Описание метанмонооксидогеназы из генома бактерии Methylococcus capsulatus str. Bath.
Процесс получения информации о белке
После получения идентификатора белка находим информацию о нём на сайте NCBI, ищем организм, который является владельцем этого белка, и скачиваем секвенированный геном, после чего в нём находим данный белок, копируем последовательность и переводим её в формат FASTA. Данные о белке представлены в таблице 1.
Идентификатор белка | AAU92722.1 |
---|---|
Идентификатор генома | AE017282.2 |
Название белка | Метанмонооксигеназа |
Координаты гена в геноме | 1258804..1257758 |
Длина гена (п.н.) | 1047 |
Цепь | Прямая |
Длина белка (а.о.) | 348 |
Получили секвенированный белок с сайта NCBI и перевели в формат FASTA. Секвенированный белок
Данный белок необходим для переработки алканов и получении из них углерода, данный белок характерен для метанотрофных организмов, было довольно сложно добиться найти данную информацию.
Необходимо получить геномное окружение белка для нахождения энхансеров
С помощью сайта NCBI был открыт геномный браузер генома моей бактерии. После этого был найден необходимый ген на общей карте. Следующим действиями было создано PNG изображение с окружением данного белка.
Для получения геномного окружения белка было использованы много ресурсов, которые помогли получить изображения вышеуказанного, а также получить незабываемый опыт использования Far Manager и создания FASTA file.