#pragma css /css/2024.css
<<BI>>
= Семестр 1. Объекты и инструменты, первое знакомство =
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/118Iu2-cIOaRxmqrud9dHQu-Kv_-4_fbrJsTMv2vPIK4/edit#gid=0|Расписание]]
## [[ https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BmRKunJchd-ccZYOMs2-MbdX8LlYs4w_0uMCum5630E/edit?gid=0#gid=0 |Результаты блока 1]] (временная ссылка)
[[ https://docs.google.com/spreadsheets/d/1WyE0LCiczUjrOoibPHhWXeetE5b8Malww-gAhHReq48/edit?gid=1518947286#gid=1518947286&range=A1 |Результаты]] ~-Только для студентов и преподавателей-~
~-При проблемах доступа к ведомости пишите на valmarfgecnf@gmail.com. Пожалуйста, указывайте своё имя в письме.-~
[[ https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSfpXn8GyINZM2kevKVWJZ8KRS00eVvLU0xj5OqYOvKDJ_J-pA/viewform?usp=sf_link|Записаться в очередь на проверку]]
~-Заполните эту форму при выполнении '''всех обязательных заданий практикума'''. Дата заполнения формы автоматически фиксируется как '''дата выполнения заданий''' -~
[[ https://docs.google.com/spreadsheets/d/1WyE0LCiczUjrOoibPHhWXeetE5b8Malww-gAhHReq48/edit?gid=1087292415#gid=1087292415&range=A1 |Список записавшихся в очередь на проверку]]
== Блок 1: Два занятия. Знакомство, настройка учётных записей, первые задания ==
=== 1. Знакомство. ===
''6 сентября 2024''
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/paris_y24.pptx|презентация (А.Д.Ливенский)]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/AAl-intro-6sept2024.pptx|презентация (А.В.Алексеевский)]] ]
[ [[/class_work|задание для выполнения во время занятия]] ]
[ [[/hints_class_work|объяснения к заданию]] ]
[ [[/how_class_work|как выполнить задание]] ]
[ [[/pr1|домашнее задание на 13 сентября]] ]
=== 2. Геном бактерии как файл. ===
''13 сентября 2024''
А.В. Алексеевский, С.А. Спирин, И.С. Русинов, Д.В. Диброва, В.В. Панова
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/y24-term1-pr2-aal.pptx|презентация (А.В.Алексеевский)]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/Genome.pdf|презентация (С.А.Спирин)]] ]
[ [[/pr2|задания]] ]
[ [[/hints2|подсказки]] ]
== Блок 2: Командная строка Linux ==
=== 3. Bash. SSH. Работа с файлами. ===
''20 сентября 2024''
'''И. Русинов''', А.В. Алексеевский, Р. Ириоглов, '''И. Ильницкий''', С.А. Спирин, В. Панова
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/y24-term1-pr3-ilnitsky.pptx|презентация (И.Ильницкий)]] ]
[ [[/pr3|задания]] ]
[ [[/hints3|подсказки]] ]
=== 4. SFTP, спец. символы bash, текстовые файлы. ===
''27 сентября 2024''
'''И. Русинов''', Р. Ириоглов, '''И. Ильницкий''', С.А. Спирин, Ю. Алешина
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/y24-term1-pr4-ilnitsky.pptx|презентация (И.Ильницкий)]] ]
[ [[/pr4|задания]] ]
[ [[/hints4|подсказки]] ]
=== 5. Потоки ввода/вывода, работа с текстом. ===
''4 октября 2024''
'''И. Русинов''', Р. Ириоглов, '''И. Ильницкий''', С.А. Спирин
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/y24-term1-pr5-ilnitsky.pptx|презентация (И.Ильницкий)]] ]
[ [[https://live.fbb.msu.ru/playback/presentation/2.3/69e403e3cb8511e7348803b6a0d2e7bbf8596b42-1633076148161|видеозапись с 2021 года]] ]
[ [[/pr5|задания]] ]
[ [[/hints5|подсказки]] ]
=== 6. Права доступа, сценарии. Контрольная. ===
''11 октября 2024''
'''И. Русинов''', Р. Ириоглов, '''И. Ильницкий''', С.А. Спирин
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/y24-term1-pr6-ilnitsky.pptx|презентация (И.Ильницкий)]] ]
[ [[https://live.fbb.msu.ru/playback/presentation/2.3/69e403e3cb8511e7348803b6a0d2e7bbf8596b42-1633679464557|видеозапись с 2021 года]] ]
[ [[/pr6|задания]] ]
[ [[/skills6|список тем контрольной]] ]
== Блок 3: Электронные таблицы ==
=== 7. Импорт данных, базовые понятия и навыки ===
''18 октября 2024''
'''Первое задание в контрольном задании, выполняемом в классе 18 октября'''
a. Создайте документ Google Sheets для выполнения заданий блока "электронные таблицы".
