Cхема из Pfam: |
|||||
| Пояснения к схеме |
|||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов |
Положение в последовательности белка MANA3_BACSU | Клан |
| 1. | PF01238 | PMI_typeI | Семейство доменов названо по названию фермента Маннозы-6-фосфат изомеразы,
катализируещего превращение маннозы-6-фосфат в фруктозу-6-фосфат (промежуточный гликолиз) |
6 - 316 | Cupin (CL0029), содержит 39 семейств, у шести из них неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF) |
Задание № 2. Некоторые данные о домене PMI_typeI
- Домен входит в 13 архитектур
- Последовательность известна для 1688 белков, содержащих этот домен
- Пространственная структура определена для 4-х белков
- Выравнивание
Задание №3. Частота встречаемости доменов по отдельности
Я выбрала архитектуру C4L0E5_EXISA
Представленность доменов PF01238 и PF00480 в организмах разных видов
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF01238
|
Количество белков с доменом PF00480
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | - | - |
| Грибы | 101 | 1 | |
| Животные | 249 | 26 | |
| Остальные эукариоты | 71 | 20 | |
| Археи | 4 | 47 | |
| Бактерии | 1142 | 6175 | |
| Вирусы | - | - | |
Из таблицы видно, что оба домена не встречаются ни в вирусах, ни в зеленых растениях И первый домен(PF01238) намного чаще встречается в грибах, чем второй домен - PF00480. Второй же домен сильно "опережает" первый в бактериях. Однако встречаемость обоих этих доменов преобладает в бактериях, а значит, и вероятность "встречи" их в одном бактериальном белке увеличивается.
Задание №4. Представленность доменов моего белка в различных белках Bacillus subtilis
| № | PFAM ID | Bacillus subtilis |
| 1. | PF01238 | D4FVA2_BACNA
D4G5U3_BACNA D4G289_BACNA MANA1_BACSU MANA2_BACSU Q9AGZ4_BACSU MANA3_BACSU Q3S4E5_BACSU |
Задание №5. Доменные перестройки
Изучаемый домен (PF01238) встречается совершенно в разных сочетаниях, в том числе, может быть единственным
доменом в белке. Может быть ближе
как к N- так и к С- концу. Встречается и дупликация этого домена:
D0LL15_HALO1 
C2SUK3_BACCE 
Q8NZK0_STRP8 
