= "Биоинформатика". Межфакультетский курс, весенний семестр 2020 =
Лекции по средам, время 15:10 – 16:40, ауд. 117, лабораторный корпус Б ([[https://yandex.ru/maps/213/moscow/?mode=routes&rtext=55.706335,37.515164~55.704793,37.519144&rtt=mt&rtm=atm&ll=37.517141,55.705470&z=18|схема проезда]]).

----
[[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1nnHhszbtlUUi4dq8dJMzEcG6z89NfOsIGDbgnKctdmo/edit#gid=1267928558|Студенты и результаты]]

----
[[https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSfMMmA569m1CRyVmJSkT8qWhLX0DQ4mFopSGqsJVZK4YpIJvA/viewform|Задать вопрос преподавателям]]

[[https://www.youtube.com/watch?v=oQwiIDFy2Ro&list=PL4FBZy5tNTEmhYaO4Qh0kkPEXi17MvTwY&index=4&t=0s|Посмотреть вопросы и ответы на них]]


----

=== Новости ===
{{{#!wiki note green
14 мая

Последнее задание - задание по Л.12 - ДЛЯ НЕ ПОЛЕВЫХ факультетов написано.

Достаточно выполнить один номер из нескольких. Технически простое, не требует большой работы (не такое, как задание по Л10; но, надеюсь, тоже интересное) 

Студентам полевых факультетов выполнить его не запрещено. Более того, зачет у ПОЛЕВЫХ факультетов ставится при выполнении заданий любых 10 лекций. Не обязательно первых.

Успехов!

ААл   
}}}

{{{#!wiki comment
13 мая
Адрес для прослушивания текущей лекции [[https://fbb.lv/mfkbioinf20200513|здесь]] 
}}}

{{{
10 мая

Коллеги!

Правила следует соблюдать.
Сижу и пытаюсь разобраться кому принадлежит скачанный мной файл. 
Потом переименовываю согласно приведенному ранее правилу, чтобы не забыть и не перепутать.
Таких файлов десятки.

Может, лучше бы я это время потратил на проверку?
Вы как считаете?

ААл
}}}

{{{#!wiki blue
10 мая

Задание Л10

Несколько дней тому назад cайт Whatif перестал выполнять задания с сообщением об ошибке в программе.

В задании добавлена инструкция, как его выполнить без сервиса Whatif.

ААл
}}} 

{{{#!wiki comment
13 мая
Адрес для прослушивания текущей лекции [[https://fbb.lv/mfkbioinf20200513|здесь]] 
}}}

{{{#!wiki note orange
6 мая
Лекция сегодня - С.А.Спирин

Лекция 13-го - М.С. Гельфанд

'''Студентам ПОЛЕВЫХ факультетов'''

Зачёт у ПОЛЕВЫХ факультетов — на этой неделе по заданиям Л1-10.
Точный Deadline у полевых факультетов определяется учебной частью соответствующего факультета.

Посмотрите в ведомости какие задания Л1-Л7 у вас не зачтены. Побеспокойтесь о них.

Присланные задания Л8-Л10 (у полевых ф-тов) проверю до конца недели. Они отмечены в колонках P, Q, R листа tasks.
Присылать ещё можно и нужно. Проверять задания, присланные в последний день, буду, но не хотелось бы (ААл)  

''' ПРОСЬБА'''  Независимо от зачетов и экзаменов посетите лекции сегодня и 13-го, если можете!
Не пожалеете, и проявите уважение к нам, лекторам :)

'''Студенты  НЕ полевых факультетов''' 

Официальный зачёт, как было сообщено ранее, 27-го. Задания присылать до 20-го, чтобы мы успели проверить.

6-го и возможно 13-го будут дополнительные задания (13-го попробую придумать по лекции МГ интересное, но легкое задание по геному неандертальца)

Что делать 20-го пока не придумали. Предложения присылайте на почту.

ААл
}}}

{{{#!wiki note green
5 мая

Студенты полевых факультетов!

