= Результаты практикума№13 = == Задание 1 == '''Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655''' ATG 3883 ATT 4 CTG 2 GTG 334 TTC 1 TTG 78 '''Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64''' ACA 1 ATG 1129 GTG 41 TCA 1 TCT 1 TTG 2 '''Mycoplasma pneumoniae M29''' ACC 2 ATA 2 ATC 3 ATG 634 ATT 4 CTG 4 GTG 62 GTT 1 TTA 2 TTG 40 Причиной использования "нетипичных" старт-кодонов скорее всего являются точечные мутации, приведшие к замене одного или нескольких нуклеотидов. Например, довольно часто встречающийся GTG мог образоваться результате A-->G замены (замены пурина на пурин). == Задание 2 == Было обнаружено четыре последовательности: (1) псевдоген профага; возможно, стоп-кодон появился в результате точечной мутации (2)-(4) субъединицы фермента дегидрогеназы, в состав которого входит "21-я" аминокислота -- селеноцистеин; селеноцистеин кодируется стоп-кодоном, если за ним следует особая нуклеотидная последовательность == Задание 3 == '''Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655''' TGA 1241 TAA 2756 TAG 303 '''Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64''' TGA 1 TAA 999 TAG 188 '''Mycoplasma pneumoniae M29''' TGA 0 TAA 515 TAG 206 У второй и третей бактерии практически не встречается стоп-кодон TGA. Это связано с тем, что у этих бактерий TGA не является стоп-кодон, а кодирует аминокислоты: тритофан у M. pneumoniae и глицин у Candidatus Gracilibacteria bacterium. Источник: [[https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2014.00231/full]] == Задание 4 == '''Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655''' CTA 5201 3.64% CTC 14926 10.45% CTG 71198 49.85% CTT 14719 10.31% TTA 18484 12.94% TTG 18283 12.80% '''Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64''' CTA 4861 10.88% CTC 4491 10.05% CTG 4147 9.28% CTT 8053 18.02% TTA 15077 33.75% TTG 8048 18.01% '''Mycoplasma pneumoniae M29''' CTA 3619 12.10% CTC 2168 7.25% CTG 3220 10.76% CTT 5267 17.61% TTA 8959 29.95% TTG 6679 22.33% Предпочтение кодонов может быть связано с давлением отбора (кодоны по-разному влияют на эффективность экспрессии генов) или с частотой мутаций, которая различна для каждого кодона. Источник: [[https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.genet.42.110807.091442]] Исходя из этого, могу предположить, что различие в предпочтении кодов между разными бактериями связано с различием в их метаболизме, процессах экспрессии генов, средах обитания и т.д. Т.к. от этих факторов зависит направление давления отбора и частота и типы мутаций. == Задание 5 == График cumulative GC-skew: [[https://docs.google.com/spreadsheets/d/19hWboaJTxHrDnqKKxuQVxdxZhxdFrpp8tjc_g6Hg25k/edit?usp=sharing|по ссылке]] Координата минимального знания cumulative GC-skew примерно соответствует точке ориджина репликации: 3870000 vs 3,925,744 (источник: [[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=EXTRAGENIC-SITE&object=G0-10506]]]) Координата максимального значения примерном соответсвует точке терминации. Координата: 1513000.