#pragma css /css/2020.css
<<BI>>

== Задания 1-3 ==

Реализуйте алгоритм DOMAK для разбиения структуры на домены. Воспользуйтесь заготовкой ipython-ноутбука [[https://colab.research.google.com/drive/1Kx90fY5PZUmmGRHpdXIpK86iP_ZQv07-#scrollTo=yr9iKZHKfqfJ|по ссылке]].

Примените алгоритм к выданному вам белку. Сравните результат с разметкой на домены согласно базам данных о структурных доменах SCOP и CATH, а также базе эволюционных доменов INTERPRO.

== Задание 4* - на доп.баллы. Работа с разметкой вторичной структуры в ручном режиме ==

Работайте с тем же PDBID. 

Сгенерируйте для него аннотации вторичной структуры с помощью [[https://2struccompare.cryst.bbk.ac.uk/index.php|2Struc]] (правое окно). Выберите генерацию с помощью DSSP и с помощью STRIDE. Включение дополнительных разметок (например, STRIDE) происходит путем выбора в панели прямо над выравниванием внизу слева.


Найдите участки, которые эти две программы аннотировали по-разному. Выберите максимум 3 таких участка, изучите их вручную. Вынесите свой вердикт -- какой тип вторичной структуры в этом месте? Какая программа оказалась ближе к вашему мнению? Как вам кажется, почему, какие особенности алгоритма на это могли повлиять?