У вас идет зачетная сессия. Учитывая это, 6-е мая рассматривайте как мягкий deadline.

Однако зачёт надо получить до окончания ВАШЕЙ зачетной сессии - чтобы не было проблем у вас.
И на проверку оставьте время.

ААл
}}}

{{{#!wiki note red
Студенты полевых факультетов на которых зачётная сессия заканчивается до 12 мая!

Про биофак знаю. Другие полевые факультеты сообщите мне какое расписание зачетов у вас.

Зачёт МФК будет поставлен 6го мая на основании зачтенных заданий по лекциям 1 - 10.

ААл
}}}


=== Новости ===
{{{#!wiki comment
https://fbb.lv/mfkbioinf
}}}
 {{{#!wiki note

Адрес для прослушивания лекции 6 мая  
появится [[https://fbb.lv/mfkbioinf |здесь]] в 15:00

Вход путем щелканья по ссылке (когда появится)

}}}

{{{
5 мая

Проверены все присланные работы по практикумам 4 и 5. 
Если у Вас не выставлены баллы, но работа была отправлена - напишите мне, пожалуйста.
А.А.Жарикова
}}}

{{{
17 апреля

Я наконец проверил все присланные мне работы по ДЗ 3.
Прошу прощения за задержку с проверкой.
Есть некоторое количество двоек,я в ближайшее время подготовлю альтернативные задания для пересдачи.
С.А.Спирин
}}}


{{{#!wiki note red
15 апреля 

Официально зачет нашего курса МФК 27-го мая.

Для зачета необходимо получить зачёт по всем обязательным заданиям, предлагаемые после каждой лекции. Это либо домашние задания, либо контрольные. 

Зачёты автоматом будут известны 20-го мая.

'''Студенты опоздавшие с выполнением каких-то обязательных заданий''' имеют возможность выполнить их и прислать для проверки до 20 мая включительно. Проверяться задания будут по типу: зачёт - незачёт.
(Ну если очень повезет или нам понравится - не исключаю, что кто-то напишет комментарий. Тем более, если уважительная причина.)

Проверим до 27-го мая. Если не все задания зачтены, то на зачёте 27-го возможно будет устно исправить ошибки, а мы сможем проконтролировать неясные ответы.

ААл 
}}}

{{{
12 апреля
Настя Жарикова: Все присланные мне работы по ДЗ4 проверены.  
}}}



{{{
26 марта
Настя Жарикова: ДЗ5 готово. Обратите внимание на дедлайны! Они изменены и продлены. 
}}}

{{{
25 марта
Проверил всю свою почту по МФК. 
Присланные мне выполненные задания по всем лекциям отметил зеленой заливкой в колонке Дата.
Напоминаю, что посылать надо ЛЕКТОРУ, мне можно копию.
Если не послали лектору, то не удивляйтесь потом.

Адреса. 
Спирин  sas собака belozersky точка msu точка ru 
Потапова nadezhdalpotapova собака gmail точка com
Корягина Анна Станиславовна (лекция сегодня)  akaryagina собака gmail точка com

Настя Жарикова написала мне, что ИНДИВИДУАЛЬНЫЕ задания по Л.5 будут готовы сегодня. Она объявит это перед лекцией. 
}}}

{{{#!wiki comment
18 марта
От нашей уч. части мы получили официальный список студентов МФК "Биоинформатика"
Он введен в нашу ведомость (лист Official-List и номер зачётки в List)
Есть расхождения с нашим списком, см.
Напоминаю, что студентам, отсутствующим в официальном списке, мы не сможем проставить зачёт ввиду их отсутствия в официальной ведомости.
Выясняйте в своей уч. части

ААл
}}}


{{{#!wiki note green
Адрес записанной лекции 18 марта: http://bit.ly/fbbbioinformatics20200318

Адрес для просмотра лекции 25 марта: https://fbb.lv/fbbmfkbioinf20200325

Адрес для просмотра лекции 8 апреля: https://www.youtube.com/playlist?list=PL4FBZy5tNTEmhYaO4Qh0kkPEXi17MvTwY


Адрес для просмотра лекции 15 апреля: https://fbb.lv/mfkbioinf20200415

}}}


{{{#!wiki note green
'''Правила и сроки присылки выполненных домашних заданий'''
Выполненные задания n-й лекции отсылайте на e-mail лектора, если не указано другое. 