a. Назовите его вашим пользовательским именем_ET. Например, aba_ET было бы у меня потому, что вхожу на kodomo с пользовательским именем aba (ААл)
a. На своей wiki странице напишите заголовок Блок 3 Электронные таблицы (ЭТ) и под ним - ссылку на созданный вами документ Google Sheets.
a. Каждое задание следует выполнять на отдельном листе (sheet) этого документа (или в !LibreOffice Calc и переносить на страницу Google Sheets)
Можно и советуем выполнить это задание заранее для экономии времени на занятии.
'''Е. Рюмина''', С.А. Спирин, '''А.В Алексеевский''', Р. Ириоглов
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/ET-pr7-y24-aal.pptx|презентация (А.В.Алексеевский)]] ]
[ [[/class_work7|задание для выполнения во время занятия]] ]
[ [[/hints_class_work7|объяснения, как выполнить задание]] ]
[ [[/pr7|домашнее задание на 25 октября]] ]
=== 8. Другие методы ЭТ. Мини-обзор генома бактерий: темы ===
''25 октября 2023''
'''Е. Рюмина''', С.А. Спирин, '''А.В Алексеевский''', Р. Ириоглов
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/ET-pr8-y24-aal.pdf|презентация (А.В.Алексеевский)]] ]
[ [[/class_work8|Задание для выполнения во время занятия]] ] [ [[/hints_class_work8|объяснения как выполнить задание 1]] ]
[ [[/pr8|домашнее задание на 1 ноября]] ] [ [[/hints8| выполнение каких заданий достаточно для зачёта пр8 и блока 3]] ]
== Блок 4: Программирование на Python ==
=== 9. Базовый Python ===
''1 ноября 2024''
'''Дмитрий Босов''', '''Даниил Хлебников''', Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ [[https://colab.research.google.com/drive/1A5di2BqM_N83paxsyWAtAYOgFpfk4ppi?usp=sharing|Лекция в Colab]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/ejudge/cgi-bin/new-client?contest_id=115|Домашнее задание в системе ejudge]] ]
Дедлайн: 8 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8
=== 10. f-строки. Условные конструкции и цикл for. ===
''8 ноября 2024''
'''Дмитрий Босов''', '''Даниил Хлебников''', Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ [[https://colab.research.google.com/drive/1vdB_IVvFZT1R7Tvdh9doOJ9Xykcj8iK1 | Лекция в Colab]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/ejudge/cgi-bin/new-client?contest_id=118 | Домашнее задание в системе ejudge]] ]
Дедлайн: 15 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8.
