#pragma css /css/2020.css
<<BI>>

= Практикум 4 =

== К следующему занятию необходимо выучить и освоить: ==
 1. Команды: 
  * `pwd`, `cd`, `mkdir`, `rmdir`; 
  * `ls` (без аргументов и с аргументами; нужно знать опции `-R`, `-1` и еще по крайней мере две, читайте help и пробуйте)
  * `echo, cp, mv, less, cat, rm, wc`; опции `-w`, `-m`, `-l` команды `wc`; 
  * `grep` (включая опцию `-c` и использование символов `^` и `$`)
  * `man`, `man -k`
 1. Специальные обозначения директорий:
  * `/`, `..`, `.`, `~`
 1. Что такое абсолютный и относительный пути к файлу или директории
 1. Перенаправление stdout:
  * `>, >>, |`
 1. Спецсимволы в масках имен файлов: 
  * `*`, `?`, `[0-9]`
 1. Экранирование спецсимвола (например, `\*` или кавычками), 
 1. Удобности:
  * `tab`  и `tab tab`
  * стрелки ↑ и ↓ 
  * копирование с экрана и вставка

 1. Копирование файлов со своего компьютера на kodomo и обратно.

== Задания ==
=== 0. Подготовка рабочей директории ===
Зайдите на kodomo по ssh (например, используя Putty).
Перейдите в директорию `~/term1/block1`, заведите там поддиректорию `pr4` и перейдите в неё.

=== 1. Переброска файла на свой компьютер ===
 * Посмотрите содержимое директории `/P/y20/term1/pr4/images`. Найдите там файл, названный вашим пользовательским именем, и скопируйте его в свою рабочую директорию (`~/term1/block1/pr4`). 
 * Переименуйте его в `Xxxx_image.jpeg`, вместо Xxxx подставьте вашу фамилию латинскими буквами.
 * Скопируйте переименованный файл в директорию `~/term1/block1/credits`
 * Скопируйте файл на свой компьютер (см. [[../hints4|подсказки]])
 * Откройте файл на своём компьютере какой-нибудь программой просмотра изображений (например, по ассоциации с расширением jpeg).
 * На wiki заведите страницу /pr4 (её адрес в браузере должен выглядеть так: `https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/xxx/pr4` , где xxx — ваше пользовательское имя) и под заголовком "Задание 1" опишите там, как вы копировали на свой компьютер файл и что вы увидели на открывшейся картинке.

=== 2. Переброска файла со своего компьютера ===
 * Положите в директорию `~/term1/block1/credits` на kodomo свою фотографию в формате JPEG. 
 * Переименуйте файл с фотографией в `Xxxx_photo.jpeg` (где опять-таки Xxxx — ваша фамилия).
 * (* – не обязательно) На wiki на странице /pr4 напишите что-нибудь про эту фотографию, под заголовком "Задание 2".  

''Если очень не хочется, чтобы мы знали, как вы выглядите, можно в принципе вместо своей фотографии любое изображение положить (только, разумеется, не то, что из первого задания), на зачёт это не повлияет... но нам бы очень хотелось научиться вас узнавать в лицо :)''

=== 3. Работа с масками файлов и перенаправлениями ===
 * На wiki на странице /pr4 под заголовком "Задание 3" напишите:
  * Сколько файлов на kodomo в папке `/P/y20/term1/pr4/files` и как вы получили это число
  * Сколько этих файлов имеют имена, заканчивающиеся на `.txt`, и как вы получили это число
 * Создайте в папке `~/term1/block1/credits` файл `Xxxx_all.fasta`, объединяющий содержимое всех файлов из папки `/P/y20/term1/pr4/files`, чьё имя заканчивается на `.fasta`. На wiki-странице /pr4 напишите, какой командой вы получили этот файл.

=== 4. Программа grep ===
 * Создайте в директории credits файл `Xxxx_all.names`, состоящий из строк файла `Xxxx_all.fasta`, начинающихся на знак "`>`" (это имена последовательностей, описанных в fasta-файле). На wiki-странице /pr4 напишите, какой командой вы получили этот файл.
 * Для каждого из файлов в директории `/P/y20/term1/pr4/files`, чьё имя заканчивается на `.fasta`, определите, сколько в нём строк начинается на "`>`". На wiki-странице /pr4 приведите результат и напишите, с помощью какой команды вы его получили.
 * (* – дополнительно). Выберите какой-нибудь файл в директории `/P/y08/Term_5/Materials/`, чьё имя кончается на `.pdb`. Определите, сколько в этом файле строк, одновременно  начинающихся со слова ATOM и содержащих слово HIS (то и другое — большими буквами). ''Указание'': перенаправьте выход программы grep на вход опять программе grep, но с опцией -c. То, что получится — число тяжёлых атомов (то есть C, N и O) остатков гистидина в структуре белка, описанной в файле. На wiki-странице /pr4 напишите результат и команду.

{{{#!wiki note
Перед записью на проверку стоит проверить соответствие формальным требованиям к расположению и именам файлов с помощью команды (работает из любой папки):

`~is_rusinov/check_pr4.sh`

<<Signature(ИР)>>
}}}