#pragma css /css/2021.css
<<BI>>
= Практикум 1. Поиск в PDB и основы визуализации =
''Мягкий дедлайн: четверг, 3 марта включительно''
''Жесткий дедлайн: четверг, 10 марта включительно''
[ [[https://colab.research.google.com/drive/19pyW_pEHVbqmey_zU419HTYLkLH8aFup?usp=sharing|Колаб с практикумом]] ]
[ [[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HmidaRa6wtjm6Dt9PbdOy7pspSbJDtSw2ZOno74pMAE/edit?usp=sharing|Таблица с вариантами]] ]
[ [[/how-to-jupyter|Подсказка по использованию jupyterlab на kodomo]] ]
В этом практикуме мы выясним, как с помощью Python получать и анализировать информацию о структуре биомакромолекул.
Сначала пройдите весь практикум -- на Google Colab или скачав и открыв ноутбук на сервере кодомо (https://kodomo.fbb.msu.ru/jupyter).
Проходя по материалу в Google Colab, вы можете захотеть дополнить демонстрационный ноутбук своими записями, дополнительным кодом и проверками. В таком случае не забудьте сохранить его копию к себе, чтобы все дополнения не пропали!
---
Затем для выполнения домашнего задания создайте свой собственный ноутбук на сервере kodomo и работайте в нем. Опирайтесь на код из этого ноутбука при выполнении задания.
{{{#!wiki note orange
При работе на kodomo обязательно сначала поставьте галочку при `Settings > Save Widget State Automatically`!
}}}
---
Отчетность по практикуму: jupyter ноутбук, сохраненный в виде html и размещенный на страничке 2 семестра на личном сайте. Ссылка на страничку поставлена в очередь. В "отчетном" ноутбуке стоит адаптировать куски кода из этого ноутбука и снабдить их текстовыми блоками, где повествование ведется от вашего лица и раскрывает ваши мысли и действия так, чтобы они были понятны стороннему читателю.
Как сохранить ваш ноутбук на кодомо в виде странички html, чтобы все nglview виджеты сохранились:
* убедитесь, что '''Save Widget State Automatically''' был включен
* сохраните ноутбук
* откройте терминал через jupyterlab (на окне создания ноутбука внизу), вбейте команду `jupyter nbconvert --to=html <путь к ноутбуку>`
* вы получите html файл, названный так же, как ваш ноутбук. Это и будет ваш финальный отчет.
{{{#!wiki note orange
Если в вашем html не работает переключение вкладок в виджете, поставьте в очередь вместо html ссылку на скачивание вашего ipynb (или странички, на которой есть эта ссылка).
}}}
= Задания =
== Задание 1 ==
Сформируйте запрос, соответствующий данным вам условиям в [[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HmidaRa6wtjm6Dt9PbdOy7pspSbJDtSw2ZOno74pMAE/edit?usp=sharing|таблице]]. Приведите код, необходимый для его исполнения, исполните его. Приведите лучший результат.
== Задание 2 ==
В задании 1 была выбрана запись с идентификатором X. Следует удостовериться, что это действительно то, что вам нужно. Для этого пройдите на сайт RCSB PDB и вбейте в поиск уже конкретный идентификатор.
Опишите в вашем отчете, что за запись вы нашли. Какое отношение она имеет к ключевым словам запроса? Какова роль молекулы из запроса в жизни остальных молекул из записи? Для ответа на вопрос изучите abstract статьи.
== Задание 3 ==
Вам дано 3 задания на построение отображений вашей записи PDB (см [[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HmidaRa6wtjm6Dt9PbdOy7pspSbJDtSw2ZOno74pMAE/edit?usp=sharing|таблицу]]). Напишите код для создания интерактивной ячейки jupyter notebook, позволяющей выбирать все эти отображения.
=== Задания на отображения ===
'''Вариант 1.'''
* Поверхность белка покрашена в белый, с непрозрачностью 0.1
* Белок в виде rope красного цвета
* Боковые радикалы в стержневой модели, покрашенные согласно элементу
* Лиганды в виде Ван-дер-Ваальсовых сфер, покрашены по элементам
'''Вариант 2.'''
* Белок в виде cartoon, покраска от N к C концу
* Боковые радикалы покрашены в светло-серый, показаны линиями
* Боковые радикалы заряженных аминокислот показаны в стержневой модели
* Лиганды показаны в шаростержневой модели, покрашены по элементам, углерод покрашен в любой цвет, кроме стандартного
'''Вариант 3.'''
* Белок в виде cartoon, покраска по типу вторичной структуры
* Показана поверхность, с непрозрачностью 0.1
* Лиганды в виде hyperball, покрашены в оттенок желтого на ваш выбор
'''Вариант 4.'''
* Белок в виде cartoon, покраска по типу вторичной структуры
* Боковые радикалы покрашены по элементу, показаны линиями
* Боковые радикалы ароматических аминокислот показаны в стержневой модели
* Лиганды показаны в виде Ван-дер-Ваальсовых сфер, покрашены по гидрофобности
'''Вариант 5.'''
* Белок в виде tube, покраска по типу вторичной структуры
* Боковые радикалы в стержневой модели, покрашены по гидрофобности
* Лиганды показаны линиями, покрашены по элементам
* Вода и ионы показаны в виде Ван-дер-Ваальсовых сфер
'''Вариант 6.'''
* Белок в виде cartoon темно-серого цвета
* Боковые радикалы в виде линий светло-серого цвета
* Боковые радикалы полярных аминокислот в виде hyperball, покрашены по элементам
* Лиганды в шаростержневой модели, покрашены по элементам, углероды покрашены в темно-синий
'''Вариант 7.'''
* Белок в виде ribbon, покрашенной градиентом от N к C концу
* Боковые радикалы в стержневой модели, покрашенные по элементам
* Углероды гидрофобных аминокислот покрашены в светло-желтый
* Углероды полярных заряженных аминокислот покрашены в светло-голубой
* Лиганды не показаны никак
'''Вариант 8.'''
* Поверхность белка покрашена в белый, с непрозрачностью 0.1
* Белок в виде cartoon темно-серого цвета
* Боковые радикалы в стержневой модели, покрашены по гидрофобности
* Лиганды в виде Ван-дер-Ваальсовых сфер, покрашены по элементам
'''Вариант 9.'''
* Остов белка в шаростержневой модели, покрашен по элементам
* Боковые радикалы в стержневой модели, покрашены по элементам
* Углероды остатков с 30 по 70-й покрашены в светло-голубой
* Лиганды показаны в виде линий, покрашены в любой оттенок оранжевого
'''Вариант 10.'''
* Белок в виде cartoon белого цвета
* Cartoon для остатков с 20-го по 55-й покрашен в зеленый
* Для остатков с 20-го по 55-й показаны боковые радикалы в модели hyperball, покраска по элементам
* Лиганды показаны в шаростержневой модели, покраска по элементам