== Задания к лекции 1 ==

Пожалуйста, ответы присылайте в виде осмысленного текста! 

'''Приемлемо:''' "1. В геноме бактерии X обнаружена вставка примерно в 110000 п.н. по сравнению с геномом Y. Вставка произошла примерно за 935000-м нуклеотидом."

'''Неприемлемо:''' "1. Вставка"

Выполнение любого одного из трех заданий приветствуется и засчитывается как зачет по теме "Карта сходства".

Пока не сделана google-форма, можете присылать ответ мне (aba@belozersky.msu.ru). ААл

------

'''1. Постройте карту сходства''' хромосом геномов бактерий ''Brucella suis'' (идентификатор записи CP000911, хромосома I) и ''Brucella ovis'' (идентификатор записи CP000708, хромосома I). Опишите крупные делеции – потери участка ДНК или вставки в геноме ''Brucella suis'' по сравнению с геномом ''Brucella ovis'': размер делеции или вставки в п.н., координаты в геноме.

'''Уточнение:''' достаточно указать примерный размер самой большой вставки или делеции и примерные ее координаты, пользуясь картой и масштабом на ее осях!

Можно взять другие последовательности: ''Brucella suis'', хромосома II (идентификатор записи CP000912), ''Brucella canis'', хромосома II (идентификатор записи CP003175).

''Указания.'' 
 * Используйте сервис [[http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq|blast2seq]] – "Выравнивание двух или более последовательностей" – на сайте NCBI
 * В каждое из двух окон положите идентификатор соответствующей последовательности
 * Нажмите кнопку BLAST; подождите
 * На странице с результатом откройте окно "Dot matrix view". Сохраните изображение карты сходства. 
 * Опишите результат, используя также информацию из выравнивания фрагментов, соответствующих диагоналям (на странице ниже Dot matrix).  В этих выравниваниях слева и справа от букв — порядковые номера первой и последней буквы строки в геноме. Query – та последовательность, которая была указана при запуске в верхнем окне; Subject – в нижнем.

'''2. На основании карты сходства геномов двух видов болезнетворных бактерий – бруцелл''' (слайд 44 презентации) опишите, чем отличаются их последовательности. (У бруцелл по две хромосомы, хр. I и хр. II. Карта построена для хромосом II)

''Указания.'' 
 * Прочитайте, что написано в презентации по поводу карт сравнения.
 * Программа blast2seq поступает так. 
    * Рисует звездочки (как на слайде 43) и по ним проводит диагонали снизу вверх (такие /)
    * Рисует крестики (как на слайде 45) и по ним проводит диагонали сверху вниз (такие \)
    * И те, и другие рисуются на карте

'''3. На основании карты локального сходства геномов ''M.capricolum'' и ''M.mycoides'' '''(слайд 46 презентации) опишите крупные перестройки в ДНК ''M.capricolum'' по сравнению с ''M.mycoides''. Достаточно описать произошедшее с участками сходства, обведенными красными овалами.