#pragma css /css/2021.css
<<BI>>
= Семестр 4. Эволюция последовательностей =
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1yl0wMHcpyi8dhMcdm1dKU9hf-Fa7gKjh1qfJJ5uvWpw/edit?usp=sharing| Расписание]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1_EUdagQRpP6WWEhF9bJ7orQhiLPv5sbx_z90agch7Ik/edit#gid=1518947286&range=A1|Результаты]] Только для студентов и преподавателей
[[https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSeNqhke6gCS64gd5FfpuBL8I9tF-113kFM3p15GNrPdNb-s-w/viewform?usp=sf_link|Записаться в очередь на проверку]]
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1_EUdagQRpP6WWEhF9bJ7orQhiLPv5sbx_z90agch7Ik/edit#gid=1073173251&range=A1|Состояние очереди]]
------
{{{#!wiki comment
== Информация и новости ==
}}}
------
== Блок 1. Молекулярная филогения ==
=== 1. Филогенетические деревья ===
10 февраля, С.А. Спирин
[ [[/task1|задания]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/lectures/Trees_1.pdf|презентация]] ]
=== 2. Алгоритмы филогенетической реконструкции ===
17 февраля, Д.В. Диброва, С.А. Спирин
[ [[/task2|задания]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/lectures/Trees_2.pdf|презентация]] ]
=== 3. Укоренение и бутстреп ===
3 марта, Д.В. Диброва, С.А. Спирин
[ [[/task3|задания]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/lectures/Trees_3.pdf|презентация]] ]
=== 4. Семинар по визуализации деревьев ===
10 марта, Д.В. Диброва, С.А. Спирин
[ [[/task4|задания]] ]
=== 5. Коллоквиум ===
17 марта
[ [[/colloquium1|программа]] ]
== Блок 2. Мотивы и профили ==
{{{#!wiki comment
"— Это Спаслание, — сказал он, — вот что это такое. А вот это буква «Пы», да-да-да, да-да-да, а «Пы», наверно, значит «Пух»"
..........
"— Как ты сюда попал, Пух? — спросил Кристофер Робин
— На корабле! — сказал Пух гордо. — Я получил очень важное Спаслание в бутылке, но так как мне попала в глаза вода, я не мог его прочитать и привёз его тебе на своём корабле.
— Это же от Пятачка! — закричал Кристофер Робин
— Ах, так все эти «Пы» были Пятачки? А я думал, это были Пухи.
— Надо его немедленно спасать! Сова, ты можешь его спасти на спине?
— Не думаю, — отвечала Сова после длительного размышления. Сомнительно, чтобы спинная мускулатура была в состоянии
}}}
{{{#!wiki comment
«Дело помощи утопающим – дело рук самих утопающих»
"Двенадцать стульев" Ильф и Петров
}}}
--------------------
{{{#!wiki comment
СПАСЛАНИЕ Пятачков
Для зачёта блока следует продемонстрировать следующие умения 1-8. Зачёт по любому из вариантов a., b., ...
1. Знание основных сигналов репликации, трансляции, транскрипции
a. тесты 31 марта и 14 апр.
b. Ответ на коллоквиуме
2. Вычисление позиционной весовой матрицы (PWM) сигнала заданного выравниванием. Вычисление веса последовательности относительно PWM
a. 6.2
b. Контрольное задание на коллоквиуме
3. Вычисление информационного содержания (IC) сигнала заданного выравниванием. Построение LOGO по матрице (IC)
a. 6.3.
b. Контрольное задание на коллоквиуме
4. Нахождение сигнала ''de novo'' в наборе последовательностей с помощью MEME. Поиск сигнала найденного MEME в последовательностях с помощью FIMO.
a. 7.1
b. поиск мотивов в белках 9.2* Пока не написано
c. Контрольное задание на коллоквиуме
5. Поиск и проверка мотива в выравнивании с помощью Jalview
a. 8.1
b. 8.2
c. Контрольное задание на коллоквиуме
6. Составление семейства белков с помощью PsiBLAST
a. 8.3
b. Контрольное задание на коллоквиуме
7. Составление HMM-профиля по выравниванию. Поиск по HMM-профилю в базе данных или наборе последовательностей
a. 9.1
8. Теория (основы по методам из презентаций, не покрываемые правильными ответами в тестах: PSSM, HMM, что-то м.б. забыл )
a. Коллоквиум
ПРИЯТНОГО ПЛАВАНИЯ!
13 апреля 2023 ААл
}}}
=== 6. Сигналы и мотивы ===
24 марта, А.В. Алексеевский, Р.Ириоглов, И.Русинов (проверка)
[ [[/task6|задания]] ]
[ [[/hints6| подсказки]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/lectures/signals-aal-2023-L1-23march2023.pdf| презентация]] ]
=== 7. Сигналы и мотивы - 2 ===
31 марта, А.В. Алексеевский, Р.Ириоглов
[ [[/task7|задания]] ]
[ [[/hints7| указания]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/lectures/signals-aal-2023-L2-fin.pdf | презентация]] ]
=== 8. Сигналы и мотивы - 3 ===
7 апреля, А. Алексеевский, Р.Ириоглов
[[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/lectures/| sequences]]
[ [[/task8|задания]] ]
[ [[/hints8|указания]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/lectures/signals-aal-2022-L3-fin| презентация]] ]
=== 9. Домены и профили ===
14 апреля, А. Алексеевский, Р. Ириоглов
[ [[/test9|test_signals]] ]
[ [[/task9|задания]] ]
[ [[/hints9|указания]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/lectures/signals-aal-2023s_L4-out.pdf|презентация]] ]
{{{#!wiki comment
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_20/term4/L5-profile-2.pptx|презентация об анализе результатов предсказания]] ]
---
[ [[/task9|задания]] ]
[ [[/hints9|указания]] ]
[ [[/test_content|что будет в тесте 8 апр.]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/ppt/signals-aal-2021s_L4-out.pptx | презентация]] ] [ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_19/ppt/signals-aal-2021s_L4a-out.pptx | презентация по заданию]] ]
[ [[/test9|тест по мотивам]] ]
[ [[/test9| тест по сигналам]] ]
}}}
=== 10. Коллоквиум ===
21 апреля, все
[ [[/colloqvium2|вопросы и контрольные задания]] ]
== Блок 3. ==
=== 11. Базы данных: GO, KEGG, Reactome, STRING, Human Protein Atlas и др. ===
28 апреля, все
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/Lecture_2023_4sem_11.pdf | презентация]] ]
[ [[/task11 | задания ]] ]
=== 12. Особенности мембранных белков ===
5 мая, Д. Диброва
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_21/lectures/2023_Membrane_proteins_DD.pptx | презентация]] ]
[ [[/task12 | задания ]] ]
=== 13. Досдача коллоквиума второго блока ===
12 мая
[ [[/colloqvium2|вопросы и контрольные задания]] ]