= Ответы на вопросы Практикума 4 =
== Задание 1 ==
-Копирование файла в свою директорию на сервере kodomo я осуществил с помощью команды cp:

{{{
ol.leon@kodomo: cp /P/y20/term1/pr4/images/ol.leon /home/students/y20/ol.leon/term1/block1/pr4/Kuzmenko_image.jpeg
}}}
-На домашнем ПК был установлен FAR Manager. Подключившись через него к своей директории на kodomo, я открыл нужный файл и сохранил его на свой компьютер с помощью клавиши F5.

{{https://sun1-28.userapi.com/UfJSKoks2iF3Eocme8Yo8aC7STZu_-U2ibN4HA/TosCOsuAJxQ.jpg}}

-На картинке изображена работа "Изображение аридного пейзажа пермского периода" чешского художника Зденека Буриана - известного анималиста, прославившегося своими рисунками на палеонтологическую тематику. На данной картине представлен ''Archegosaurus dechen'' или ''"Branchiosaurus" amblystomus''

== Задание 2 ==
{{https://sun9-70.userapi.com/bHkqpEPAgQ4SATqze764G-poN4gmDvOpch9psQ/L7MkUUp4VRA.jpg}}

На данной фотокарточке вы можете заметить представителя вида Homo sapiens. Фото датировано началом XXI века, конкретно сентябрем 2020 года.

== Задание 3 ==
1)В папке /P/y20/term1/pr4/files '''88 файлов'''. Для выполнения этой задачи я использовал знания, полученные из [[https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/ol.leon/pr3|Практикума 3]]. При выводе отчета по команде ls -l мы получаем список файлов в папке, где каждая новая строка, соответствующая отдельному файлу, начинается с ''' "-" '''. Теперь можно использовать знакомую нам команду '''grep -c''' и найти число строк, начинающихся с '''-''' (с помощью комбинации специальных символов символов ''' '^-' '''). В итоге, команда будет выглядеть так

{{{
ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -l | grep -c '^-'
}}}
и выведет нам она число строк из отчета по команде ls -l, начинающихся с -, что соответствует числу всех файлов в директории.

2)В папке /P/y20/term1/pr4/files '''14 файлов''', имеющих имя, заканчивающееся на .txt. Для решения этой задачи использовался похожий алгоритм, и итоговая команда выглядела так:

{{{
ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -l | grep -c '.txt$'
}}}
3)Объединение содержимого всех файлов формата .fasta я осуществил с помощью следующей команды:

{{{
ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cat *.fasta > /home/students/y20/ol.leon/term1/block1/credits/Kuzmenko_all.fasta
}}}
== Задание 4 ==
1)"Вытаскивание" названий последовательностей формата fasta я осуществил с помощью следующей команды (направил результат команды grep в нужный файл):

{{{
ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep '^>' /home/students/y20/ol.leon/term1/block1/credits/Kuzmenko_all.fasta > /home/students/y20/ol.leon/term1/block1/credits/Kuzmenko_all.names
}}}
2) Для рассмотрения каждого из файлов по отдельности нам пригодится опция '''-r''' команды grep. Объединив её с '''-c''' мы сможем посчитать для каждого из файлов по отдельности.

{{{
ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep -r -c '>' /P/y20/term1/pr4/files/*.fasta
}}}
'''Результаты для каждого из файлов:'''

/P/y20/term1/pr4/files/1.fasta:1

/P/y20/term1/pr4/files/Xax229_230.fasta:2

/P/y20/term1/pr4/files/pan1_mouse.fasta:1

/P/y20/term1/pr4/files/pan3_mouse.fasta:1

3*) Число атомов, принадлежащих гистидину, в молекуле белка 2B5A равно '''80'''. Для ответа на этот вопрос использовалась команда:

{{{
ol.leon@kodomo:/P/y08/Term_5/Materials$ grep '^ATOM' 2B5A.pdb | grep -c HIS
}}}