Мягкий deadline - неделя; точнее, до вечера дня следующей, (n+1)-й, лекции.
Задания присланные до мягкого deadline проверяются приоритетно: внимательно и 
с комментариями.  

Жесткий deadline - две недели; до вечера дня (n+2)-й  лекции.
Задания присланные между (n+1)-й и (n+2)-й лекциями проверяются медленнее и менее внимательно.

Задания, присланные после (n+2)-й лекции не проверяются.
Исключения - уважительные причины, на усмотрение проверяющего. 

Исправления не зачтенных ранее присланных заданий, необходимых для зачета темы, принимаются. См. ниже в каком формате. 
----

Называйте файлы с выполненным заданием так:  '''XXXXXXX_L1.doc'''

XXXXXXX - ваша фамилия, написанная '''ЛАТИНСКИМИ''' буквами.

L1 - задание по теме Лекции 1.

Расширение .doc или любое, которое дает ваш редактор текста

ПОЖАЛУЙСТА!

----
''' ВАЖНОЕ ДОПОЛНЕНИЕ'''

'''Файл с исправлениями называйте так: XXXXXXX_L1-2.doc''' и включайте в него только те задания, которые надо перепроверять

Простое исправление можно включить в текст письма.
----

СОБЛЮДЕНИЕ ЭТИХ ПРАВИЛ УСКОРИТ ПРОВЕРКУ

'''Иначе, по опыту,''' минуты уходят на технические детали проверки одной работы, умножаем на 80 присланных работы по одной лекции :(

ААл
}}}
{{{#!wiki comment
27 февраля
Коллеги!
Пожалуйста будьте терпеливы, подождите пока я проверю все присланные задания по L1.
Прислано более 60 работ, чему мы, лекторы, очень рады.
Умножьте на 3-7 мин. Это же не тест! (кроме задания 1).
Некоторые работы содержат интересные мне ответы, которые хочется проверить и/или написать комментарий.
Комментарии см в примечаниях к ячейке ведомости.

Разочарован результатами по заданию 1. См. слайды 11 и 12 в презентации. В каком направлении написаны последовательности? Специально вставил крупные обозначения концов ДНК. На самой лекции проговорил точное определение.
А по слайдам надо угадать, или посмотреть где-нибудь. И прислать исправление.

Постараюсь проверить все L1 до понедельника.
ААл

PS Мне помогает Алексей Ефремов
}}}
{{{#!wiki comment
'''20 февраля'''
Изменил права доступа: на запись ведомость открыта только лекторам.
Если хотите записаться для сдачи заданий и зачета, то пишите письмо мне
<<MailTo(aba AT belozersky DOT msu DOT ru)>>

ААл
}}}
=== Лекция 1. Геном ===
19 февраля 2020

А. Алексеевский

[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/Genome-2020s.pptx|презентация]] ]  [ [[Main/mf_2020s/task-L1|задания на дом]] ]

[ [[Main/mf_2020s/comment-L1|комментарии при проверке]] ] Пока нет

=== Лекция 2. Изучение человеческого генома ===
26 февраля 2019

Н. Потапова

[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/Human_Genome_MFK_2020.pdf|презентация]] ] [ [[Main/mf_2020s/task-L2|задания на дом]] ]

[ [[Main/mf_2020s/comment-L2|комментарии при проверке]] ] Пока нет


=== Лекция 3. Реконструируем эволюцию по белкам ===
4 марта 2020

С. Спирин

[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/Lecture3.pptx|презентация]] ]

[ [[/task-L3|задания на дом]] ] 

