#pragma css /css/2021.css <<BI>> = Практикум 1. Филогенетическое дерево. = Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. Позже вы будете сравнивать это дерево с реконструкциями филогении тех же бактерий по последовательностям их белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру дня следующего занятия, со ссылкой со страницы семестра. Из нижеследующего списка актинобактерий выберите 7–8 названий. ||Название||Мнемоника|| ||''Acidothermus cellulolyticus''||ACIC1|| ||''Arthrobacter sp.''||ARTS2|| ||''Bifidobacterium longum''||BIFLO|| ||''Clavibacter michiganensis''||CLAMS|| ||''Corynebacterium diphtheriae''||CORDI|| ||''Corynebacterium efficiens''||COREF|| ||''Leifsonia xyli''||LEIXX|| ||''Mycobacterium leprae''||MYCLE|| ||''Mycobacterium tuberculosis''||MYCTU|| ||''Mycolicibacterium vanbaalenii''||MYCVP|| ||''Nocardioides sp.''||NOCSJ|| ||''Rhodococcus jostii''||RHOJR|| ||''Rubrobacter xylanophilus''||RUBXD|| ||''Streptomyces avermitilis''||STRAW|| ||''Thermobifida fusca''||THEFY|| Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов (для наглядности будем везде использовать мнемоники организмов вместо их полных видовых названий): {{http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_20/term4/tree.png}} Приведите в отчёте: а) скобочную формулу дерева; б) изображение дерева; в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев. Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента. В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида. Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA или же загрузите в сервис iTOL. ---- == Образец оформления отчёта == (здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи). {{http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_17/term4/example.png}}