=== 11. Цикл while. Списки. ===
''15 ноября 2024''
'''Дмитрий Босов''', '''Даниил Хлебников''', Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ [[https://colab.research.google.com/drive/1koto7BsCZvmY4TLgk44QF9v9TbmxvsWH?usp=sharing | Лекция в Colab]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/ejudge/cgi-bin/new-client?contest_id=121 | Домашнее задание в системе ejudge]] ]
Дедлайн: 22 ноября 9:00. Обязательных заданий: 10
=== 12. Словари. Множества. ===
''22 ноября 2024''
'''Дмитрий Босов''', '''Даниил Хлебников''', Владимир Ноздрин, Алексей Школиков
[ [[https://colab.research.google.com/drive/1H2J9YKZvCMolbHQfDvU8sgi9M8Gbc-qv?usp=sharing|Лекция в Colab]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/ejudge/cgi-bin/new-client?contest_id=123 | Домашнее задание в системе ejudge]] ]
Дедлайн: 29 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8
=== 13. Small talk о мини-обзоре. Модули. Файлы: чтение. ===
''29 ноября 2024''
'''Дмитрий Босов''', '''Даниил Хлебников''', Владимир Ноздрин, Алексей Школиков
[ [[https://colab.research.google.com/drive/1ZsraUX3b-SZynDHbcbqOo6uzTA2n99TM?usp=sharing|Лекция в Colab]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/ejudge/cgi-bin/new-client?contest_id=126 | Домашнее задание в системе ejudge]] ]
Дедлайн: 6 декабря 9:00. Обязательных заданий: 8.
=== 14. Файлы: чтение, запись, парсинг. Простейшие графики ===
''6 декабря 2024''
'''Дмитрий Босов''', '''Даниил Хлебников''', Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ [[https://colab.research.google.com/drive/1hn3QOERxn9roN6dgQuQzrfmo44w_s0Sg?usp=sharing|Лекция в Colab]] ][ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/ejudge/cgi-bin/new-client?contest_id=128 | Домашнее задание в системе ejudge]] ]
Дедлайн: 19 декабря 23:59. Обязательных заданий: 6.
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2024/1/pr13| Домашнее задание, часть 2.]] ]
Присылайте результаты на почту pymsu@mail.ru. Дедлайн: 18 декабря 23:59.
== Блок 5: Мини-обзор ==
Студент НЕ ВЫПОЛНЯЕТ В МИНИ-ОБЗОРЕ ЗАДАНИЯ, заданные “учителем” – время школы прошло для вас.
{{{#!wiki warning
'''Поэтому апелляции в тексте типа "Нам так задали" или "в указаниях так написано" неуместны в мини-обзоре'''
}}}
'''Студент пишет обзор того что, успел узнать о выбранной бактерии, её геноме, генах и белках. Он отвечает за то, что написал текст самостоятельно и за то, что в источниках, на которые он ссылается, написано именно то, что взято в текст мини-обзора из источника'''
''ААл''
Мини-обзор должен быть готов в понедельник 9 декабря. Это значит, что к полуночи 9 декабря на вашей вики-странице должна появиться ссылка на pdf с обзором, и вы запишетесь в очередь на проверку (пункт mini_review). Начиная с раннего утра 10 декабря преподаватели будут читать ваши обзоры.
13 декабря каждый студент, сдавший обзор вовремя, должен будет "защитить" свою работу, а именно, побеседовать с прочитавшим его обзор преподавателем, ответить на вопросы, выслушать замечания.
[ [[/mini_review_tasks|Содержание мини-обзора]] ]
[ [[/mini_review|Структура мини-обзора]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_24/lectures/aal-basic-for_minireview.pdf|Презентация ААл про мини-обзор]] ]
[ [[/polygraph|Немного о правилах оформления печатного текста (САС)]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_23/term1/minireview-samples|Шаблоны оформления статей]] ]<<BR>>
Другие шаблоны можно найти на сайтах журналов, например:"BMC Bioinformatics", "Journal of Computational Biology", "PLoS Computational Biology", "Briefings in Bioinformatics", ...
Рекомендуется ориентироваться на какой-нибудь из образцов: порядок и форматирование разделов, оформление таблиц, рисунков, списка литературы и ссылок на литературу.