  + метадинамика ]]