Программы парного выравнивания

• Страница семестра

Задание №1

Вес выравнивания, полученного при выполнении задания №1 Практики №5

seq1

Y

I

-

I

D

C

K

E

N

A

E

I

I

Y

G

H

T

A

R

S

-

K

seq2

Y

M

D

I

D

P

R

E

-

A

V

I

I

Y

G

M

T

W

R

S

W

K

7

1

-12

4

6

-3

2

5

-12

4

-2

4

4

7

6

-2

5

-3

5

4

-12

5

Вес выравнивания: 23

Задание №2

seq1

Y

I

I

D

C

K

E

N

A

E

I

I

Y

G

H

T

A

R

S

-

K

seq2

Y

M

D

I

D

P

R

E

A

V

I

I

Y

G

M

T

W

R

S

W

K

Вес выравнивания: 23

Вывод:Странно, но вес выравнивания, которое я делала на занятии №5, основываясь только на совпадении букв, совпал с весом оптимального выравнивания, созданного программой stretcher

Задание №3

C помощью программ needle и water я сделала соответственно полное и самое оптимальное частное выравнивания. Вот, что у меня получилось:
a) В частичное выравнивания вошли следующие участки последовательностей - 17-307(Mana3_Bacsu) и 13-380 (Mana_Ecoli)
б) "Ограниченное" полное выравнивание практически совпадает с частным выравниванием, однако есть несовпадения в 8 местах. Например, N-Q в частном и --Q в полном. Сравнение с помощью Exel
в) Вес глобального выравнивания - 146,5, а частного - 160,5. Мне кажется, что при одинаковых параметрах, и с условием того, что в частичное выравнивание попали достаточно большие участки последовательностей (относительно всей последовательности), то вес локального выравнивания всегда будет больше веса полного выравнивания, так как во втором будет больше гэпов, а следовательно и штраф.

---

Дополнительные задания

© Dvorkina Dasha