#pragma css /css/2023.css <<BI>> = Указания по составлению и оформлению мини-обзора = * Информация, c напоминаниями о некоторых основных темах (вдруг пригодится для составления мини-обзора) [ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_22/term1/mini_review/basic-for_minireview.pdf|Про геном и протеом бактерии]] ] [ [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_22/term1/mini_review/L1-bioinformatics-2021.pdf|Про биоинформатику как науку. Моя старая презентация]] ] ---- === Структура научного текста, в том числе, мини-обзора про геном и протеом бактерии или археи === Структура относится к большинству научных текстов. То, что ниже, ориентировано прежде всего на биоинформатическую работу и мини-обзор. '''Научный текст состоит из обязательных секций:''' * Название (Title) * Авторы (Authors) * Аннотация или Резюме (Abstract) * Введение (Introduction) * Материалы и методы (Materials and Methods) * Результаты (Results) * Сопроводительные материалы (Supplementary materials) * Литература (References) '''Дополнительные часто используемые секции:''' * Обсуждение (Discussion) * Выводы или Заключение (Conclusion) * Благодарности (Acknowledgments) '''Название''' отражает содержание текста. '''Автор''' без комментариев. '''Резюме''' предельно короткое описание предмета изучения и того, что изучалось. Читатель, прочитав резюме, должен понять, интересен ли ему текст. '''Введение''' содержит информацию об объекте изучения со ссылками на литературные источники. В конце введения формулируются интересные вопросы и что исследуется в работе. '''Материалы и методы''' — краткое указание источников данных, использованных в работе, достаточное для того, чтобы читатель мог эти данные найти сам, плюс описание методов, достаточное для воспроизведения результатов. Для каждого результата из секции "Результаты" должно быть указано, каким методом он получен. В мини-обзорах вижу такие методы: из интернет источников (указать их), методом электронных таблиц, Google sheets, указать каким; внешним сервисом или программой, созданной не Автором, — указать сервис/программу; собственной программой — сослаться на строку в Сопроводительных материалах, в которой есть ссылка на код. Материалы и методы служат ''для справки при чтении основного текста''. Текст этой секции должен быть написан коротко и точно. В таком стиле: "Для ..... мы использовали ...." '''Результаты''' разбиваются на разделы. Каждый раздел должен быть выделен в тексте, иметь понятное название и содержать один или несколько связанных между собой результатов. Методы получения результатов в "Результатах" не описываются. Методам место в секции "Материалы и методы". Результаты обычно подтверждаются сводными данными в таблицах и/или иллюстрируются на рисунках. Для этого в основном тексте ставится ссылка на таблицу или рисунок по номеру. Все таблицы и рисунки включаются в основной текст, лучше сразу после упоминания, если место позволяет. Другой вариант — поместить таблицы, рисунки и др. материалы в секцию Сопроводительные материалы. Особенно актуален это вариант для больших таблиц и рисунков, а также для описания и кодов собственных программ. Заслуживающая внимания (новая) собственная программа также может быть отдельным результатом в секции "Результаты". '''Таблицы''' оформляются так. '''Над таблицей''' пишут номер таблицы и её название. При необходимости за названием помещают пояснения. Внешний читатель должен понимать всё, что представлено в таблице. В первой строке таблицы — названия колонок. Как-то так: "Таблица 3. Число генов РНК, по категориям, закодированных в геноме". '''Рисунки''' оформляются так. '''Под рисунком''' пишут номер рисунка и его название. При необходимости помещают пояснения. Внешний читатель должен понимать всё, что представлено на рисунке. Если график, то должно быть понятно, что по осям. Как-то так: "Рис. 3. Гистограмма длин белков, закодированных в геноме. Длина измеряется числом аминокислотных остатков". '''Сопроводительные материалы''' содержат материалы, необходимые для понимания результатов, но не включённые в основной текст. В мини-обзоре это большие таблицы, составленные из внешних материалов, по представляющие читателю данные в более удобном виде. Например, таблицу с генами РНК (полученную из хромосомной таблица) отсортированную по категориям генов потом по длинам генов. Можно включать коды и описания программ и другие материалы. Оформляются так. Каждый материал имеет номер (например S1, S2 и т.д.); название (например, "Таблица генов РНК"); короткое объяснение материала — если только названия недостаточно (например, "Программа получает на вход ... и выдаёт ..."); интернет ссылку на материал или адрес на kodomo, по которому можно найти и посмотреть материал. Ссылаться в основном тексте обзора так: "см. таблицу S1 сопроводительных материалов". '''Литература''' содержит пронумерованный список литературных источников или веб-адресов, оформленных стандартным образом. Для статей: авторы, название, журнал, том, страницы (или № выпуска), год; при наличии — веб-адрес доступа. Список литературы должен находиться в самом конце вашего обзора. '''ТРЕБОВАНИЕ:''' на каждую таблицу, рисунок, сопроводительный материал, литературный источник должна быть ссылка в основном тексте. '''Обсуждение''' может быть вынесено в отдельную секцию обзора, сразу после "Результатов", или же может присутствовать в секции "Результаты" после каждого результата, заслуживающего, по мнению автора, обсуждения. Это замечание касается и секции "Заключение". Если "Заключение" присутствует как отдельная секция, оно должно находиться до благодарностей, списка сопроводительных материалов и списка литературы. '''Благодарности''' можно по желанию выразить всем, кто вам помогал, например: "Автор выражает благодарность своей сестре Ане за то, что она не шумела во время написания обзора". Если вам серьёзно помог (например, с методами) кто-то из сокурсников, то выразить ему персональную благодарность будет очень желательно (оценку за это не снизим!). ---- === Как представить окончательную версию мини-обзора для проверки === * Проверяется мини-обзор в формате .pdf, включая сопроводительные материалы на которые есть ссылка в соответствующем разделе обзора * Ссылка на окончательную версию мини-обзора должна быть на wiki странице студента '''Варианты''' 1. В своей домашней директории на kodomo создайте поддиректорию mini_review в term1: term1/mini_review, положите в неё файл мини-обзора в формате .pdf. Укажите адрес этого документа на своей странице wiki. 1. На свой Google-диск поместите файл (Upload → File) с мини-обзором в формате .pdf. Не забудьте сделать этот файл открытым на чтение для проверяющих (или для всех). Поставьте ссылку на него на своей странице wiki. === Как представить сопроводительные материалы для проверки === Один сопроводительный материал - это один файл и, в случае многостраничных файлов (Google Sheets например), название страницы в нем. 1. В своей домашней директории на kodomo создайте поддиректорию: term1/mini_review/supplement. Положите в неё файлы с сопроводительными материалами. Укажите в мини-обзоре.pdf в разделе "Сопроводительные материалы" адрес этой директории. Для каждого сопроводительного материала идентификатором является имя файла и страница в нем (если надо). 1. На своём Google-диске сохраните файлы с сопроводительными материалами. Для каждого сопроводительного материала в основном тексте укажите его название, страницу в файле (если нужно) и поставьте ссылку на нужную страницу.