=== Лекция 4. Секвенирование: что, как и зачем ===
11 марта 2020

А. Жарикова  <<MailTo(azharikova89 AT gmail DOT com)>>


[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/Zharikova_1_11032020.pptx|презентация]] ]
[ [[/task-L4|задания на дом]] ] 


=== Лекция 5. Секвенирование: что, как и зачем - 2 ===
18 марта 2020, 15:10

А. Жарикова  <<MailTo(azharikova89 AT gmail DOT com)>>

[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/Zharikova_2_18032020.pptx|презентация]] ] [ [[http://bit.ly/fbbbioinformatics20200318|видео]] ]

[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/DZ5.pptx|Задание на дом]] ] Дедлайн: мягкий — 8 апреля; жесткий — 15 апреля.

=== Лекция 6. Пространственная структура биополимеров ===
25 марта 2020, 15:10

А.С. Карягина  <<MailTo(akaryagina AT gmail DOT com)>>

Лекция прочтена онлайн и записана.

[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/Lecture6_2020.pptx|презентация]] ] [ [[https://www.youtube.com/playlist?list=PL4FBZy5tNTEmhYaO4Qh0kkPEXi17MvTwY|видео]] ]
[ [[/task-L6|задания на дом]] ] 


=== Лекция 7. Биоинформатика и разработка лекарств ===
8 апреля 2020, 15:10 или другое время (лекция записана)

А.С. Карягина  <<MailTo(akaryagina AT gmail DOT com)>>

Лекция записана и выложена в !YouTube.

[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/Lecture7_2020.pdf|презентация]] ] [ [[https://www.youtube.com/playlist?list=PL4FBZy5tNTEmhYaO4Qh0kkPEXi17MvTwY|видео]] ] 

=== Лекция 8. Многоуровневое моделирование биомолекул ===
15 апреля 2020, 15:10

А.О.Залевский  <<MailTo(aozalevsky AT gmail DOT com)>>

[ [[https://fbb.lv/mfkbioinf20200415| видео]] ]

[ [[/task-L8 | задания ]] ] Присылать ААл

=== Лекция 9. Центральная догма и ее использование вирусами и людьми  ===
22 апреля 2020, 15:10

А. Алексеевский


[ [[https://fbb.lv/mfkbioinf20200422|видео]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/CentralDogma-2020s-out.pptx|презентация]] ]
[ [[/task-L9|задания на дом]] ] задания 1-4. (Пятое вошло в задание Л10).

=== Лекция 10. Молекулярная эволюция  ===
29 апреля 2020, 15:00 (начнем чуть раньше, т.к. в презентации много слайдов, и все интересные. ААл)

М. Гельфанд

[ [[https://www.youtube.com/watch?v=WLzeb94tuls|видео]] ]
[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/Gelfand-2020-MolEvol.ppt|презентация]] ]
[ [[/task-L10|задания на дом]] ] Присылать ААл
[ [[/hints10 | указания ]] ]

=== Лекция 11. Выравнивание последовательностей и программа BLAST  ===
6 мая 2020, 15:10

С.А. Спирин

[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/BLAST-2020.pdf|презентация]] ]
[ [[/task-L11|задания на дом]] ]

=== Лекция 12. Молекулярная эволюция (вторая часть)  ===
13 мая 2020, 15:10

М. Гельфанд

[ [[https://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/mfk/2020s/Gelfand-2020-MolEvol.ppt|презентация, начиная со слайда 39]] ]
[ [[/task-L12|задания на дом]] ] Присылать ААл
----
=== Конференция 13. Как получить зачёт?  ===
20 мая 2020, 15:10

Планируется короткая встреча для вопросов и ответов на них.

Возможно обсуждение заданий. Ведомости с зачётами будут сданы 27го. 


{{{#!wiki comment

=== Вопросы для устного зачёта тем ===

[[/questions|ПРОЕКТ]]

=== Конференция 13. Как получить зачёт?  ===
20 мая 2020, 15:10

Планируется короткая встреча для вопросов и ответов на них.

Возможно обсуждение заданий. Ведомости с зачётами будут сданы 27го. 

----


}}}