Methanosarcina barkeri

Таксономия
Высокие таксоны: Archaea; Euryarchaeota; Methanomicrobia; Methanosarcinales; Methanosarcinaceae; Methanosarcina
Вид: Methanosarcina barkeri
Штамм: Methanosarcina barkeri str. fusaro

Methanosarcina barkeri Sp. Fusaro является метано-синтезирующей археей, то есть она синтезирует метан (и получает энергию в процессе метаногенеза) по своему уникальному пути( с использованием всех трех известных метаболических путей для метаногенеза) ,например многие метано-синтезирующие бактерии получают метан из CO2 и H2, однако некоторые могут использовать другие соединения углерода ,например окись углерода или муравьиную кислоту, и иногда такие бактерии могут использовать ацетаты и метиламины.
Methanosarcina barkeri - это кокки, разделенные на доли.
Известно, что Methanosarcina barkeri fusaro живет в рубце рогатого скота (рубец - первый отдел желудка жвачных ) и находится в симбиозе с хозяином. Эта бактерия участвует в переваривании целлюлозы и других полисахаридов, производя при этом метан, CO2 и органические кислоты. Methanosarcina barkeri fusaro очень чувствительны к кислороду, поэтому живут в абсолютно бескисродной среде ( чем и является первый отдел желудка жвачных)
Они найдены в различных средах, в том числе на мусорных свалках, в канализациях. Methanosarcina были также найдены в человеческом пищеварительном тракте. Methanosarcina также уникальны тем, что они живут колониями и обладают примитивной клеточной дифференцировкой.

Статья на PUbMed:
(Запрос на PubMed - Methanosarcina barkeri)

Global transcriptomics analysis of the Desulfovibrio vulgaris change from syntrophic growth with Methanosarcina barkeri to sulfidogenic metabolism.

Desulfovibrio vulgaris is a metabolically flexible micro-organism. It can use sulfate as an electron acceptor to catabolize a variety of substrates, or in the absence of sulfate can utilize organic acids and alcohols by forming a syntrophic association with a hydrogen-scavenging partner to relieve inhibition by hydrogen. These alternative metabolic types increase the chance of survival for D. vulgaris in environments where one of the potential external electron acceptors becomes depleted. In this work, whole-genome D. vulgaris microarrays were used to determine relative transcript levels as D. vulgaris shifted its metabolism from syntrophic in a lactate-oxidizing dual-culture with Methanosarcina barkeri to a sulfidogenic metabolism. Syntrophic dual-cultures were grown in two independent chemostats and perturbation was introduced after six volume changes with the addition of sulfate. The results showed that 132 genes were differentially expressed in D. vulgaris 2 h after addition of sulfate. Functional analyses suggested that genes involved in cell envelope and energy metabolism were the most regulated when comparing syntrophic and sulfidogenic metabolism. Upregulation was observed for genes encoding ATPase and the membrane-integrated energy-conserving hydrogenase (Ech) when cells shifted to a sulfidogenic metabolism. A five-gene cluster encoding several lipoproteins and membrane-bound proteins was downregulated when cells were shifted to a sulfidogenic metabolism. Interestingly, this gene cluster has orthologues found only in another syntrophic bacterium, Syntrophobacter fumaroxidans, and four recently sequenced Desulfovibrio strains. This study also identified several novel c-type cytochrome-encoding genes, which may be involved in the sulfidogenic metabolism.



Авторы статьи: Plugge CM, Scholten JC, Culley DE, Nie L, Brockman FJ, Zhang W.


PMID: 20576691 [PubMed - in process]


Геном Methanosarcina barkeri секвенирован, так как она участвует в пищеварении рогатого скота и человека.