== Задания по лекции 12 ==
Только поздно ночью сообразил как сформулировать задания. Вот утром записываю. 

Для зачёта достаточно выполнить одно из отмеченных заданий.

Остальные - на интерес
=== 1. (зачётное) Укажите координаты (от а/к ... до а/к ...) участка с повторами в последовательности рецептора дофамина DRD4 ===
Это те самые повторы, о которых рассказывал МГ в лекции, стр. 58 в презентации МГ.

Для нахождения повторов предлагаю построить выравнивание DRD4 из нескольких (5-10) организмов. Идея том, что повторы и их число в эволюции быстро меняется, поэтому участок с повторами легко будет увидеть глазами. 

Подсказки
 * В Uniprot найдите последовательности всех рецепторов DND4. В запросе DND4 должно быть указано в поле gene name. Используйте Advanced search или в окошке укажите gene:drd4
 * Выберите (отметьте галочкой) последовательности из разных видов, включая человека. Следите, чтобы длина выбранных последовательностей была 
больше 300.
  * выровняйте в Uniprpot, кнопка Align (это проще) или
  * скачайте последовательности в формате фаста и вровняйте в Jalview

=== 2. Определите сколько повторов в последовательности DRD4 того человека, чья последовательность показана в записи DRR4_human ===
 
Ответ обоснуйте

Подсказка. Длину повтора (да и примерную последовательность) легко определить:
[[ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC117557/   | Ding et al., 2002, PNAS]], Fig.2
 * Найти в Uniprot все последовательности DRD4 в геноме человека (см. задание 1). Кроме DRD4_HUMAN все остальные - это фрагменты, а именно, последовательности участка с повторами только! Их массово секвенировали (в Uniprot не все) специально для того, чтобы чтобы изучить связь числа повторов с особенностями  психики человека. Об этом рассказывал МГ, см также [[ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC117557/   | Ding et al., 2002, PNAS]].

Напишите фразу о том, как определили.

=== 3. (зачётное) Постройте выравнивание всех повторов из записи DRD4_human ===
 
Приведите выравнивание (рис. или файл) и укажите процент колонок с одинаковыми буквами.

См. подсказки к заданию 2. Из последовательности надо будет по очереди вырезать повторы. Записать их в фаста формате:
{{{
>1
PAGPPSR ...
>2
FFGPPFP ...
>3
.....
}}}     

=== 4. (зачётное) Сравните статистику числа повторов по записям DRD4 человека в Uniprot со статистикой из Fig.1 [[ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC117557/   | Ding et al., 2002, PNAS]] ===

См. подсказки к заданию 2.

{{{#!wiki comment

=== 5. Выдвиньте и обоснуйте гипотезу о числе повторов в белке DND4 у А.Алексеевского ===
Подсказку ищите в [[ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC117557/   | Ding et al., 2002, PNAS]]
}}}

'''Еще хочу дать простое задание по иммуноглобулинам человека'''
=== Вычислите потенциально возможное число разных иммуноглобулинов (антител) у человека ===
Если сумею его сформулировать просто. то напишу. Но не сейчас, т.к. сделать это (подготовить задание) не просто. Ответ из литературы не засчитывается - надо вычислить самому.