Задание №1. Поиск мотивов программой MEME
Программа MEME нашла три мотива:
1. Первый мотив нашелся в девяти из десяти последовательностей.
Координаты моей последовательности:156-190
P-value для моей последовательности: 2.7e-31
Длина выравнивания: 35
E-value: 1.6e-0692
2. Второй мотив нашелся во всех последовательностях
Координаты моей последовательности: 81-104
P-value для моей последовательности: 1.18e-20
Длина выравнивания: 24
E-value: 1.9e-042
3. Третий мотив нашелся в семи последовательностях
Координаты моей последовательности: 197-222
P-value для моей последовательности: 4.36e-23
Длина выравнивания: 26
E-value: 2.2e-032
Задание №2.Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle
На рисунке приведена только часть выравнивания,
сделанного программой Muscle.
Первый мотив (на рисунке он оранжевый) полностью соответствует выравниванию, полученному с помощью Muscle.
Второй мотив (красный) тоже достаточно похож, но есть "неровности", например, вставка большого
числа гэпов у 4-ой с конца последовательности.
А третье выравнивание совсем не соответствует мотиву (отмечен коричневым цветом)
- в нем присутствует и большое количество гэпов, и края "разехались".
На самом деле, меня достаточно сильно смущает третий мотив, так как активный центр моего белка -
193 аминокислотный остаток, - не попал даже в него.
Задание №3.Поиск найденных мотивов в других последовательностях
MASTВо всех белках (8) нашелся второй мотив, первый мотив нашелся только в четырех белках, а третий - только в двух - Mana3_Bacsu и Mana_STRMU. в этих же двух белках присутстыуют все мотивы, при чем в том же самом порядке, что и для второго задания (см. картинку).
