#pragma css /css/2020.css <<BI>> = Colabfold = Вам предстоит работать в [[https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb|ColabFold]]. Расчет занимает некоторое время (до получаса), важно не закрывать вкладку и чтобы компьютер не уходил в спящий режим. Вам предстоит запустить !AlphaFold для различных проблемных случаев, с которыми алгоритм справляется не всегда успешно. У данного домашнего задания несколько вариантов. Обязательно сделать один. На дополнительные баллы можно сделать ещё один. Ваш логин нужно занести в [[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1_9fc6YTtGA8-dACmYSCbGlFijWqmwoybo4Q3FJxAQxM/edit?usp=sharing|таблицу]] напротив выбранного варианта. == A. Amyloids == Сделайте 3 запуска !ColabFold. В первом предскажите структуру мономера. Во втором запуске предскажите структуру из 5 молекул. В третьем запуске предскажите структуру из 10 молекул. Опишите результаты предсказаний. Получилось ли !AlphaFold предсказать структурные особенности амилоидов? Найдите в банке PDB структуры для ваших последовательностей. Выглядят ли они похоже на результаты предсказания AF? Насколько, на ваш взгляд, можно обобщить полученные вами результаты? == B. Helices == Вам даны seqA, seqB, seqC. В чем отличия между последовательностями? Сделайте предсказание для seqA. Изучите результат. Где относительно структуры seqA локализованы отличия от seqB и seqC? Какое влияние этих отличий на структуру вы ожидаете? Сделайте предсказания для seqB и seqC. Какие структуры предсказал !AlphaFold? Соответствуют ли его предсказания вашим ожиданиям? Насколько реалистичны сделанные им структуры? Насколько, на ваш взгляд, можно обобщить полученные вами результаты? == C. Proteases == Вам дан UNIPROT ID протеазы и сиквенс ее субстрата из базы протеаз !MEROPS (там этот субстрат отмечен как физиологически релевантный). Используйте возможности !ColabFold для предсказания комплекса. Вставьте последовательность вашего фермента в поле query_sequence, после чего вбейте разделитель ":" и за ним – последовательность субстрата. Получилось ли !AlphaFold предсказать релевантный комплекс фермент-субстрат? Как должен был бы располагаться субстрат в активном центре этой протеазы? Опираться можно на литературные данные. Насколько, на ваш взгляд, можно обобщить полученные вами результаты? Можно ли использовать !AlphaFold для задачи предсказания комплексов протеаз с субстратами? Какие контроли можно поставить для проверки универсальности ваших выводов? == D. Deletion == Вам дано две последовательности, seqA и seqB. Вторая – это первая с Н-концевой делецией. Предскажите структуры для обеих независимо. Как устроена структура белка без делеции? Правдоподобна ли структура белка с делецией? Есть ли подозрительные участки в этой структуре? Насколько, на ваш взгляд, можно обобщить полученные вами результаты? Какие контроли можно поставить для проверки универсальности ваших умозаключений и выводов?