Сравнение трех поисковых систем
- В UniProt нет дат публикации информации о белке
- В srs и UniProt показано рекомендованное имя, а в Mrs такого нет =(
- Поле Gene names не удобное в Srs
- Описание организма очень понравилось на MSU - все понятно и наглядно.
- В Entry page и Uniprot есть гиперссылки для перехода в тексте – удобно.
- MRS подчеркивает участок в fasta-коде, при наведении курсора в панели информации о вторичной структуре - это плюс.
- По процессу поиска, наверное, srs самый доступный. Можно быстро понять, как обращаться с этим поисковиком. Однако, если научиться вводить поисковой запрос в MRS, может получиться быстрее.
Задание№2
- Названия каких таксонов начинаются на "bacil"?
- bacillaceae,
- bacillales,
- bacillariaceae,
- bacillariales,
- bacillariophyceae,
- bacillariophycidae,
- bacillariophyta,
- bacillus
- Сколько в банке SwissProt записей,
описывающих белки из рода Bacillus?
15224 - Сколько в банке SwissProt записей,
описывающих белки из отдела Firmicutes?
672772
Задание №3
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
|---|---|---|
| Mannose-6-phosphate isomerase yvyI | (((([swissprot-Description:mannose-6-phosphate*] & [swissprot-Description:isomerase*]) & [swissprot-Description:yvyI*]) | [swissprot-Description:mannose-6-phosphate isomerase yvyI*] ) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*]) | 1 |
| Phosphohexomutase | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:Phosphohexomutase*]) | 4 |
| Phosphomannose isomerase | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:Phosphomannose*] & [swissprot-Description:isomerase*])) | 5 |
| PMI | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:PMI*]) | 5 |
Последовательности белка (второй запрос)
