Задание №1
| ID белка | AC белка | Число итераций | Для первой итерации | Для последней итерации | ||||
| Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | |||
| MINC_ECOLI | P18196 | 4(Было убрано несколько последовательностей после 2-ой итерации) | 162 | 0.005 | 0.006 | 176 | 8e-07 | 0.006 |
| SSRP_ECOLI | P0A832 | 1 | 514 | 3e-10 | 5.6 | 514 | 5e-31 | 0.36 |
| RP5M_RHIME | P17265 | 3 | 14 | 0.001 | 0.005 | 25 | 9e-15 | 0.14 |
| MANA3_BACSU | P39841 | 2 | 6 | 0.001 | 0.008 | 26 | 1e-29 | 0.15 |
Выводы: В первом случае разрыв E-value изменился незначительно, во втором и третьем(а так же в моем белке сильно вырос). возможно. это связано с тем, что в первом белке есть неспецифичные участки, которые встречаютя в большом количестве белков, что приводит к появлению "лишних" последовательностей, которые портят матрицу ( и так по цепному механизму).
Задание №2.
| ID белка | AC белка | Число итераций | Для первой итерации | Для последней итерации | ||
| Число находок выше порога (0,001) | Худшее E-value выше порога | Число находок выше порога (0,001) | Худшее E-value выше порога | |||
| MINC_ECOLI | P18196 | 2 | 153 | 7e-04 | 188 | 9e-10 |
Так как ужесточились требования к находкам, поиск сошелся после второй итерации.