##master-page:HomepageTemplate
#format wiki
#language en

[[http://kodomo.cmm.msu.ru/~ramil.mintaev/|Главная]]

= Пространственное выравнивание и совмещение =

== Совмещение структур: цепь A из записи 1HY0 и цепь A из записи 1I0A ==

Были получены соответствующие записи. Далее была определена их доменная структура. Согласно CATH 
 * цепь А записи 1HY0 имеет 3 доменную организацию:
  * 27-123, 195-234
  * 124-194, 235-364, 437-463
  * 365-436
 * цепь А записи 1I0A имеет 3 доменную организацию:
  * 27-123, 195-234
  * 124-194, 235-364, 437-463
  * 365-436
Далее мы строим пространственное наложение двух цепочек А структур 1HY0 и 1I0A при помощи команды align, для которой необходимо определить два множества, которыми будут служить определенные ранее домены.

Цвет: ruby - 1HY0, yellow - 1I0A.

 * Выравнивание по первому домену (27-123, 195-234) RMSD = 0.371
{{http://kodomo.cmm.msu.ru/~ramil.mintaev/images/wiki/alignDomain1.png}}

 * Выравнивание по второму домену (124-194, 235-364, 437-463) RMSD = 0.409

{{http://kodomo.cmm.msu.ru/~ramil.mintaev/images/wiki/alignDomain2.png}}

 * Выравнивание по третьему домену (365-436) RMSD = 0.983

{{http://kodomo.cmm.msu.ru/~ramil.mintaev/images/wiki/alignDomain3.png}}

Как можно заметить из серии картинок, при последовательном совмещении доменов с низу вверх, можно заметить, что структура в пределах домена совмещение очень хорошее, но остальные домены в это время расположены с неким сдвигом. Это можно объяснить тем, что домены - это, в данном случае, подвижные структуры, которые при кристаллизации приняли немного разные конформации, что сказалось на совмещении.

== программа PDBeFOLD ==

При помощи программы PDBeFOLD было построено структурное выравнивание цепи A из 1AKH и цепи A из 1W0T. 

Выравнивание: [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~ramil.mintaev/projects/files/1akh_vs_1w0t.fasta|1akh_vs_1w0t.fasta|target="_blank"]] 

Подаем это выравнивание на вход программе Geometrical core, чтобы найти геометрическое ядро. 

Ниже представлена таблица с аминокислотами, которые формируют геометрическое ядро.


||<rowbgcolor="#E0E0FF"> Pos.||1AKH_A||1W0T_A||
||11||ALA83||LYS389||
||12||PHE84||ASN390||
||13||LEU85||LEU391||
||15||GLU87||SER393||
||28||LYS100||TRP403||
||29||GLU101||SER404||
||30||GLU102||LYS405||
||31||VAL103||ILE406||
||41||THR110||THR416||
||42||PRO111||SER417||
||43||LEU112||VAL418||
||44||GLN113||MET419||
||45||VAL114||LEU420||
||46||ARG115||LYS421||
||47||VAL116||ASP422||
||48||TRP117||ARG423||
||49||PHE118||TRP424||
||50||ILE119||ARG425||
||51||ASN120||THR426||
||52||LYS121||MET427||
||53||ARG122||LYS428||
||54||MET123||LYS429||
||55||ARG124||LEU430||

 * Совмещение в PYMOL командой pair_fit структуры по CA-атомам, входящим в геометрическое ядро.
{{http://kodomo.cmm.msu.ru/~ramil.mintaev/images/wiki/pair.png}}
 * Совмещение в PYMOL командой align на полных цепях.
{{http://kodomo.cmm.msu.ru/~ramil.mintaev/images/wiki/alignPair.png}}

Из второй картинки видно, что выравнить цепи командой align не удалось. Тем не менее, первая картинка показывает, что это все же возможно, если использовать геометрическое ядро при совмещении.