[[http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/index.html|На главную]]

[[http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/index.html|Назад]]



= Практикум 12 =

[[http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/pr12.jvp|Проект Jalview]]


== Задание 1 ==


Запустил Psi-Blast. [[http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastSearch&VIEW_SEARCH=on&UNIQ_SEARCH_NAME=A_SearchOptions_1YyAFG_1YVZ_dsCYuqi83ra_GTWlT_157lAa|Условия поиска]].
Провел 6 итераций, пока количество находок не перестало меняться. E-value  худшей "правильной" находкой равна 2e-04, а "лучшей" неправильной - 0.024. На мой взгляд это недостаточно большая разница и, вероятно, найденные белки не представляют одно семейство, хоть и все они рибосомальные. Правда, можно выделить две группы: tRNA(Ile2) agmatidine synthetases и ribosomal proteins. Но об этом сложно судить, так как мой белок гипотетический.

||Итерация||Кол-во находок выше порога||Появились ли новые находки||Находка||ID||Score||E-value||
||<|2> 1||<|2> 22||<|2> -||Лучшая||A8MA77.1||291||1e-92||
||Худшая||Q18FU7.1||74,3||3e-13||
||<|2> 2||<|2> 25||<|2> да||Лучшая||A8MA77.1||291||1e-92||
||Худшая||Q8TVD7.1||39,7||0.004||
||<|2> 3||<|2> 50||<|2> да||Лучшая||C5A5L9.2||465||3e-160||
||Худшая||Q97BH4.1||40,8||0.002	||
||<|2> 4||<|2> 75||<|2> да||Лучшая||C6A3Q6.1||466||1e-160||
||Худшая||P0CG87.1||41,2||0.004||
||<|2> 5||<|2> 89||<|2> да||Лучшая||C5A5L9.2||460||5e-158||
||Худшая||Q9HNL5.1||39,6||0.004||
||<|2> 6||<|2> 89||<|2> нет||Лучшая||Q8TK89.2||461||2e-158||
||Худшая||Q9HNL5.1||43,1||2e-04||


[[http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/seqdump.fasta|Ссылка на последовательности]]

== Задание 3 ==

Построил [[http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/align_muscle.fasta|множественное выравнивание]] с помощью muscle. Команда: muscle -in seqdump.fasta -out align_muscle.fasta.

Рис 1. Множественное выравнивание.

{{http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/a_m.png}} 



== Задание 4 ==

Чтобы выбрать seed я использовал Remove redundancy - 70%. В итоге осталось [[http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/seed.fasta|16 последовательностей]]. Провел [[http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/seed_muscle.fasta|выравнивание]] с помощью muscle.

Рис 2. Множественное выравнивание seed`a с помощью muscle

{{http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/s_m.png}} 



== Задание 5 ==

С помощью mafft построил еще одно [[http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/seed_mafft.fasta|выравнивание]].

Рис 3. Множественное выравнивание seed`a с помощью mafft

{{http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/s_f.png}} 


== Задание 6 ==

С помощью программы muscle я построил [[http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/both.afa|выравнивание]] двух выравниваний. Абсолютно схожих столбцов не нашлось. В основном из-за того, что последовательность >gi|3024932|sp|Q58331.1|Y921_METJA в этих выравниваниях по разному выравнена относительно остальных. Наиболее похожие столбцы я отметил буквой S.

Рис 4. Выравнивание выравниваний.

{{http://kodomo.fbb.msu.ru/~vladislaw_aesc/term2/pr12/last.png}}