Описание метанмонооксидогеназы из генома бактерии Methylococcus capsulatus str. Bath.

Процесс получения информации о белке

После получения идентификатора белка находим информацию о нём на сайте NCBI, ищем организм, который является владельцем этого белка, и скачиваем секвенированный геном, после чего в нём находим данный белок, копируем последовательность и переводим её в формат FASTA. Данные о белке представлены в таблице 1.

Таблица 1. Описание метанмонооксигеназы из генома бактерии Methylococcus capsulatus str. Bath.
Идентификатор белка AAU92722.1
Идентификатор генома AE017282.2
Название белка Метанмонооксигеназа
Координаты гена в геноме 1258804..1257758
Длина гена (п.н.) 1047
Цепь Прямая
Длина белка (а.о.) 348

Получили секвенированный белок с сайта NCBI и перевели в формат FASTA. Секвенированный белок

Данный белок необходим для переработки алканов и получении из них углерода, данный белок характерен для метанотрофных организмов, было довольно сложно добиться найти данную информацию.

Необходимо получить геномное окружение белка для нахождения энхансеров

С помощью сайта NCBI был открыт геномный браузер генома моей бактерии. После этого был найден необходимый ген на общей карте. Следующим действиями было создано PNG изображение с окружением данного белка.

Геномное окружение метанмонооксидогеназы
Рисунок 1. Геномное окружение гена белка метанмонооксидогеназа (AAU92722.1). Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI.

Для получения геномного окружения белка было использованы много ресурсов, которые помогли получить изображения вышеуказанного, а также получить незабываемый опыт использования Far Manager и создания FASTA file.