#pragma css /css/2021.css
<<BI>>

= Практикум 1. Филогенетическое дерево. =

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. Позже вы будете сравнивать это дерево с реконструкциями филогении тех же бактерий по последовательностям их белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру дня следующего занятия, со ссылкой со страницы семестра.

Из нижеследующего списка актинобактерий выберите 7–8 названий.

||Название||Мнемоника||
||''Acidothermus cellulolyticus''||ACIC1||
||''Arthrobacter sp.''||ARTS2||
||''Bifidobacterium longum''||BIFLO||
||''Clavibacter michiganensis''||CLAMS||
||''Corynebacterium diphtheriae''||CORDI||
||''Corynebacterium efficiens''||COREF||
||''Leifsonia xyli''||LEIXX||
||''Mycobacterium leprae''||MYCLE||
||''Mycobacterium tuberculosis''||MYCTU||
||''Mycolicibacterium vanbaalenii''||MYCVP||
||''Nocardioides sp.''||NOCSJ||
||''Rhodococcus jostii''||RHOJR||
||''Rubrobacter xylanophilus''||RUBXD||
||''Streptomyces avermitilis''||STRAW||
||''Thermobifida fusca''||THEFY||

Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов (для наглядности будем везде использовать мнемоники организмов вместо их полных видовых названий):

{{http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_20/term4/tree.png}}

Приведите в отчёте:
а) скобочную формулу дерева;
б) изображение дерева;
в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев.
Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA или же загрузите в сервис iTOL.

----
== Образец оформления отчёта ==
(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).

{{http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_17/term4/example.png}}